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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z6x | |||||||||
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タイトル | Complex of E. coli LolA R43L mutant and lipoprotein | |||||||||
要素 | Outer-membrane lipoprotein carrier protein | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Lipoprotein trafficking / periplasmic chaperone | |||||||||
機能・相同性 | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / Chem-IG7 / Outer-membrane lipoprotein carrier protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaplan, E. / Greene, N.P. / Koronakis, V. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structural basis of lipoprotein recognition by the bacterial Lol trafficking chaperone LolA. 著者: Kaplan, E. / Greene, N.P. / Jepson, A.E. / Koronakis, V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z6x.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z6x.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7z6wC 2zpdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21485.535 Da / 分子数: 1 / 変異: R43L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lolA, lplA, yzzV, b0891, JW0874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61316 |
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#2: 化合物 | ChemComp-IG7 / [( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM bis-Tris pH 6.0, 30% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.06→63.26 Å / Num. obs: 11241 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 70351 / Scaling rejects: 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZPD 解像度: 2.06→38.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.746 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.19 Å2 / Biso mean: 50.648 Å2 / Biso min: 31.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.06→38.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.063→2.116 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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