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- PDB-7z6t: Aspergillus clavatus M36 protease without the propeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6t
タイトルAspergillus clavatus M36 protease without the propeptide
要素Extracellular metalloproteinase mep
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Keratinase / Protease / Metalloprotein / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M36, fungalysin / : / Fungalysin metallopeptidase (M36) / FTP domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular metalloproteinase mep
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus clavatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Wilkens, C. / Qiu, J. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council201806910049 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aspergillus clavatus M36 protease without the propeptide
著者: Wilkens, C. / Qiu, J. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Extracellular metalloproteinase mep
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56624
ポリマ－42,5731
非ポリマー2,99323
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.826, 85.037, 55.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.303, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Extracellular metalloproteinase mep / Elastinolytic metalloproteinase mep / Fungalysin mep


分子量: 42573.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus clavatus (カビ)
株: ATCC 1007 / CBS 513.65 / DSM 816 / NCTC 3887 / NRRL 1 / QM 1276 / 107
遺伝子: mep, ACLA_060300 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A1C4M2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2[DManpa1-6]DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_d6-g1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-D-mannose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[o1122h][a1122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C6O5>]{[(1+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 470分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→45.04 Å / Num. obs: 71273 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.8 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル解像度: 1.51→1.564 Å / Num. unique obs: 6523 / CC1/2: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX3精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k90

4k90


解像度: 1.51→45.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.771 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 3523 4.943 %
Rwork0.1775 67750 -
all0.178 --
obs-71273 97.131 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.884 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20.747 Å2
2---1.571 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 186 449 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0123393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.6964587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.195415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60823.036168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66915497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6821517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.22292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2360.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2280.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0970.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5771.8051625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3592.7062049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0332.3361768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1433.3512538
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.39327.7695445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.5450.3231930.2754228X-RAY DIFFRACTION81.1193
1.545-1.5870.2552380.2454789X-RAY DIFFRACTION95.4796
1.587-1.6330.2392530.2154772X-RAY DIFFRACTION98.2597
1.633-1.6830.2422450.2034663X-RAY DIFFRACTION98.8918
1.683-1.7380.2252250.1894576X-RAY DIFFRACTION99.1123
1.738-1.7990.1952240.1844396X-RAY DIFFRACTION99.3976
1.799-1.8670.1672150.1584258X-RAY DIFFRACTION99.3117
1.867-1.9440.1992500.174074X-RAY DIFFRACTION99.6084
1.944-2.030.1992150.1753934X-RAY DIFFRACTION99.4487
2.03-2.1290.1922110.1843738X-RAY DIFFRACTION99.1215
2.129-2.2440.2241960.1963522X-RAY DIFFRACTION97.9452
2.244-2.380.1951470.1833348X-RAY DIFFRACTION98.0915
2.38-2.5440.1611540.173164X-RAY DIFFRACTION98.3111
2.544-2.7480.2091610.172919X-RAY DIFFRACTION97.8399
2.748-3.010.1991510.1742680X-RAY DIFFRACTION97.8907
3.01-3.3650.1991280.1652436X-RAY DIFFRACTION97.8253
3.365-3.8840.1671160.1432166X-RAY DIFFRACTION97.8559
3.884-4.7540.1561010.1311829X-RAY DIFFRACTION98.6203
4.754-6.7130.166690.1851439X-RAY DIFFRACTION98.6911
6.713-45.040.221310.245818X-RAY DIFFRACTION98.3778

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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