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万見
- PDB-7z6n: Crystal structure of Zn2+-transporter BbZIP in a metal-stripped state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6n
タイトルCrystal structure of Zn2+-transporter BbZIP in a metal-stripped state
要素Putative membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Zinc transporters / Zrt/Irt-like proteins (ZIPs) / solute carrier 39 (SLC39) family / BbZIP / transport mechanism / elevator mechanism
機能・相同性Zinc/iron permease / ZIP Zinc transporter / zinc ion transmembrane transporter activity / plasma membrane / Zinc transporter ZIPB
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Wiuf, A. / Steffen, J.H. / Becares, E.R. / Groenberg, C. / Mahato, D.R. / Rasmussen, S.G.F. / Andersson, M. / Croll, T. / Gotfryd, K. / Gourdon, P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research6108-00479 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The two-domain elevator-type mechanism of zinc-transporting ZIP proteins.
著者: Wiuf, A. / Steffen, J.H. / Becares, E.R. / Gronberg, C. / Mahato, D.R. / Rasmussen, S.G.F. / Andersson, M. / Croll, T. / Gotfryd, K. / Gourdon, P.
履歴
登録2022年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative membrane protein
B: Putative membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9388
ポリマ－66,3612
非ポリマー5766
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.493, 122.117, 101.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Putative membrane protein


分子量: 33180.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
株: ATCC BAA-588 / NCTC 13252 / RB50 / 遺伝子: BB2405 / プラスミド: pET15b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A0H3LM39
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM NaOAc-HOAc pH = 4.5, 100-400 mM LiSO4 and 25-40 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→41.17 Å / Num. obs: 22269 / % possible obs: 89.77 % / 冗長度: 15.5 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.1222 / Net I/av σ(I): 5.02 / Net I/σ(I): 5.02
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / Num. unique obs: 663 / CC1/2: 0.0526 / CC star: 0.316 / % possible all: 29.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIXdev_4234精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TSA

5tsa


解像度: 2.57→41.17 Å / SU ML: 0.3624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.6506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2876 13655 -
obs-14399 63.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 30 10 3775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00253831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72415228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.68331275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.760.3945310.3143711X-RAY DIFFRACTION16.58
2.76-3.040.33611310.3181780X-RAY DIFFRACTION42.74
3.04-3.480.36121530.30562744X-RAY DIFFRACTION64.31
3.48-4.380.37331890.2894072X-RAY DIFFRACTION93.98
4.38-41.170.30772410.27794348X-RAY DIFFRACTION97.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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