PDB-7z6j: X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [Rh2(OCOC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z6j

タイトル

X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [Rh2(OCOCH3)(OCOCF3)3] with HEWL

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes / model proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins
著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z6j.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z6j.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z6j_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z6j_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7z6j_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7z6j_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z6dC 7z6gC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.610, 78.610, 37.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-328- HOH
2	1	A-351- HOH
3	1	A-443- HOH
4	1	A-446- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.10 M HEPES pH 7.5 2.00 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→39.31 Å / Num. obs: 18041 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 23.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 32.1
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 25.1 % / R_merge(I) obs: 1.749 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 899 / CC_1/2: 0.752 / R_pim(I) all: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.53→39.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.297 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	927	5.151 %
R_work	0.1954	17071	-
all	0.198	-	-
obs	-	17998	98.608 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.013 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→39.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	21	154	1176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.177	0.05	2
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.735	1.644	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.456	1.597	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.944	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.154	19.571	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.026	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.94	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.972	2.544	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.964	2.54	538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.666	3.821	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.667	3.825	680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.948	2.919	565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.937	2.916	563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.573	4.248	820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.57	4.25	821
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.701	31.857	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.355	30.945	1318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.57	0.338	63	0.302	1218	X-RAY DIFFRACTION	97.1927
1.57-1.613	0.356	70	0.249	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.613-1.659	0.269	52	0.24	1169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.659-1.71	0.28	66	0.236	1180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.766	0.293	76	0.219	1083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.766-1.828	0.272	59	0.221	1098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.828-1.897	0.31	68	0.251	1018	X-RAY DIFFRACTION	97.7498
1.897-1.974	0.386	40	0.326	898	X-RAY DIFFRACTION	86.9323
2.062-2.162	0.251	63	0.211	915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.162-2.279	0.323	51	0.257	846	X-RAY DIFFRACTION	95.7311
2.279-2.416	0.289	38	0.186	859	X-RAY DIFFRACTION	99.3355
2.416-2.583	0.209	34	0.165	800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.583-2.788	0.232	40	0.184	755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.788-3.053	0.302	32	0.171	695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.053-3.411	0.25	34	0.163	641	X-RAY DIFFRACTION	99.8521
3.411-3.934	0.168	41	0.149	554	X-RAY DIFFRACTION	99.4983
3.934-4.806	0.184	23	0.14	490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.806-6.746	0.249	22	0.209	391	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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