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万見
- PDB-7z6i: Crystal structure of p38alpha C162S in complex with SB20358 and C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6i
タイトルCrystal structure of p38alpha C162S in complex with SB20358 and CAS 2094667-81-7 (behind catalytic site; Y35 in), P 21 21 21
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードONCOPROTEIN / kinase / enzyme / inhibitor / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / Neutrophil degranulation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / placenta development / cell morphogenesis / cellular response to virus / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / kinase activity / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-87B / Chem-IIM / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Baginski, B. / Pous, J. / Gonzalez, L. / Macias, M.J. / Nebreda, A.R.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-109521RB-100 スペイン
La Caixa FoundationBioMedTec VIII - Nebre スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Characterization of p38 alpha autophosphorylation inhibitors that target the non-canonical activation pathway.
著者: Gonzalez, L. / Diaz, L. / Pous, J. / Baginski, B. / Duran-Corbera, A. / Scarpa, M. / Brun-Heath, I. / Igea, A. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Pallara, C. / Esguerra, M. / Colizzi, F. / ...著者: Gonzalez, L. / Diaz, L. / Pous, J. / Baginski, B. / Duran-Corbera, A. / Scarpa, M. / Brun-Heath, I. / Igea, A. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Pallara, C. / Esguerra, M. / Colizzi, F. / Mayor-Ruiz, C. / Biondi, R.M. / Soliva, R. / Macias, M.J. / Orozco, M. / Nebreda, A.R.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0683
ポリマ－41,3631
非ポリマー7052
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.142, 74.570, 77.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41363.148 Da / 分子数: 1 / 変異: C162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-IIM / 4-[4-(4-fluorophenyl)-2-[4-[methyl(oxidanyl)-$l^{3}-sulfanyl]phenyl]-1~{H}-imidazol-5-yl]pyridine


分子量: 377.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16FN3OS
#3: 化合物 ChemComp-87B / N-(2-cyclobutyl-1H-1,3-benzodiazol-5-yl)benzenesulfonamide


分子量: 327.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.087 M Ca Acetate 0.1M MES pH 6.0 7.1% PEG 550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: oxford Cryo 700 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日 / 詳細: Elliptically bent mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→77.55 Å / Num. obs: 18525 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 2625 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
autoPROC1.0.5データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOO

4loo


解像度: 2.25→53.752 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.267 / WRfactor Rwork: 0.211 / SU B: 6.485 / SU ML: 0.164 / Average fsc free: 0.9574 / Average fsc work: 0.9748 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 884 4.784 %random
Rwork0.1929 17596 --
all0.195 ---
obs-18480 99.957 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.918 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.492 Å20 Å2
3---2.409 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→53.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2824 0 50 200 3074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.6593872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4091.5836161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7215343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.757520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.39910472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.86710134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2070.22472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21411
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1460.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.160.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2573.9951349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2553.9961349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8137.1671684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8127.1691685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3044.2571494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3044.2591495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9687.7082181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9677.712182
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.40540.0673281
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.32939.8773246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.25-2.3080.276600.20912580.21313190.9520.9799.92420.193
2.308-2.3710.244670.21412320.21612990.9590.9671000.203
2.371-2.440.272670.20912070.21312740.9420.971000.199
2.44-2.5150.294560.2111960.21412520.9430.9691000.204
2.515-2.5970.244740.20311260.20512000.9560.9741000.201
2.597-2.6880.289550.211060.20411640.9490.97499.74230.201
2.688-2.7890.26600.18210510.18511110.9560.9781000.181
2.789-2.9030.252450.17510550.17811010.9690.9899.90920.182
2.903-3.0320.235460.189820.18210280.9660.9781000.189
3.032-3.1790.24410.1859630.18610040.9650.9771000.198
3.179-3.3510.211460.1899070.199530.9710.9771000.204
3.351-3.5530.262420.1998710.2029130.9480.9741000.222
3.553-3.7970.267460.1768050.188510.960.9811000.2
3.797-4.10.223340.1687710.178060.970.98299.87590.201
4.1-4.4880.268320.1677070.177390.9660.9821000.202
4.488-5.0140.238240.1736520.1756770.9570.98199.85230.216
5.014-5.7810.164230.2255760.2225990.9830.9721000.269
5.781-7.060.306270.2284960.2325230.9410.9711000.284
7.06-9.8990.262190.1883960.1914160.9520.97899.75960.247
9.899-53.7520.214200.2842390.2782590.9780.951000.353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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