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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z6e | |||||||||
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タイトル | Structure of the C1-PH-CNH regulatory module of MRCK1 | |||||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase mrck-1 | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / kinase / membrane / beta propeller / PH | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 epithelial tube morphogenesis / RAC1 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / nematode larval development / embryonic body morphogenesis / positive regulation of endocytic recycling / regulation of Golgi organization / embryonic morphogenesis / actomyosin structure organization / embryo development ending in birth or egg hatching ...epithelial tube morphogenesis / RAC1 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / nematode larval development / embryonic body morphogenesis / positive regulation of endocytic recycling / regulation of Golgi organization / embryonic morphogenesis / actomyosin structure organization / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of GTPase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Truebestein, L. / Leonard, T.A. | |||||||||
資金援助 | オーストリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structure and regulation of the myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase. 著者: Truebestein, L. / Antonioli, S. / Waltenberger, E. / Gehin, C. / Gavin, A.C. / Leonard, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z6e.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z6e.ent.gz | 880.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z6e_validation.pdf.gz | 5.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z6e_full_validation.pdf.gz | 5.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z6e_validation.xml.gz | 100.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z6e_validation.cif.gz | 143.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65349.840 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mrck-1, K08B12.5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O01583, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Bicine/Tris, pH 8.5 30 mM sodium nitrate 30 mM disodium hydrogen phosphate 30 mM ammonium sulfate 20% PEG550 MME 8% PEG20K 3% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→49.6 Å / Num. obs: 171288 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.167 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 16283 / CC1/2: 0.427 / Rpim(I) all: 0.7611 / % possible all: 89.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AF-O01583-F1 解像度: 2.14→49.6 Å / SU ML: 0.2931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.8094 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→49.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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