PDB-7z6e: Structure of the C1-PH-CNH regulatory module of MRCK1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z6e

タイトル

Structure of the C1-PH-CNH regulatory module of MRCK1

要素

Serine/threonine-protein kinase mrck-1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / kinase / membrane / beta propeller / PH

機能・相同性

機能・相同性情報

epithelial tube morphogenesis / RAC1 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / nematode larval development / positive regulation of endocytic recycling / myosin light chain kinase activity / embryonic body morphogenesis / regulation of Golgi organization / embryonic morphogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Truebestein, L. / Leonard, T.A.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and regulation of the myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase.
著者: Truebestein, L. / Antonioli, S. / Waltenberger, E. / Gehin, C. / Gavin, A.C. / Leonard, T.A.

履歴

登録	2022年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z6e.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z6e.ent.gz	880.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7z6e_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z6e_full_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示
XML形式データ	7z6e_validation.xml.gz	100.8 KB	表示
CIF形式データ	7z6e_validation.cif.gz	143.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6e	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (5)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (10)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (5)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

B: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

C: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

D: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

E: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

ヘテロ分子

327 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

ヘテロ分子

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2

B: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

ヘテロ分子

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3

C: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

ヘテロ分子

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4

D: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

ヘテロ分子

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5

E: Serine/threonine-protein kinase mrck-1

ヘテロ分子

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65.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.142, 97.467, 131.413
Angle α, β, γ (deg.)	81.380, 77.766, 80.394
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase mrck-1 / Myotonic dystrophy kinase-related CDC42-binding kinase homolog 分子量: 65349.840 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mrck-1, K08B12.5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O01583, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Bicine/Tris, pH 8.5 30 mM sodium nitrate 30 mM disodium hydrogen phosphate 30 mM ammonium sulfate 20% PEG550 MME 8% PEG20K 3% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→49.6 Å / Num. obs: 171288 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.63 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.92
反射シェル	解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.167 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 16283 / CC_1/2: 0.427 / R_pim(I) all: 0.7611 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-O01583-F1

解像度: 2.14→49.6 Å / SU ML: 0.2931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.8094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	8479	4.98 %
R_work	0.1944	161670	-
obs	0.1969	170149	93.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→49.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20716	0	10	1095	21821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	21118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.941	28557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0587	3248
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	3651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6944	2828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.16	0.3427	270	0.3195	4966	X-RAY DIFFRACTION	85.68
2.16-2.19	0.3312	247	0.3096	5146	X-RAY DIFFRACTION	90.64
2.19-2.22	0.3061	286	0.2907	5360	X-RAY DIFFRACTION	92.5
2.22-2.24	0.3403	285	0.2929	5309	X-RAY DIFFRACTION	93.3
2.24-2.27	0.3503	296	0.2962	5342	X-RAY DIFFRACTION	93.64
2.27-2.31	0.295	295	0.2827	5386	X-RAY DIFFRACTION	93.58
2.31-2.34	0.3245	316	0.2891	5313	X-RAY DIFFRACTION	93.68
2.34-2.37	0.3486	294	0.2781	5373	X-RAY DIFFRACTION	93.59
2.37-2.41	0.3471	252	0.2722	5293	X-RAY DIFFRACTION	92.62
2.41-2.45	0.3133	262	0.2587	5387	X-RAY DIFFRACTION	92.91
2.45-2.49	0.2757	267	0.2488	5127	X-RAY DIFFRACTION	89.91
2.49-2.54	0.2881	279	0.2383	5319	X-RAY DIFFRACTION	92.96
2.54-2.59	0.2689	271	0.2211	5477	X-RAY DIFFRACTION	94.9
2.59-2.64	0.2632	299	0.2286	5494	X-RAY DIFFRACTION	95.93
2.64-2.7	0.2747	285	0.2332	5432	X-RAY DIFFRACTION	95.05
2.7-2.76	0.2757	278	0.2346	5476	X-RAY DIFFRACTION	94.97
2.76-2.83	0.3095	286	0.2382	5412	X-RAY DIFFRACTION	94.86
2.83-2.9	0.2921	307	0.2285	5433	X-RAY DIFFRACTION	94.75
2.9-2.99	0.2458	251	0.2087	5442	X-RAY DIFFRACTION	93.68
2.99-3.09	0.2802	264	0.2076	5214	X-RAY DIFFRACTION	91.51
3.09-3.2	0.2593	294	0.1974	5504	X-RAY DIFFRACTION	96.15
3.2-3.32	0.2484	285	0.1961	5504	X-RAY DIFFRACTION	95.88
3.32-3.48	0.2545	319	0.1921	5498	X-RAY DIFFRACTION	96.12
3.48-3.66	0.2357	297	0.1752	5535	X-RAY DIFFRACTION	96.33
3.66-3.89	0.2164	286	0.1639	5465	X-RAY DIFFRACTION	95.28
3.89-4.19	0.1993	274	0.1537	5414	X-RAY DIFFRACTION	94.61
4.19-4.61	0.1718	273	0.1297	5620	X-RAY DIFFRACTION	97.29
4.61-5.28	0.1825	296	0.1384	5494	X-RAY DIFFRACTION	96.39
5.28-6.64	0.2208	284	0.1676	5415	X-RAY DIFFRACTION	94.59
6.64-49.6	0.1969	281	0.1612	5520	X-RAY DIFFRACTION	95.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.56426765598	1.11939173782	-1.14558559531	5.50330357067	-4.08616962032	6.92405721525	0.0399620226624	0.145927539891	-0.106985746808	0.163813424845	-0.0570380442133	-0.248331227471	-0.242864199305	0.32991271581	-0.0164214812176	0.173681380507	-0.00601189368944	-0.000534577259384	0.422311294766	-0.0697027356634	0.243566365399	25.9749946676	-3.21279335877	-31.88075765
2	4.08246407143	-0.26865912015	1.8257655586	0.50283577896	-0.0980473317455	1.44063399251	0.116428672557	-0.165286720671	-0.326097411076	0.0948232656179	0.00294268170798	-0.0194511024688	0.18003393008	-0.11380902523	-0.116156469534	0.356783439977	-0.0600704947552	0.0560278162184	0.297253817185	0.029388669549	0.200089412311	1.76343792439	-12.4453976675	-24.7825476349
3	1.64759672156	0.324906338619	-0.270710300114	1.60785793184	-0.3030489987	1.3652740171	-0.0941929988114	-0.00251155804244	0.0148087259737	-0.0597732724916	0.0358972563395	0.160376912597	0.0613859841532	-0.145505892388	0.0637224637412	0.22664114984	-0.0281038695795	0.00736792224966	0.379278997121	-0.0319764617681	0.142131061073	-16.0359194004	-0.36282795258	-48.9844734214
4	2.3077768389	-0.525844143357	0.813048757619	2.30526071622	-0.687165729619	1.38966890456	0.0592577912144	0.282031414603	0.108855553469	-0.0761298012212	-0.135015914	-0.0783410580002	0.0566857082129	0.246390319307	0.0453177933473	0.219319957659	-0.0371978537108	0.0332486042269	0.352989317309	-0.0265151230546	0.16270485143	3.56297195697	1.08380184848	-37.5909011729
5	2.60113287376	0.430842774702	1.51324536983	1.93592393265	1.85925106461	5.83805229402	0.0588960179069	-0.142244656797	-0.094645537614	0.0371047073236	-0.00759047179519	-0.108118390633	0.166762219832	0.354250713706	-0.069660911836	0.254553641318	0.0203450687688	0.0573913073088	0.424336562524	-0.0128796847336	0.243603508494	52.8448575348	8.73742836466	7.82190200877
6	1.55571779471	-0.600835062566	-0.435826083724	0.846770682994	0.396010285609	1.26466020847	-0.0182382323732	-0.0697592034962	-0.0348942059853	-0.038803484305	0.0318354630789	0.0635382850489	0.0280002357191	-0.132774621561	-0.0171831846383	0.265012705387	-0.041489444853	0.0265002710563	0.37767395381	0.0112906869752	0.177694492586	27.8743103201	15.5286560767	19.2795069538
7	5.4417854069	0.875602155825	0.880276985002	7.22729979716	0.743269706709	2.42091065365	0.2452874151	-0.615492425366	-0.573624779902	0.582256352706	-0.223013402602	-0.749552666202	0.141149394105	0.532945485575	-0.0787519639168	0.295044081803	0.046959119758	-0.025660825125	0.799681413303	0.0594327679829	0.42096974017	58.9166473869	-8.55561492613	60.4671100637
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18	3.65759690445	0.606499588357	0.324710533861	2.57723188318	1.24885477686	5.53441605536	-0.0177406716191	0.196008688637	0.282181257106	-0.10038050087	0.0442235859694	0.0174604644405	-0.138160451929	0.147301925761	-0.0684251089537	0.223234850259	-0.0338419124616	-0.0267227948957	0.172051691046	0.0154652500217	0.325727714271	54.5392360815	-56.0200079041	-37.9029473368

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 957 through 1053 )	A	A	957 - 1053	1 - 89
2	2	chain 'A' and (resid 1054 through 1250 )	A	A	1054 - 1250	90 - 275
3	3	chain 'A' and (resid 1251 through 1331 )	A	A	1251 - 1331	276 - 356
4	4	chain 'A' and (resid 1332 through 1508 )	A	A	1332 - 1508	357 - 519
5	5	chain 'B' and (resid 957 through 1138 )	B	B	957 - 1138	1 - 174
6	6	chain 'B' and (resid 1139 through 1509 )	B	B	1139 - 1509	175 - 530
7	7	chain 'C' and (resid 957 through 1036 )	C	C	957 - 1036	1 - 80
8	8	chain 'C' and (resid 1037 through 1113 )	C	C	1037 - 1113	81 - 153
9	9	chain 'C' and (resid 1114 through 1250 )	C	C	1114 - 1250	154 - 285
10	10	chain 'C' and (resid 1251 through 1331 )	C	C	1251 - 1331	286 - 366
11	11	chain 'C' and (resid 1332 through 1438 )	C	C	1332 - 1438	367 - 463
12	12	chain 'C' and (resid 1439 through 1509 )	C	C	1439 - 1509	464 - 534
13	13	chain 'D' and (resid 957 through 1036 )	D	D	957 - 1036	1 - 76
14	14	chain 'D' and (resid 1037 through 1508 )	D	D	1037 - 1508	77 - 525
15	15	chain 'E' and (resid 957 through 1036 )	E	E	957 - 1036	1 - 74
16	16	chain 'E' and (resid 1037 through 1208 )	E	E	1037 - 1208	75 - 241
17	17	chain 'E' and (resid 1209 through 1331 )	E	E	1209 - 1331	242 - 361
18	18	chain 'E' and (resid 1332 through 1507 )	E	E	1332 - 1507	362 - 517

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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