+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7z6e | |||||||||
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Title | Structure of the C1-PH-CNH regulatory module of MRCK1 | |||||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase mrck-1 | |||||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / kinase / membrane / beta propeller / PH | |||||||||
Function / homology | Function and homology information epithelial tube morphogenesis / RAC1 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / nematode larval development / embryonic body morphogenesis / positive regulation of endocytic recycling / regulation of Golgi organization / embryonic morphogenesis / actomyosin structure organization / embryo development ending in birth or egg hatching ...epithelial tube morphogenesis / RAC1 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / nematode larval development / embryonic body morphogenesis / positive regulation of endocytic recycling / regulation of Golgi organization / embryonic morphogenesis / actomyosin structure organization / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of GTPase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Caenorhabditis elegans (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14 Å | |||||||||
Authors | Truebestein, L. / Leonard, T.A. | |||||||||
Funding support | Austria, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2023 Title: Structure and regulation of the myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase. Authors: Truebestein, L. / Antonioli, S. / Waltenberger, E. / Gehin, C. / Gavin, A.C. / Leonard, T.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7z6e.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7z6e.ent.gz | 880.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7z6e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7z6e_validation.pdf.gz | 5.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7z6e_full_validation.pdf.gz | 5.1 MB | Display | |
Data in XML | 7z6e_validation.xml.gz | 100.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7z6e_validation.cif.gz | 143.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 65349.840 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caenorhabditis elegans (invertebrata) / Gene: mrck-1, K08B12.5 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: O01583, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Bicine/Tris, pH 8.5 30 mM sodium nitrate 30 mM disodium hydrogen phosphate 30 mM ammonium sulfate 20% PEG550 MME 8% PEG20K 3% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→49.6 Å / Num. obs: 171288 / % possible obs: 94 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.92 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.22 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.167 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 16283 / CC1/2: 0.427 / Rpim(I) all: 0.7611 / % possible all: 89.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AF-O01583-F1 Resolution: 2.14→49.6 Å / SU ML: 0.2931 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.8094 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.14→49.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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