PDB-7z6d: X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [Rh2(OCOC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z6d

タイトル

X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [Rh2(OCOCH3)(OCOCF3)3] with RNase A (1)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes / model proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins
著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z6d.cif.gz	118.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z6d.ent.gz	89.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z6gC 7z6jC 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.690, 33.120, 73.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.133, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-506- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-F3I / (mi2-acetato-O, O')-hexaaquo-dirhodium (II) 分子量: 367.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₁₀O₈Rh₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 0.01 M sodium citrate pH 5.1; 22% PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50.85 Å / Num. obs: 43428 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.67 / R_pim(I) all: 0.557 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt

解像度: 1.45→50.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 1.374 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	2106	4.846 %
R_work	0.2015	41357	-
all	0.203	-	-
obs	-	43428	99.011 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.079 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0.017 Å²
2-	-	0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1880	0	17	330	2227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.041	0.05	1
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.662	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.525	1.59	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.231	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.233	24.34	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.351	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.285	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.927	1.81	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.925	1.809	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.01	2.705	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.009	2.705	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.336	2.024	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.321	2.022	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.545	2.933	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.541	2.929	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.728	22.924	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.673	22.248	2247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.488	0.252	151	0.25	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.596
1.488-1.528	0.273	171	0.237	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.7753
1.528-1.573	0.218	143	0.202	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
1.573-1.621	0.238	147	0.199	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.621-1.674	0.25	132	0.19	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.733	0.227	110	0.188	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.7846
1.733-1.798	0.245	120	0.186	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.8132
1.798-1.871	0.214	137	0.188	2439	X-RAY DIFFRACTION	99.3061
1.871-1.955	0.258	102	0.241	2262	X-RAY DIFFRACTION	95.9026
1.955-2.05	0.263	136	0.226	2241	X-RAY DIFFRACTION	99.1243
2.05-2.16	0.25	108	0.225	2138	X-RAY DIFFRACTION	98.8556
2.16-2.291	0.259	112	0.222	1927	X-RAY DIFFRACTION	95.6828
2.291-2.449	0.242	104	0.199	1912	X-RAY DIFFRACTION	99.1638
2.449-2.645	0.212	93	0.178	1759	X-RAY DIFFRACTION	99.0904
2.645-2.896	0.215	96	0.18	1645	X-RAY DIFFRACTION	99.5995
2.896-3.237	0.212	69	0.198	1501	X-RAY DIFFRACTION	99.3042
3.237-3.735	0.224	67	0.183	1306	X-RAY DIFFRACTION	97.5835
3.735-4.569	0.181	52	0.17	1108	X-RAY DIFFRACTION	97.7254
4.569-6.435	0.228	36	0.203	908	X-RAY DIFFRACTION	98.7448

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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