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- PDB-7z6b: PET hydrolase PET6 from halophilic organsim Vibrio gazogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6b
タイトルPET hydrolase PET6 from halophilic organsim Vibrio gazogenes
要素Cutinase
キーワードHYDROLASE / PETase / PET hydrolase / halophilic enzyme / Vibrio gazogenes / PET degradation
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / PHOSPHATE ION / Cutinase
機能・相同性情報
生物種Vibrio gazogenes DSM 21264 = NBRC 103151 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Weigert, S. / Hoecker, B.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)391977956 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research031B0562A, 031B0837B, 031B867B and 031B0571A ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Investigation of the halophilic PET hydrolase PET6 from Vibrio gazogenes.
著者: Weigert, S. / Perez-Garcia, P. / Gisdon, F.J. / Gagsteiger, A. / Schweinshaut, K. / Ullmann, G.M. / Chow, J. / Streit, W.R. / Hocker, B.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cutinase
B: Cutinase
C: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,47836
ポリマ－97,6063
非ポリマー2,87233
水17,294960
1
A: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,82415
ポリマ－32,5351
非ポリマー1,28914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,61113
ポリマ－32,5351
非ポリマー1,07512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0438
ポリマ－32,5351
非ポリマー5087
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.820, 72.610, 72.760
Angle α, β, γ (deg.)119.779, 91.640, 91.824
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cutinase


分子量: 32535.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio gazogenes DSM 21264 = NBRC 103151 (バクテリア)
遺伝子: SAMN02745781_03338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M5F0K3

-
非ポリマー , 5種, 993分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Buffer for protein (150mM NaCl, 25mM HEPES, pH 7.4), protein concentration 12.3 mg/ml; 1:1 drops 0.4 microliter each Condition: 0.1M Sodium/Potassiumphosphate 35% MPD No cryo

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25.7 Å / Num. obs: 150015 / % possible obs: 95.77 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 9.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04679 / Rpim(I) all: 0.0271 / Rrim(I) all: 0.05424 / Net I/σ(I): 19.45
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2477 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 14386 / CC1/2: 0.928 / CC star: 0.981 / Rpim(I) all: 0.1654 / Rrim(I) all: 0.3 / % possible all: 91.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5xjh

5xjh


解像度: 1.4→25.7 Å / SU ML: 0.0886 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 11.1304
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1264 7494 5 %
Rwork0.0996 142447 -
obs0.1009 149941 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6456 0 174 960 7590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01437266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51539970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12191052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01161273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.30272736
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.19092280.15024327X-RAY DIFFRACTION88.19
1.42-1.430.17592420.14344607X-RAY DIFFRACTION92.45
1.43-1.450.15812470.13734710X-RAY DIFFRACTION94.37
1.45-1.470.16762460.11814656X-RAY DIFFRACTION94.71
1.47-1.490.15542460.11954703X-RAY DIFFRACTION94.07
1.49-1.510.12722460.09544662X-RAY DIFFRACTION94.68
1.51-1.530.16452380.11844554X-RAY DIFFRACTION92.63
1.53-1.550.12232530.10254794X-RAY DIFFRACTION95.12
1.55-1.580.12962470.094709X-RAY DIFFRACTION95.44
1.58-1.60.12092530.08674794X-RAY DIFFRACTION95.46
1.6-1.630.11262470.08274692X-RAY DIFFRACTION95.94
1.63-1.660.12722530.08384805X-RAY DIFFRACTION96.05
1.66-1.690.12592490.08084731X-RAY DIFFRACTION95.82
1.69-1.730.12262520.08794795X-RAY DIFFRACTION95.93
1.73-1.760.13732470.08314702X-RAY DIFFRACTION96.23
1.76-1.80.11632540.08264818X-RAY DIFFRACTION96.48
1.8-1.850.11382500.08664752X-RAY DIFFRACTION96.64
1.85-1.90.12382500.09264744X-RAY DIFFRACTION96.28
1.9-1.960.1432510.114775X-RAY DIFFRACTION94.87
1.96-2.020.12262520.09034806X-RAY DIFFRACTION97.08
2.02-2.090.13142470.09834684X-RAY DIFFRACTION94.7
2.09-2.170.11942540.08774817X-RAY DIFFRACTION97.56
2.17-2.270.11952510.09184772X-RAY DIFFRACTION95.39
2.27-2.390.12192520.08634805X-RAY DIFFRACTION97.66
2.39-2.540.11672560.09114858X-RAY DIFFRACTION98.04
2.54-2.740.10972550.09014843X-RAY DIFFRACTION97.42
2.74-3.010.1192590.09954911X-RAY DIFFRACTION98.46
3.01-3.450.11732570.10294893X-RAY DIFFRACTION98.55
3.45-4.340.11882560.10134850X-RAY DIFFRACTION98.38
4.34-25.70.13922560.13124878X-RAY DIFFRACTION98.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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