PDB-7z68: Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with a Thiol based inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z68

タイトル

Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with a Thiol based inhibitor (R-and S-configured)

要素

Keratinase KP2

キーワード

HYDROLASE / Virulence factor / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Klein, A. / Hirsch, A.

資金援助

ドイツ, European Union, 4件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual inhibitors of Pseudomonas aeruginosa virulence factors LecA and LasB
著者: Klein, A. / Hirsch, A.

履歴

登録	2022年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / Item: _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z68.cif.gz	221.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z68.ent.gz	146.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z68_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z68_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7z68_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7z68_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fzxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Keratinase KP2

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.316, 92.527, 40.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.227, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Keratinase KP2 分子量: 33175.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 参照: UniProt: E3ULB4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 301分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-IEV / (2~{R})-~{N}-[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]sulfanylphenyl]-3-phenyl-2-sulfanyl-propanamide 分子量: 451.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₅NO₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Potassium nitrate, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→92.53 Å / Num. obs: 42420 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.348 / Num. unique obs: 2067 / CC_1/2: 0.944

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FZX

6fzx

解像度: 1.5→37.16 Å / SU ML: 0.1465 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.6769
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1954	2022	4.77 %
R_work	0.1566	40359	-
obs	0.1583	42381	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	38	297	2652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0115	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3703	3317
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0677	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0127	435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.7515	344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.2675	175	0.206	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.54-1.58	0.2674	166	0.1895	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.58-1.63	0.214	186	0.1807	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.63-1.68	0.2066	156	0.1729	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.74	0.1873	150	0.1724	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.74-1.81	0.2142	150	0.1619	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.81-1.89	0.2237	159	0.1565	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.99	0.2084	129	0.153	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.99-2.11	0.1784	120	0.1534	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.11-2.28	0.1644	122	0.1446	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.28-2.51	0.184	111	0.1474	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.87	0.1882	143	0.1481	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.87-3.61	0.1757	94	0.1506	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.61-37.16	0.192	161	0.1579	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.60958657109	1.72765386663	0.262076492774	3.92949000899	0.104203760766	2.06511057908	-0.104742938433	-0.0772108185176	-0.0414135798425	0.087701090318	0.0455275301062	0.29929078397	0.155840646656	-0.194332356637	0.047235499321	0.119324183881	-0.00412177102751	0.00341575777628	0.098929114861	0.0201395143713	0.0959126004194	-2.44544316809	-4.07083695786	6.31749571124
2	4.70995001622	-0.924394062555	-0.782552898483	3.54331424296	0.665775149961	2.7644934322	-0.168122422894	0.43639439386	-0.28618515085	-0.338618779208	0.173673561373	0.011724799491	0.389300652715	-0.235067103785	-0.00645753974051	0.325635916964	-0.0617185597337	0.0396098036816	0.122601237416	-0.00269303563185	0.19854434992	0.442811821832	-15.3082618308	-0.0230835301858
3	0.762538437211	-0.477643567274	0.724500674418	1.37045474903	-0.953616214218	1.68628056943	0.018820748038	0.0747892512138	-0.0706080544991	-0.183042051414	0.0253787308023	0.0594835952057	0.248055653228	-0.0404996274858	-0.0525014872813	0.15005487753	-0.0304804038818	-0.00115266192027	0.103170482136	-0.00935419551645	0.103957138836	0.155983689042	-2.16928779663	-7.23244138817
4	0.962586291884	0.118891528379	-0.332924593499	1.21106130235	-0.257682127159	1.72908476143	0.0363943652214	0.0172402871715	0.10157476978	-0.0497887663242	0.00306275436667	0.0681632017826	-0.0535202057037	-0.0456145190528	-0.0311908631596	0.0725830411957	-0.000842587784665	0.000210119616933	0.0657950617186	0.00377366880818	0.0918672961407	0.0325520495216	15.1617554508	-16.018607436

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	1 - 40	1 - 40
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 60 )	41 - 60	41 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 61 through 156 )	61 - 156	61 - 156
4	4	chain 'A' and (resid 157 through 298 )	157 - 298	157 - 298

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