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- PDB-7z67: Crystal structure of the tandem kinase & triphosphate tunnel meta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z67
タイトルCrystal structure of the tandem kinase & triphosphate tunnel metalloenzyme domain module of the TTM1 protein from Arabidoposis thaliana in complex with a adenosine nucleotide analog.
要素Inorganic pyrophosphatase TTM1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / triphosphate tunnel metalloenzyme / uridine kinase / cytidine kinase / mitochondrial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leaf senescence / pyrophosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / defense response / kinase activity / mitochondrial outer membrane / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / CITRIC ACID / Inorganic pyrophosphatase TTM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Hothorn, M. / Martinez, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)310856European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biological insight into the plant unique multimodular triphosphosphate tunnel metalloenzymes of Arabidopsis thaliana
著者: Pesquera, M. / Martinez, J. / Wang, K. / Hofmann, M. / Loubery, S. / Steensma, P. / Hothorn, M. / Fitzpatrick, T.B.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase TTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4216
ポリマ－45,6141
非ポリマー8075
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.370, 93.370, 266.327
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase TTM1 / Triphosphate tunnel metalloenzyme 1 / AtTTM1


分子量: 45613.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TTM1, At1g73980, F2P9.15 / プラスミド: pMH-HT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C9B9, inorganic diphosphatase

-
非ポリマー , 6種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.55 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 8,000/20% ethylene glycol, 0.1 M carboxylic acids, 0.1 M Tris, pH 8.5, based on Morpheus condition G10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.69 Å / Num. obs: 37785 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 77.75 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.65→2.8 Å / 冗長度: 19 % / Num. unique obs: 6002 / CC1/2: 0.516 / Rrim(I) all: 2.796 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→46.69 Å / SU ML: 0.4017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9753
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 1817 4.82 %
Rwork0.2188 35914 -
obs0.2202 37731 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 50 4 3218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00193288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50664459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.90141255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.720.41321160.40082659X-RAY DIFFRACTION95.76
2.72-2.80.38171270.34142783X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.890.32331410.30672773X-RAY DIFFRACTION99.97
2.89-2.990.31391360.30042772X-RAY DIFFRACTION99.97
2.99-3.110.28251370.29662808X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.250.32581320.30042763X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.420.30181690.23782751X-RAY DIFFRACTION99.79
3.42-3.640.29091500.24012731X-RAY DIFFRACTION99.93
3.64-3.920.25141620.22292780X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.310.25941470.20092737X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.940.20011440.17152788X-RAY DIFFRACTION100
4.94-6.220.20071080.20612809X-RAY DIFFRACTION100
6.22-46.690.19911480.18042760X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31982474226-1.21637964179-1.682524550532.654563078951.502230255574.39778738151-0.163745285305-0.1556165777240.2811449853450.4159226166610.1960498837490.286364678053-0.285234238493-0.53694919041-0.004022285868530.8756393046420.1829914112810.09922528356450.5291956546770.02145931249190.663829445529-40.632627693822.61857008090.256093732539
25.1545472592.618963458890.8145392829323.740789789840.8333780999532.832438935750.0500186759083-0.2652312870890.009619713845980.140170001922-0.192549938412-0.531945969919-0.4625539885730.7515328820740.1314247410880.835396766427-0.160014277922-0.04473565633970.5972741768570.07952797775150.560037394159-11.235655512917.1920400338-3.72098672579
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 238 )20 - 2381 - 219
22chain 'A' and (resid 239 through 412 )239 - 412220 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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