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- PDB-7z65: A GH18 from haloalkaliphilic bacterium unveils environment-depend... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z65
タイトルA GH18 from haloalkaliphilic bacterium unveils environment-dependent variations in the catalytic machinery of chitinases
要素Chitinase, GH18 family
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Chitin / Chitooligosaccharides / Substrate Assisted Catalysis.
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Bacterial repeat domain / Divergent InlB B-repeat domain / Secretion system C-terminal sorting domain / : / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chitinivibrio alkaliphilus ACht1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.108 Å
データ登録者Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Rohr, A.K. / Bissaro, B. / Vaaje-Kolstad, G. / Sorlie, M. / Eijsink, V.G.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/006426 インド
Department of Science & Technology (DST, India)IFA16-LSPA-40 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A GH18 from haloalkaliphilic bacterium unveils environment-dependent variations in the catalytic machinery of chitinases
著者: Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Rohr, A.K. / Bissaro, B. / Vaaje-Kolstad, G. / Sorlie, M. / Eijsink, V.G.H.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase, GH18 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6413
ポリマ－31,5171
非ポリマー1242
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.060, 62.340, 75.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chitinase, GH18 family


分子量: 31516.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chitinivibrio alkaliphilus ACht1 (バクテリア)
遺伝子: CALK_0774 / プラスミド: pNIC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: U7D706
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: Rod shaped
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 8000, 100 mM Imidazole pH 8.0, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.108→47.985 Å / Num. obs: 102783 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.108→1.112 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1013 / CC1/2: 0.362 / Rrim(I) all: 0.607 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Inhouse model

解像度: 1.108→47.985 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 5016 4.88 %
Rwork0.1765 97766 -
obs0.1772 102782 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.38 Å2 / Biso mean: 12.2354 Å2 / Biso min: 3.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.108→47.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 16 341 2575
Biso mean--18.54 23.94 -
残基数----283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9413258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.005873
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.108-1.12060.32881640.3326319799
1.1206-1.13380.32821430.3264321299
1.1338-1.14760.29981560.3186321199
1.1476-1.16210.34451670.30623215100
1.1621-1.17740.3271600.3053258100
1.1774-1.19350.32561660.29293226100
1.1935-1.21060.3071730.2923188100
1.2106-1.22870.27621680.28413249100
1.2287-1.24790.29391770.27433219100
1.2479-1.26830.2841720.2683239100
1.2683-1.29020.29761680.2623238100
1.2902-1.31370.26151780.25283246100
1.3137-1.33890.28251640.24873236100
1.3389-1.36630.25221580.23693252100
1.3663-1.3960.25661520.22253242100
1.396-1.42840.22461540.21063279100
1.4284-1.46420.21991760.2013214100
1.4642-1.50380.19381640.1833261100
1.5038-1.5480.18941890.16983236100
1.548-1.5980.1781700.15733270100
1.598-1.65510.19211670.14483256100
1.6551-1.72140.15721830.13723264100
1.7214-1.79970.15731650.13753271100
1.7997-1.89460.15871730.13193280100
1.8946-2.01330.14431600.1313327499
2.0133-2.16870.16181570.1244329399
2.1687-2.3870.13581590.1225332699
2.387-2.73240.14631930.1246325899
2.7324-3.44230.15591490.12963386100
3.4423-47.9850.12561910.1305347099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75980.32691.45841.63910.53874.39430.048-0.03120.1368-0.01220.0013-0.1345-0.24260.1696-0.04350.04930.00360.02580.058-0.01640.0513-6.5595-2.815315.2257
20.48030.13410.04631.0687-0.08530.70140.0517-0.06830.00990.0765-0.03330.0177-0.0055-0.0171-0.01630.043-0.00470.00080.0528-0.00880.0386-17.7494-8.721721.6318
31.47190.6305-0.46161.5440.12751.564-0.007-0.041-0.22040.0501-0.0446-0.01890.23530.00920.03040.071-0.0039-0.00350.0521-0.00510.0439-15.8756-22.401814.9106
41.2934-0.1147-0.09971.18760.25011.03580.02550.03770.0106-0.0905-0.0004-0.0501-0.00620.0701-0.0160.05580.01160.00890.0695-0.00550.034-6.9293-14.18274.019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 39 )A0 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 175 )A40 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 215 )A176 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 303 )A216 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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