PDB-7z64: A GH18 from haloalkaliphilic bacterium unveils environment-depend...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z64

タイトル

A GH18 from haloalkaliphilic bacterium unveils environment-dependent variations in the catalytic machinery of chitinases

要素

Chitinase, GH18 family

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / Chitin / Chitooligosaccharides / Substrate Assisted Catalysis.

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase / chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Chitinivibrio alkaliphilus ACht1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Rohr, A.K. / Bissaro, B. / Vaaje-Kolstad, G. / Sorlie, M. / Eijsink, V.G.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A GH18 from haloalkaliphilic bacterium unveils environment-dependent variations in the catalytic machinery of chitinases
著者: Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Rohr, A.K. / Bissaro, B. / Vaaje-Kolstad, G. / Sorlie, M. / Eijsink, V.G.H.

履歴

登録	2022年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z64.cif.gz	341.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z64.ent.gz	282.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z64_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z64_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7z64_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	7z64_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase, GH18 family

B: Chitinase, GH18 family

ヘテロ分子

64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitinase, GH18 family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitinase, GH18 family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.970, 62.420, 102.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Chitinase, GH18 family

分子量: 30992.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chitinivibrio alkaliphilus ACht1 (バクテリア)
遺伝子: CALK_0774 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U7D706

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1237.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION

分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M KBr, 30% w/v PEG-MME 2K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→100.118 Å / Num. obs: 192384 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.31→1.332 Å / R_merge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9230 / CC_1/2: 0.376 / R_rim(I) all: 0.653

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Native structure (PDB deposit 1292121539)

解像度: 1.31→100.118 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1657	9653	5.02 %
R_work	0.148	182729	-
obs	0.1489	192382	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.44 Å² / B_iso mean: 18.4254 Å² / B_iso min: 7.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.31→100.118 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4360	0	352	848	5560
B_iso mean	-	-	19.73	33.92	-
残基数	-	-	-	-	556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	6480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.719	1650

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.31-1.3246	0.3764	303	0.3463	5793	94
1.3246-1.3402	0.3112	289	0.3373	5897	96
1.3402-1.3566	0.3329	315	0.3271	5954	96
1.3566-1.3737	0.331	342	0.3132	6002	98
1.3737-1.3918	0.3077	344	0.3019	6011	98
1.3918-1.4109	0.3142	341	0.2863	6098	99
1.4109-1.431	0.2764	302	0.27	6110	99
1.431-1.4524	0.2802	313	0.2619	6079	99
1.4524-1.4751	0.2587	319	0.2432	6114	99
1.4751-1.4993	0.2243	316	0.2276	6103	99
1.4993-1.5251	0.2384	307	0.2165	6061	98
1.5251-1.5529	0.2043	353	0.1951	6066	99
1.5529-1.5828	0.2214	314	0.1858	6027	98
1.5828-1.6151	0.1868	307	0.1757	6145	99
1.6151-1.6502	0.1781	342	0.1623	6154	100
1.6502-1.6886	0.1661	344	0.1564	6084	100
1.6886-1.7308	0.1651	300	0.1468	6183	100
1.7308-1.7776	0.1728	334	0.1403	6139	100
1.7776-1.8299	0.1609	341	0.134	6136	100
1.8299-1.889	0.1533	321	0.1264	6172	100
1.889-1.9565	0.1457	302	0.1236	6132	100
1.9565-2.0348	0.1391	319	0.1216	6138	99
2.0348-2.1275	0.1255	310	0.1185	6133	99
2.1275-2.2396	0.1289	318	0.1101	6073	98
2.2396-2.38	0.1197	298	0.1051	6209	100
2.38-2.5637	0.1179	339	0.1061	6127	99
2.5637-2.8218	0.1287	320	0.1114	6148	99
2.8218-3.2301	0.1419	310	0.1205	6167	98
3.2301-4.0696	0.1366	348	0.1183	6070	98
4.0696-100.118	0.1513	342	0.1302	6204	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7779	-0.3908	-0.6386	1.2432	0.1942	1.2587	-0.0597	0.0018	-0.1018	0.0879	-0.0005	0.1272	0.179	-0.1388	0.0645	0.1508	-0.0391	0.0176	0.0993	0.0044	0.1081	13.82	2.8064	35.5953
2	1.3387	-1.6314	-0.1916	3.6227	0.2951	1.5093	-0.0626	-0.1006	-0.0332	0.2869	0.003	0.1478	0.1068	-0.122	0.0589	0.1683	-0.0365	0.0365	0.1224	-0.0094	0.1147	12.9304	13.1268	48.4957
3	9.4874	-7.3526	-0.7875	5.7249	0.749	0.8489	-0.0444	-0.2236	0.084	0.3931	0.0573	-0.0409	-0.054	-0.0424	-0.0225	0.2385	-0.0193	0.0151	0.1059	-0.0189	0.1019	19.1687	19.3989	51.3657
4	0.5788	0.0465	-0.3096	0.574	0.0688	1.4615	0.0399	-0.0192	0.046	0.064	-0.0046	0.0073	-0.1143	-0.0205	-0.0332	0.1087	-0.0049	0.006	0.0795	0.0031	0.0998	22.5246	17.2798	28.922
5	0.976	-0.121	-1.7171	0.6958	-0.2258	4.4783	0.0543	-0.0236	0.1278	0.0177	0.0016	0.014	-0.0742	0.0514	-0.0473	0.0493	0.0096	-0.0208	0.0716	-0.0125	0.1221	17.9387	44.5182	1.6549
6	0.7096	0.0241	-0.1885	2.4567	-1.7923	2.899	0.0109	-0.0796	0.1253	0.1585	-0.016	-0.0357	-0.1789	0.0371	0.0045	0.0403	0.0058	-0.0107	0.0936	-0.0277	0.1264	14.0167	46.2694	6.9046
7	0.6701	-0.2726	0.0066	3.2858	-1.3297	1.0049	-0.0283	-0.0615	0.0473	0.1252	0.0589	0.1681	-0.0225	-0.1166	-0.0308	0.0739	-0.0075	-0.0114	0.1161	-0.0215	0.1145	3.2819	35.4554	8.121
8	0.4703	-0.6038	0.4389	7.1871	-5.6105	5.4763	-0.0209	0.0303	-0.0077	-0.0043	0.0746	0.3359	0.0558	-0.1818	-0.0581	0.0837	-0.0335	-0.0092	0.1116	-0.0126	0.1484	-1.2477	29.8959	2.4411
9	0.7199	0.1941	-0.3817	0.5319	-0.1093	0.9407	-0.0425	0.0153	-0.0373	-0.0623	-0.0061	-0.0139	0.0916	0.0081	0.0509	0.0644	0.0035	-0.0101	0.079	-0.0037	0.089	20.3539	30.4297	-5.5896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 111 )	A	0 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 112 through 154 )	A	112 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 174 )	A	155 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 298 )	A	175 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 69 )	B	0 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 70 through 111 )	B	70 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 112 through 154 )	B	112 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 155 through 175 )	B	155 - 175
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 176 through 298 )	B	176 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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