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- PDB-7z61: Crystal structure of PI3Kgamma with a dihydropurinone inhibitor (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z61
タイトルCrystal structure of PI3Kgamma with a dihydropurinone inhibitor (compound 18)
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードSIGNALING PROTEIN / type I kinase inhibitor / structure-baed drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / phosphorylation / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IGJ / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.738 Å
データ登録者Goldberg, F.W. / Ting, A.K.T. / Schimpl, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Optimization of hERG and Pharmacokinetic Properties for Basic Dihydro-8 H -purin-8-one Inhibitors of DNA-PK.
著者: Goldberg, F.W. / Ting, A.K.T. / Beattie, D. / Lamont, G.M. / Fallan, C. / Finlay, M.R.V. / Williamson, B. / Schimpl, M. / Harmer, A.R. / Adeyemi, O.B. / Nordell, P. / Cronin, A.S. / Vazquez- ...著者: Goldberg, F.W. / Ting, A.K.T. / Beattie, D. / Lamont, G.M. / Fallan, C. / Finlay, M.R.V. / Williamson, B. / Schimpl, M. / Harmer, A.R. / Adeyemi, O.B. / Nordell, P. / Cronin, A.S. / Vazquez-Chantada, M. / Barratt, D. / Ramos-Montoya, A. / Cadogan, E.B. / Davies, B.R.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1212
ポリマ－110,7271
非ポリマー3931
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area36550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.894, 67.950, 107.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / p110gamma / Phosphoinositide-3-kinase catalytic gamma polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CG / p120-PI3K


分子量: 110727.102 Da / 分子数: 1 / 断片: amino acids 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-IGJ / 9-[(3~{R},4~{R})-4-fluoranylpyrrolidin-3-yl]-7-methyl-2-[(7-methylquinolin-6-yl)amino]purin-8-one


分子量: 393.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20FN7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 20 % PEG3350, 0.175 M ammonium sulfate, 0.001 M TCEP, 0.1 M Hepes pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.738→62.21 Å / Num. obs: 26986 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 129.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.74-2.813.40.796675419800.6030.5020.944199.3
12.25-62.1630.0218082720.9960.0140.02530.381.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.8 (24-FEB-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 2.738→62.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.51 / SU Rfree Blow DPI: 0.364
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2757 1317 4.88 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.2203 26976 98.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 220.39 Å2 / Biso mean: 141.29 Å2 / Biso min: 80.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3619 Å20 Å20.5769 Å2
2---10.489 Å20 Å2
3---3.1271 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.738→62.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6749 0 29 0 6778
Biso mean--109.33 --
残基数----834
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2452SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1153HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6927HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion900SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5130SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6927HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9377HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.65
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 30 5.56 %
Rwork0.3204 510 -
all0.3196 540 -
obs--90.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.3272 Å / Origin y: -0.014 Å / Origin z: 26.2773 Å
111213212223313233
T-0.1958 Å20.0205 Å20.0679 Å2--0.5091 Å2-0.0399 Å2---0.2561 Å2
L7.2362 °21.2366 °21.2433 °2-1.5413 °20.065 °2--3.8571 °2
S0.0473 Å °-0.1307 Å °-0.0404 Å °-0.0789 Å °0.0174 Å °-0.3617 Å °-0.5213 Å °0.1334 Å °-0.0647 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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