PDB-7z5t: Crystal Structure of botulinum neurotoxin A2 cell binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z5t

タイトル

Crystal Structure of botulinum neurotoxin A2 cell binding domain

要素

Botulinum neurotoxin

キーワード

TOXIN / neurotoxin / botulinum / receptor / cell binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of neurotransmitter secretion / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R. / Liu, S.M. / Mahadeva, T.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2022
タイトル: Structural Features of Clostridium botulinum Neurotoxin Subtype A2 Cell Binding Domain.
著者: Gregory, K.S. / Mahadeva, T.B. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2022年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z5t.cif.gz	109.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z5t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z5t_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z5t_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	7z5t_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	7z5t_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z5sC 5moyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Botulinum neurotoxin

ヘテロ分子

50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.918, 100.786, 116.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin 分子量: 50416.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: A, bont / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K4GGE0
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1m Sodium acetate, 4.55% PEG 400, 4.55% PEG 500 MME, 4.55% PEG 600, 4.55% PEG 1000, 4.55% PEG 2000, 4.55% PEG 3350, 4.55% PEG 4000, 4.55% PEG 5000, 4.55% PEG 6000, 4.55% PEG 8000, 4.55% PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→116.15 Å / Num. obs: 59567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 26.3 % / R_merge(I) obs: 5.53 / Num. unique obs: 2930 / CC_1/2: 0.299 / R_pim(I) all: 1.087 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MOY

5moy

解像度: 1.63→76.123 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 2.952 / SU ML: 0.092 / Average fsc free: 0.8407 / Average fsc work: 0.857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	2962	4.983 %
R_work	0.203	56484	-
all	0.205	-	-
obs	-	59446	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.782 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.613 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.806 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.807 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→76.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3339	0	20	214	3573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.602	1.633	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.371	1.589	7592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.81	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.34	24	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.407	15	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	10.101	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.029	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.297	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.61	2.966	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.606	2.963	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.624	4.431	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.624	4.434	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.699	3.392	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.698	3.393	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.465	4.92	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.464	4.921	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.847	34.386	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.833	34.239	3794

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.63-1.672	0.366	218	0.347	4142	0.348	4363	0.51	0.547	99.9312	0.345
1.672-1.718	0.355	203	0.328	4007	0.33	4210	0.57	0.615	100	0.325
1.718-1.768	0.313	214	0.297	3890	0.298	4104	0.735	0.757	100	0.289
1.768-1.822	0.276	212	0.263	3798	0.263	4013	0.831	0.849	99.9252	0.249
1.822-1.882	0.281	179	0.246	3687	0.248	3867	0.86	0.865	99.9741	0.227
1.882-1.948	0.332	180	0.31	3565	0.311	3753	0.805	0.813	99.7868	0.288
1.948-2.022	0.256	161	0.213	3455	0.215	3616	0.898	0.911	100	0.189
2.022-2.104	0.232	153	0.201	3365	0.203	3518	0.926	0.927	100	0.177
2.104-2.197	0.244	183	0.189	3181	0.192	3365	0.922	0.938	99.9703	0.165
2.197-2.305	0.284	179	0.248	3007	0.25	3207	0.89	0.909	99.3452	0.217
2.305-2.429	0.247	159	0.187	2896	0.19	3055	0.928	0.944	100	0.164
2.429-2.576	0.247	150	0.187	2772	0.19	2922	0.938	0.949	100	0.166
2.576-2.754	0.227	143	0.199	2600	0.2	2743	0.928	0.94	100	0.181
2.754-2.974	0.264	130	0.191	2438	0.194	2568	0.919	0.95	100	0.175
2.974-3.258	0.215	104	0.189	2267	0.19	2371	0.943	0.952	100	0.18
3.258-3.641	0.214	94	0.193	2066	0.194	2163	0.953	0.955	99.8613	0.187
3.641-4.203	0.233	102	0.178	1812	0.181	1915	0.951	0.962	99.9478	0.177
4.203-5.144	0.141	102	0.144	1551	0.144	1653	0.979	0.98	100	0.147
5.144-7.258	0.262	64	0.177	1241	0.181	1305	0.957	0.97	100	0.18
7.258-76.123	0.238	32	0.232	743	0.232	777	0.965	0.959	99.7426	0.233

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