PDB-7z5h: human Zn MATCAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z5h

タイトル

human Zn MATCAP

要素

Uncharacterized protein KIAA0895-like

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / detyrosination / microtubule-binding / zinc-metalloprotease / tyrosine carboxypeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / metallocarboxypeptidase activity / brain development / microtubule / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bak, J. / Adamopoulos, A. / Heidebrecht, T. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Posttranslational modification of microtubules by the MATCAP detyrosinase.
著者: Lisa Landskron / Jitske Bak / Athanassios Adamopoulos / Konstantina Kaplani / Maria Moraiti / Lisa G van den Hengel / Ji-Ying Song / Onno B Bleijerveld / Joppe Nieuwenhuis / Tatjana ...
要旨: The detyrosination-tyrosination cycle involves the removal and religation of the C-terminal tyrosine of α-tubulin and is implicated in cognitive, cardiac, and mitotic defects. The vasohibin-small ...

履歴

登録	2022年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z5h.cif.gz	967.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z5h.ent.gz	795.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14529C 7z5gSC 7z6sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein KIAA0895-like

B: Uncharacterized protein KIAA0895-like

C: Uncharacterized protein KIAA0895-like

D: Uncharacterized protein KIAA0895-like

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein KIAA0895-like

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein KIAA0895-like

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein KIAA0895-like

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized protein KIAA0895-like

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.646, 88.067, 165.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.767, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	A	A	141 - 469	5 - 333
2	2	1	LEU	LEU	B	B	141 - 469	5 - 333
3	3	2	LEU	LEU	A	A	141 - 469	5 - 333
4	4	2	LEU	LEU	C	C	141 - 469	5 - 333
5	5	3	PRO	PRO	A	A	141 - 470	5 - 334
6	6	3	PRO	PRO	D	D	141 - 470	5 - 334
7	7	4	PRO	PRO	B	B	141 - 470	5 - 334
8	8	4	PRO	PRO	C	C	141 - 470	5 - 334
9	9	5	LEU	LEU	B	B	141 - 469	5 - 333
10	10	5	LEU	LEU	D	D	141 - 469	5 - 333
11	11	6	LEU	LEU	C	C	141 - 469	5 - 333
12	12	6	LEU	LEU	D	D	141 - 469	5 - 333

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Uncharacterized protein KIAA0895-like 分子量: 39001.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0895L 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q68EN5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES-NaOH, 4.3M NaCl, 2 uM ZnCl2, pH 7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.28096 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.28096 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→47.083 Å / Num. obs: 55542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.173 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
10.61-47.04	6.5	0.03	773	0.999	0.019	0.036
2.5-2.57	7	1.727	4531	0.56	1.073	2.038

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Z5G

7z5g

解像度: 2.5→47.083 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 31.337 / SU ML: 0.302 / Average fsc free: 0.8345 / Average fsc work: 0.8422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.663 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2762	4.974 %
R_work	0.2319	52763	-
all	0.233	-	-
obs	-	55525	99.914 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.711 Å²	0 Å²	0.921 Å²
2-	-	0.234 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.083 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10848	0	4	161	11013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.018	11108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.978	1.876	15037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	2.938	23797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.747	5	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.13	22.795	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.914	15	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.768	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.159	0.2	10021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	5374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	6673
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.284	3.008	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.284	3.008	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.225	4.508	6603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.225	4.508	6604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.241	3.107	5820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.241	3.106	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.148	4.617	8434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.148	4.617	8433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.182	34.537	12504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.18	34.529	12498
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	11125
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.074	0.05	11041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.075	0.05	11111
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.083	0.05	11123
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.082	0.05	11133
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.061	0.05	11293

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08303	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08303	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07422	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07422	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07501	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07501	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08252	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08252	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08156	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08156	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06099	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06099	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.402	207	0.385	3863	X-RAY DIFFRACTION	99.8283
2.565-2.635	0.359	171	0.361	3837	X-RAY DIFFRACTION	99.9252
2.635-2.711	0.312	191	0.353	3651	X-RAY DIFFRACTION	99.948
2.711-2.795	0.325	239	0.328	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.887	0.33	181	0.31	3481	X-RAY DIFFRACTION	99.9727
2.887-2.988	0.3	170	0.292	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.988-3.101	0.33	157	0.279	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.227	0.321	177	0.27	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.371	0.328	126	0.251	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
3.371-3.535	0.274	145	0.229	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.535-3.726	0.211	128	0.206	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.726-3.952	0.208	128	0.191	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.225	0.197	125	0.179	2427	X-RAY DIFFRACTION	99.9217
4.225-4.563	0.19	120	0.168	2249	X-RAY DIFFRACTION	99.9578
4.563-4.998	0.206	108	0.164	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
4.998-5.587	0.231	109	0.181	1887	X-RAY DIFFRACTION	99.9499
5.587-6.451	0.214	113	0.204	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.8858
6.451-7.897	0.191	79	0.169	1431	X-RAY DIFFRACTION	99.9338
7.897-11.156	0.211	63	0.161	1105	X-RAY DIFFRACTION	100
11.156-47.083	0.169	25	0.2	628	X-RAY DIFFRACTION	98.3434

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5519	0.8203	0.0228	1.729	0.4411	1.8262	-0.0433	0.2454	-0.1164	0.0179	0.0264	-0.1821	0.2916	0.2049	0.017	0.3675	0.0453	0.2015	0.0802	0.0091	0.1378	-25.2284	-1.9615	-21.1562
2	1.2908	-0.4609	0.855	1.7301	-0.4598	3.96	-0.1028	0.1904	-0.1722	-0.1833	0.3051	0.3158	-0.3354	0.1242	-0.2023	0.5244	-0.2271	0.2332	0.2782	-0.0501	0.2009	-3.3918	-0.4759	-60.2173
3	2.6301	-0.9067	-0.1283	0.8556	-0.5752	1.9518	-0.1888	0.1627	-0.0114	-0.1198	0.1546	-0.0464	-0.1515	0.1002	0.0342	0.4756	-0.2055	0.2375	0.1946	-0.046	0.1624	-9.2678	42.0796	-63.2142
4	1.6428	0.8523	-0.6086	1.4973	-0.0759	3.1267	0.0318	0.0965	0.1316	-0.0036	0.0212	-0.0199	-0.1952	-0.0671	-0.0529	0.2061	0.0265	0.1364	0.0092	0.0254	0.1095	-17.2388	40.6978	-22.0234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	140 - 471
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	141 - 470
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	141 - 470
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	141 - 471

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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