PDB-7z55: Crystal Structure of the Ring Nuclease 0455 from Sulfolobus islan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z55

タイトル

Crystal Structure of the Ring Nuclease 0455 from Sulfolobus islandicus (Sis0455) in complex with its substrate

要素

CRISPR-associated protein
Cyclic RNA cA4

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / RING NUCLEASE / CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN / VIRAL RESISTANCE / CARF NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN / CRISPR Ring Nuclease

機能・相同性

CRISPR-assoc protein, NE0113/Csx13 / CRISPR-associated protein NE0113 (Cas_NE0113) / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / RNA / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.664 Å

データ登録者

Molina, R. / Martin-Garcia, R. / Lopez-Mendez, B. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Stella, S. / Montoya, G.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of cyclic tetra-oligoadenylate processing by small standalone CRISPR-Cas ring nucleases.
著者: Molina, R. / Garcia-Martin, R. / Lopez-Mendez, B. / Jensen, A.L.G. / Ciges-Tomas, J.R. / Marchena-Hurtado, J. / Stella, S. / Montoya, G.

履歴

登録	2022年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_keywords Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z55.cif.gz	146.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z55.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z56C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: CRISPR-associated protein

BBB: CRISPR-associated protein

CCC: Cyclic RNA cA4

ヘテロ分子

49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.975, 79.531, 95.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein 分子量: 23816.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌) 遺伝子: SiRe_0455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NGX6
#2: RNA鎖	Cyclic RNA cA4 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 41% PEG 400 0.1M sodium acetate pH 4.5 0.1M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→61.24 Å / Num. obs: 37215 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 24.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.54→1.65 Å / Num. unique obs: 1746 / CC_1/2: 0.488

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.664→47.916 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.307 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	1938	4.991 %
R_work	0.2086	36894	-
all	0.211	-	-
obs	-	36894	98.859 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.052 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.222 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.664→47.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2999	88	9	36	3132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.042	1.649	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.448	1.585	7118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.385	5	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.105	24.342	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.53	15	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.113	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.29	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.179	3.415	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.155	3.413	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.377	5.123	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.377	5.124	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.987	3.941	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.986	3.94	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.775	5.716	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.774	5.716	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.337	41.191	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.338	41.194	3481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.664-1.707	0.107	139	0.085	2649	X-RAY DIFFRACTION	97.5849
1.707-1.754	0.108	138	0.092	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.8916
1.754-1.805	0.139	137	0.102	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.8181
1.805-1.86	0.139	131	0.123	2475	X-RAY DIFFRACTION	99.8467
1.86-1.921	0.336	124	0.296	2372	X-RAY DIFFRACTION	97.844
1.921-1.989	0.242	120	0.207	2301	X-RAY DIFFRACTION	97.1119
1.989-2.064	0.256	117	0.198	2212	X-RAY DIFFRACTION	97.652
2.064-2.148	0.243	116	0.204	2195	X-RAY DIFFRACTION	99.4406
2.148-2.243	0.295	107	0.239	2067	X-RAY DIFFRACTION	98.9982
2.243-2.353	0.312	107	0.221	2012	X-RAY DIFFRACTION	98.6499
2.353-2.48	0.236	100	0.192	1908	X-RAY DIFFRACTION	99.8012
2.48-2.63	0.247	95	0.227	1814	X-RAY DIFFRACTION	99.5308
2.63-2.811	0.308	89	0.238	1708	X-RAY DIFFRACTION	98.5738
2.811-3.036	0.284	83	0.23	1584	X-RAY DIFFRACTION	98.5225
3.036-3.325	0.297	79	0.22	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.325-3.716	0.297	71	0.213	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.8593
3.716-4.288	0.223	62	0.194	1203	X-RAY DIFFRACTION	98.6739
4.288-5.245	0.221	54	0.185	1013	X-RAY DIFFRACTION	98.1601
5.245-7.391	0.205	43	0.229	808	X-RAY DIFFRACTION	98.1546
7.391-47.916	0.259	26	0.228	499	X-RAY DIFFRACTION	99.8099

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0445	-0.0256	0.0448	0.0301	0.0035	0.1049	0.0001	0.0048	-0.0023	0.0025	-0.0048	0.0053	0.0037	-0.0009	0.0047	0.0263	-0.0008	0.0027	0.0014	0.0001	0.0416	26.858	-1.422	14.277
2	0.0479	-0.0117	0.0546	0.0467	0.019	0.0973	-0.0018	-0.0077	0.003	0.0023	0.0026	-0.0094	0.0061	-0.0051	-0.0008	0.0275	-0.0004	0.0005	0.0024	0.002	0.0394	40.825	-1.159	35.664
3	0.8723	-0.097	-0.1262	0.0109	0.0143	0.0192	-0.0031	-0.0095	-0.0178	0.002	0.0006	0.0017	0.0065	0.0001	0.0025	0.0406	-0.0057	-0.0007	0.0074	0.0039	0.0361	33.896	-5.783	24.855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 189
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	2 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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