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- PDB-7z53: Structure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with a t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z53
タイトルStructure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with a truncated version (SPIN truncated) of the Staphyloccal Peroxidase Inhibitor SPIN from Staphylococcus aureus
要素(Myeloperoxidase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / OXALATE ION / : / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Pfanzagl, V. / Brito, J.A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund33997 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The staphylococcal inhibitory protein SPIN binds to human myeloperoxidase with picomolar affinity but only dampens halide oxidation.
著者: Leitgeb, U. / Furtmuller, P.G. / Hofbauer, S. / Brito, J.A. / Obinger, C. / Pfanzagl, V.
履歴
登録2022年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model / カテゴリ: atom_site / pdbx_validate_close_contact
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
C: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
E: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
F: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
G: Myeloperoxidase light chain
H: Myeloperoxidase heavy chain
I: Myeloperoxidase light chain
J: Myeloperoxidase heavy chain
K: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
L: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
M: Myeloperoxidase light chain
N: Myeloperoxidase heavy chain
O: Myeloperoxidase light chain
P: Myeloperoxidase heavy chain
Q: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
R: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
S: Myeloperoxidase light chain
T: Myeloperoxidase heavy chain
U: Myeloperoxidase light chain
V: Myeloperoxidase heavy chain
W: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
X: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)599,81577
ポリマ－576,82624
非ポリマー22,98953
水19,2401068
1
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
C: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
E: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
F: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,03221
ポリマ－144,2076
非ポリマー5,82515
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Myeloperoxidase light chain
H: Myeloperoxidase heavy chain
I: Myeloperoxidase light chain
J: Myeloperoxidase heavy chain
K: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
L: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,36518
ポリマ－144,2076
非ポリマー5,15912
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Myeloperoxidase light chain
N: Myeloperoxidase heavy chain
O: Myeloperoxidase light chain
P: Myeloperoxidase heavy chain
Q: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
R: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,68820
ポリマ－144,2076
非ポリマー6,48214
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
S: Myeloperoxidase light chain
T: Myeloperoxidase heavy chain
U: Myeloperoxidase light chain
V: Myeloperoxidase heavy chain
W: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
X: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,73018
ポリマ－144,2076
非ポリマー5,52412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)257.022, 157.196, 166.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

-
Myeloperoxidase ... , 3種, 24分子 ACGIMOSUBDHJNPTVEFKLQRWX

#1: タンパク質
Myeloperoxidase light chain


分子量: 12075.524 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 167-271 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#2: タンパク質
Myeloperoxidase heavy chain


分子量: 53234.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#3: タンパク質
Myeloperoxidase inhibitor SPIN


分子量: 6793.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spn, KMZ21_01875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8E8QUP3

-
糖 , 7種, 26分子

#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 1095分子

#10: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#13: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#15: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#16: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2O4
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% (w/V) PEG 20000, 0.1 M BICINE pH 9, 0.5% (V/V) Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→76.19 Å / Num. obs: 315034 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 32.82 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.3967 / Net I/σ(I): 3.64
反射 シェル解像度: 2.26→2.341 Å / Num. unique obs: 31286 / CC1/2: 0.173

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 (20210716)data processing
XDSFeb 5, 2021データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
MoRDa位相決定
Coot0.9.8モデル構築
PHENIX1.20rc4_4425精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QZR

7qzr


解像度: 2.28→76.19 Å / SU ML: 0.2799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 12022 4.96 %
Rwork0.1741 230566 -
obs0.1768 242588 79.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→76.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40206 0 1522 1068 42796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013642708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.322558053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05646368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01177529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.697916504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.30.4274120.2516262X-RAY DIFFRACTION2.72
2.3-2.330.4062330.2657678X-RAY DIFFRACTION7.07
2.33-2.360.3263680.23631361X-RAY DIFFRACTION14.04
2.36-2.390.29791220.24522223X-RAY DIFFRACTION23.16
2.39-2.420.27971680.24083138X-RAY DIFFRACTION32.7
2.42-2.450.3142090.24154174X-RAY DIFFRACTION43.23
2.45-2.490.31662580.23265169X-RAY DIFFRACTION53.38
2.49-2.530.2773320.24095995X-RAY DIFFRACTION62.89
2.53-2.570.30373960.25067059X-RAY DIFFRACTION73.43
2.57-2.610.29654210.2457900X-RAY DIFFRACTION82.17
2.61-2.650.29614790.23988609X-RAY DIFFRACTION89.67
2.65-2.70.29044990.23699061X-RAY DIFFRACTION94.22
2.7-2.750.32564460.23089447X-RAY DIFFRACTION97.48
2.75-2.810.294960.22199585X-RAY DIFFRACTION99.18
2.81-2.870.28315100.22789661X-RAY DIFFRACTION99.8
2.87-2.940.2595180.21129622X-RAY DIFFRACTION99.92
2.94-3.010.25084980.20849671X-RAY DIFFRACTION99.97
3.01-3.090.28214910.21589689X-RAY DIFFRACTION99.98
3.09-3.180.26285110.20619647X-RAY DIFFRACTION99.99
3.18-3.290.26944900.20669696X-RAY DIFFRACTION99.98
3.29-3.40.25544850.1829736X-RAY DIFFRACTION99.97
3.4-3.540.22565060.16489699X-RAY DIFFRACTION99.99
3.54-3.70.23235330.15349699X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.90.19455080.14419698X-RAY DIFFRACTION99.95
3.9-4.140.18334770.12749801X-RAY DIFFRACTION99.96
4.14-4.460.15525110.11939730X-RAY DIFFRACTION99.98
4.46-4.910.17724930.12049823X-RAY DIFFRACTION99.93
4.91-5.620.1685370.13069811X-RAY DIFFRACTION99.92
5.62-7.080.19464900.14889930X-RAY DIFFRACTION99.95
7.08-76.190.21195250.17179992X-RAY DIFFRACTION97.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 167 through 271)AA167 - 2711 - 105
22(chain 'B' and resid 279 through 743)BC279 - 7431 - 465
33(chain 'C' and resid 166 through 271)CT166 - 2711 - 106
44(chain 'D' and resid 279 through 743)DV279 - 7431 - 465
55(chain 'E' and resid 47 through 97)EE47 - 971 - 51
66(chain 'F' and resid 47 through 103)FF47 - 1031 - 57
77(chain 'G' and resid 166 through 271)GG166 - 2711 - 106
88(chain 'H' and resid 279 through 744)HH279 - 7441 - 466
99(chain 'I' and resid 167 through 271)II167 - 2711 - 105
1010(chain 'J' and resid 279 through 743)JJ279 - 7431 - 465
1111(chain 'K' and resid 46 through 94)KK46 - 941 - 49
1212(chain 'K' and resid 95 through 100)KK95 - 10050 - 55
1313(chain 'L' and resid 46 through 104)LL46 - 1041 - 59
1414(chain 'M' and resid 167 through 271)MM167 - 2711 - 105
1515(chain 'N' and resid 279 through 743)NN279 - 7431 - 465
1616(chain 'O' and resid 167 through 271)OO167 - 2711 - 105
1717(chain 'P' and resid 279 through 743)PP279 - 7431 - 465
1818(chain 'Q' and resid 46 through 97)QQ46 - 971 - 52
1919(chain 'Q' and resid 98 through 100)QQ98 - 10053 - 55
2020(chain 'R' and resid 46 through 104)RR46 - 1041 - 59
2121(chain 'S' and resid 166 through 271)SS166 - 2711 - 106
2222(chain 'T' and resid 279 through 743)TT279 - 7431 - 465
2323(chain 'U' and resid 167 through 271)UU167 - 2711 - 105
2424(chain 'V' and resid 279 through 744)VV279 - 7441 - 466
2525(chain 'W' and resid 46 through 101)WW46 - 1011 - 56
2626(chain 'X' and resid 46 through 100)XX46 - 1001 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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