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- PDB-7z3x: Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z3x
タイトルCrystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*())-3')
  • Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RNA recognition motif (RRM) / ssDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding / RNA binding ...mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / : / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / : / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ni, X. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA
著者: Ni, X. / Chaikuad, A. / Knapp, S.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 2.02023年1月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sheet_id
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
B: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*())-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6168
ポリマ－45,3684
非ポリマー2484
水3,189177
1
A: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*())-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8214
ポリマ－22,6972
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
E: DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7964
ポリマ－22,6722
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.613, 70.386, 107.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 / 60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP- ...60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP-interacting repressor / Ro-binding protein 1 / RoBP1 / Siah-binding protein 1 / Siah-BP1


分子量: 21803.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUF60, FIR, ROBPI, SIAHBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHX1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*())-3')


分子量: 892.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')


分子量: 867.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350 0.1M Bis-Tris, pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→49.38 Å / Num. obs: 50994 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 2538 / CC1/2: 0.833

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2-4459精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QFJ

2qfj


解像度: 1.65→49.38 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2144 2554 5.01 %
Rwork0.2038 --
obs0.2044 50947 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2875 87 16 177 3155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.207476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.680.38711340.33652683X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.720.35451490.30042653X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.30661450.26752683X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.30511350.2472684X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.840.24931560.23062606X-RAY DIFFRACTION99
1.84-1.890.24661190.22422663X-RAY DIFFRACTION98
1.89-1.940.26661540.22842670X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.010.26191610.24182658X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.080.27291440.23122695X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.160.20911400.20712664X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.260.22271350.1972703X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.380.2441320.20812717X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.530.2491350.21242711X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.720.24451410.2132606X-RAY DIFFRACTION96
2.72-30.23211180.20852748X-RAY DIFFRACTION99
3-3.430.22481540.20752725X-RAY DIFFRACTION99
3.43-4.320.17111530.16862748X-RAY DIFFRACTION99
4.32-49.380.15631490.18632776X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.54781.9078-3.60846.3879-3.48528.68-0.05160.02520.3395-0.53420.1128-0.3758-0.12460.3285-0.08980.3144-0.0447-0.0060.1563-0.00390.271-2.97575.48119.7561
21.93540.31811.11583.17250.3612.8696-0.0274-0.46880.24810.38010.05710.1355-0.3794-0.6445-0.07830.28620.08540.01950.3009-0.03010.208-11.8553-1.132142.8833
35.51820.3283-2.10612.4399-1.78316.3192-0.0913-0.10350.17390.00850.0379-0.0969-0.1623-0.13790.08720.1790.0287-0.01010.1683-0.00610.1497-7.0484-6.006732.0902
41.72790.8073-0.61383.5099-3.07029.2942-0.0684-0.19110.04470.2750.19840.1942-0.161-0.9031-0.16190.16550.02170.01090.24120.00450.189-15.7938-5.23132.8674
59.3021-6.3032-0.4188.2619-0.06196.08550.54130.8422-0.0231-1.1809-0.33010.16050.12450.2089-0.15950.31380.001-0.00980.20620.00520.1513-5.0943-5.915414.3087
63.2737-0.5925-0.84365.6683-0.34295.03340.0171-0.02190.18520.0001-0.1261-0.5640.04970.57910.06490.13380.0465-0.00270.17980.02280.2236.8703-15.436229.0899
74.3775-1.65571.58956.4274-0.93483.5269-0.09920.40230.25920.06340.0716-0.5621-0.28570.15820.26710.19210.01090.02250.1866-0.00040.21870.3825-9.624523.0557
85.5136-0.0768-0.27030.69780.89691.17040.10260.221-0.413-0.10860.36490.91110.0359-0.8641-0.22070.321-0.0351-0.09720.62970.27940.5666-37.2317-1.18228.2369
91.8587-1.13510.97864.7184-3.52775.0305-0.0037-0.1361-0.06620.01260.23690.2736-0.1268-0.2298-0.15740.19490.0111-0.01050.17780.01370.185-21.37354.77947.1351
100.26341.1062-0.19864.8436-1.17173.46530.0711-0.432-0.07740.2126-0.04190.9283-0.4996-0.0535-0.07020.30810.02480.09850.62570.20320.7326-40.6816-4.396919.0608
114.3503-0.0179-0.7753.0478-1.13771.1127-0.535-1.1073-1.28550.07810.65620.3310.4453-0.18270.05380.31010.06660.02260.54150.27640.505-22.6283-15.756719.2307
122.79130.0796-1.92853.0363-2.64323.57410.70620.00620.6044-0.2494-0.16891.114-1.0123-1.8271-0.39970.54060.1832-0.00470.74850.06590.4526-22.37911.553135.6201
136.77384.3704-2.84857.41711.35196.2956-0.51260.65380.697-1.03150.8931.3542-0.3984-0.8975-0.47660.50830.1268-0.07440.6470.19680.6032-30.893811.86995.2408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 98 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 196 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 208 through 280 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 281 through 291 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 99 through 117 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 191 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 192 through 208 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 209 through 289 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 3 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 0 through 2 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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