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- PDB-7z3t: Crystal structure of apo human Cathepsin L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z3t
タイトルCrystal structure of apo human Cathepsin L
要素Cathepsin L
キーワードHYDROLASE / cathepsin / cystein protease / drug development / drug target / peptide-like inhibitor / lysosome / protein degradation / SARS-CoV-2 / COVID-19 / spike protein maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / Collagen degradation / protein autoprocessing / fibronectin binding / collagen catabolic process / serpin family protein binding / collagen binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / adaptive immune response / histone binding / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Procathepsin L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Rahmani Mashhour, A. / Hauser, M. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. ...Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Rahmani Mashhour, A. / Hauser, M. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Lach, M. / Boehler, H. / Beck, T. / Cox, R. / Chapman, H.N. / Hinrichs, W. / Turk, D. / Guenther, S. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, スロベニア, 6件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationFISCOV ドイツ
Helmholtz AssociationSFragX ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research16GW0277 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research031B0405 ドイツ
Slovenian Research AgencyP1-0048 スロベニア
Slovenian Research AgencyIO-0048 スロベニア
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Calpeptin is a potent cathepsin inhibitor and drug candidate for SARS-CoV-2 infections.
著者: Reinke, P.Y.A. / de Souza, E.E. / Gunther, S. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Herrmann, A. / Rahmani Mashhour, A. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / ...著者: Reinke, P.Y.A. / de Souza, E.E. / Gunther, S. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Herrmann, A. / Rahmani Mashhour, A. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Botosso, V.F. / Santelli, G.M.M. / Kapronezai, J. / de Araujo, M.V. / Silva-Pereira, T.T. / Filho, A.F.S. / Tavares, M.S. / Florez-Alvarez, L. / de Oliveira, D.B.L. / Durigon, E.L. / Giaretta, P.R. / Heinemann, M.B. / Hauser, M. / Seychell, B. / Bohler, H. / Rut, W. / Drag, M. / Beck, T. / Cox, R. / Chapman, H.N. / Betzel, C. / Brehm, W. / Hinrichs, W. / Ebert, G. / Latham, S.L. / Guimaraes, A.M.S. / Turk, D. / Wrenger, C. / Meents, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, ...著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin L
B: Cathepsin L
C: Cathepsin L
D: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,82321
ポリマ－96,7114
非ポリマー2,11217
水10,557586
1
A: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7086
ポリマ－24,1781
非ポリマー5315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6905
ポリマ－24,1781
非ポリマー5134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7966
ポリマ－24,1781
非ポリマー6195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6284
ポリマ－24,1781
非ポリマー4513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.940, 62.140, 67.470
Angle α, β, γ (deg.)105.166, 94.226, 115.576
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cathepsin L


分子量: 24177.676 Da / 分子数: 4 / 変異: T110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL, CTSL1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P07711

-
非ポリマー , 5種, 603分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after approximately 3 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.94 Å / Num. obs: 101082 / % possible obs: 97.22 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 19.36 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1661 / Rpim(I) all: 0.06553 / Rrim(I) all: 0.1793 / Net I/σ(I): 9.07
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 2.183 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 10076 / CC1/2: 0.55 / CC star: 0.842 / Rpim(I) all: 0.839 / Rrim(I) all: 2.345 / % possible all: 96.66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18-3855_9999精密化
Cootモデル構築
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18-3855_9999位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QKC

7qkc


解像度: 1.6→49.94 Å / SU ML: 0.1508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.1633
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 1993 1.97 %
Rwork0.1547 98920 -
obs0.1551 100913 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6764 0 140 586 7490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00557400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79599994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.76411122
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.25041460.2487032X-RAY DIFFRACTION96.62
1.64-1.680.25921410.22317047X-RAY DIFFRACTION96.94
1.68-1.730.20961360.2077049X-RAY DIFFRACTION97.17
1.73-1.790.22771520.20157040X-RAY DIFFRACTION97.29
1.79-1.850.24881450.19647013X-RAY DIFFRACTION97.22
1.85-1.930.20351250.18846841X-RAY DIFFRACTION92.76
1.93-2.020.21011560.16097110X-RAY DIFFRACTION98.32
2.02-2.120.17471430.14957174X-RAY DIFFRACTION98.33
2.12-2.260.16481350.14977152X-RAY DIFFRACTION98.79
2.26-2.430.16711420.1477152X-RAY DIFFRACTION98.55
2.43-2.670.16321400.14696969X-RAY DIFFRACTION95.65
2.67-3.060.17461520.1497217X-RAY DIFFRACTION99.01
3.06-3.860.16631420.13477151X-RAY DIFFRACTION98.7
3.86-49.940.14561380.14196973X-RAY DIFFRACTION95.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.023767206220.09789928411711.447085046111.54471064890.4985604642741.87527551557-0.149916588158-0.096484696241-0.00968930438865-0.0747058721030.107929994671-0.133405053412-0.1486985065130.008327658662060.06588970188340.251306423022-0.03609063380450.08386022467940.223065724997-0.07437912063720.20902217068225.91696647-9.18207467944-5.14138963692
25.066633239281.93191016262-2.771565038441.85322484575-2.119429803183.83692055005-0.07018321427760.00664285604702-0.184564393805-0.2836869270070.12000937251-0.362402123716-0.06047206844610.260720138423-0.03475500121840.225178156643-0.0625159833280.07321560123930.203065814377-0.1118429741940.21765391153426.3421040072-16.2403682941-11.8823317112
33.114747867920.9799937789451.390977287142.813922469530.9941240529151.096671000570.006328649573420.01068241366070.161533824279-0.2590144716580.1412738894360.142268417169-0.0935541519278-0.0106557147379-0.1050597488450.244215780086-0.05154958282780.09006755220010.179228439392-0.06792934208910.15344122452619.2703710286-19.4872754833-16.1444747254
42.69653706971-0.1079925414020.7118722371763.225643714630.3627227042213.775583203160.0558074473583-0.0308330892993-0.109100796345-0.2314585758140.0767409921978-0.01951350880470.0480177291482-0.230978377753-0.127490281280.203502696148-0.07251674816360.0422079199750.165227067469-0.05481392760110.17779285156416.7306709586-22.6397956472-15.9818842293
51.077084136960.2810065673621.133728065732.104731867950.7006132142736.024698991380.0364766429362-0.041253968541-0.3247445854280.1201397732850.397977553458-0.5667670556320.1934097873050.184267175517-0.4705585728430.197883954140.0135597893210.02496418864920.229243132927-0.1023450065170.38039173595333.6997305081-21.0351321549-4.32059644308
61.141201664820.8380517134841.440861057281.748854678641.779819401923.42885407610.126474656389-0.279085436507-0.1086509783390.124307940694-0.0287651334301-0.06697977699520.101788329665-0.402207655064-0.08579077685290.168028752519-0.0181524583020.0214719527370.222101238409-0.004626793221340.16281860116524.3366287991-10.96162063347.22988234206
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 24 )AA1 - 241 - 27
22chain 'A' and (resid 25 through 42 )AA25 - 4228 - 46
33chain 'A' and (resid 43 through 60 )AA43 - 6047 - 64
44chain 'A' and (resid 61 through 104 )AA61 - 10465 - 111
55chain 'A' and (resid 105 through 128 )AA105 - 128112 - 135
66chain 'A' and (resid 129 through 186 )AA129 - 186136 - 194
77chain 'A' and (resid 187 through 220 )AA187 - 220195 - 229
88chain 'B' and (resid 1 through 24 )BB1 - 241 - 26
99chain 'B' and (resid 25 through 42 )BB25 - 4227 - 45
1010chain 'B' and (resid 43 through 80 )BB43 - 8046 - 83
1111chain 'B' and (resid 81 through 104 )BB81 - 10484 - 110
1212chain 'B' and (resid 105 through 128 )BB105 - 128111 - 134
1313chain 'B' and (resid 129 through 186 )BB129 - 186135 - 193
1414chain 'B' and (resid 187 through 197 )BB187 - 197194 - 204
1515chain 'B' and (resid 198 through 207 )BB198 - 207205 - 215
1616chain 'B' and (resid 208 through 220 )BB208 - 220216 - 228
1717chain 'C' and (resid 2 through 24 )CC2 - 241 - 25
1818chain 'C' and (resid 25 through 42 )CC25 - 4226 - 44
1919chain 'C' and (resid 43 through 80 )CC43 - 8045 - 82
2020chain 'C' and (resid 81 through 104 )CC81 - 10483 - 107
2121chain 'C' and (resid 105 through 128 )CC105 - 128108 - 131
2222chain 'C' and (resid 129 through 144 )CC129 - 144132 - 147
2323chain 'C' and (resid 145 through 154 )CC145 - 154148 - 158
2424chain 'C' and (resid 155 through 186 )CC155 - 186159 - 188
2525chain 'C' and (resid 187 through 197 )CC187 - 197189 - 199
2626chain 'C' and (resid 198 through 207 )CC198 - 207200 - 211
2727chain 'C' and (resid 208 through 220 )CC208 - 220212 - 225
2828chain 'D' and (resid 1 through 24 )DD1 - 241 - 27
2929chain 'D' and (resid 25 through 104 )DD25 - 10428 - 112
3030chain 'D' and (resid 105 through 128 )DD105 - 128113 - 137
3131chain 'D' and (resid 129 through 197 )DD129 - 197138 - 211
3232chain 'D' and (resid 198 through 220 )DD198 - 220212 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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