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- PDB-7z3o: Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z3o
タイトルCryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-2 conformation
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 29
  • (60S ribosomal protein ...) x 29
  • (Putative 60S ribosomal ...) x 2
  • (Putative ribosomal ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 8
  • 18S rRNA
  • 26S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
  • HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein
  • Nascent chain
  • Putative guanine nucleotide-binding protein
  • Putative heat shock protein
  • Putative ribosome associated protein
  • eL24
  • eL38
  • uL6
キーワードCHAPERONE / RAC / ribosome-associated complex / thermophilic eukaryotic ribosome / 80S
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I core factor complex / 'de novo' cotranslational protein folding / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / protein kinase regulator activity / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / regulation of translational fidelity ...RNA polymerase I core factor complex / 'de novo' cotranslational protein folding / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / protein kinase regulator activity / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / translation regulator activity / Hsp70 protein binding / endomembrane system / post-translational protein modification / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / ATP-dependent protein folding chaperone / rRNA processing / regulation of translation / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / : / Ribosome-associated complex head domain / Zuotin-like, zuotin homology domain / Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger ...Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / : / Ribosome-associated complex head domain / Zuotin-like, zuotin homology domain / Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Hyaluronan / mRNA binding family / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / : / STT3/PglB/AglB core domain / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Parkin co-regulated protein / TOG domain / Parkin co-regulated protein / TOG / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / HEAT-like repeat / DnaJ domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / 60s Acidic ribosomal protein / DnaJ domain / 60S acidic ribosomal protein P0 / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / : / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L3-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Putative ribosome associated protein ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L3-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Putative ribosome associated protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein s10-like protein / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S13-like protein / Putative heat shock protein / 40S ribosomal protein s15-like protein / 60S ribosomal protein L6 / dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / 60S ribosomal protein l21-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L14-like protein / Ribosomal protein s27-like protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S27a-like protein / 40S ribosomal protein S20-like protein / Hyaluronan/mRNA-binding protein domain-containing protein / 60S ribosomal protein L2-like protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / 60S ribosomal protein L43-like protein / 40S ribosomal protein S3 / Putative ribosomal protein / 60S ribosomal protein L32-like protein / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S17-like protein / 40S ribosomal protein S7 / Putative ribosomal protein / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Ribosomal protein L19 / Putative guanine nucleotide-binding protein / 60S ribosomal protein L8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S16-like protein / 60S ribosomal protein L44-like protein / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein l33-like protein / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein l30-like protein / 60S ribosomal protein L10-like protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / 60S ribosomal protein L4-like protein / 40S ribosomal protein S19-like protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / 60S ribosomal protein L12-like protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein l17-like protein / 60S ribosomal protein L16-like protein / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S22-like protein / Putative 60S ribosomal protein / Large ribosomal subunit protein uL5 / 40S ribosomal protein S21-like protein / 60S ribosomal protein l23-like protein / Small ribosomal subunit protein eS24
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kisonaite, M. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural inventory of cotranslational protein folding by the eukaryotic RAC complex.
著者: Miglė Kišonaitė / Klemens Wild / Karine Lapouge / Genís Valentín Gesé / Nikola Kellner / Ed Hurt / Irmgard Sinning /
要旨: The challenge of nascent chain folding at the ribosome is met by the conserved ribosome-associated complex (RAC), which forms a chaperone triad with the Hsp70 protein Ssb in fungi, and consists of ...The challenge of nascent chain folding at the ribosome is met by the conserved ribosome-associated complex (RAC), which forms a chaperone triad with the Hsp70 protein Ssb in fungi, and consists of the non-canonical Hsp70 Ssz1 and the J domain protein Zuotin (Zuo1). Here we determine cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RAC bound to 80S ribosomes. RAC adopts two distinct conformations accommodating continuous ribosomal rotation by a flexible lever arm. It is held together by a tight interaction between the Ssz1 substrate-binding domain and the Zuo1 N terminus, and additional contacts between the Ssz1 nucleotide-binding domain and Zuo1 J- and Zuo1 homology domains, which form a rigid unit. The Zuo1 HPD motif conserved in J-proteins is masked in a non-canonical interaction by the Ssz1 nucleotide-binding domain, and allows the positioning of Ssb for activation by Zuo1. Overall, we provide the basis for understanding how RAC cooperates with Ssb in a dynamic nascent chain interaction and protein folding.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 26S rRNA
2: 18S rRNA
3: 5S rRNA
4: 5.8S rRNA
A: Putative guanine nucleotide-binding protein
B: HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein
C: Putative ribosome associated protein
D: Putative heat shock protein
LA: 60S ribosomal protein L2-like protein
LB: 60S ribosomal protein L3-like protein
LC: 60S ribosomal protein L4-like protein
LD: 60S ribosomal protein l5-like protein
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein l7-like protein
LG: 60S ribosomal protein L8
LH: uL6
LI: 60S ribosomal protein L10-like protein
LJ: Putative ribosomal protein
LK: 60S ribosomal protein L12-like protein
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-like protein
LN: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L16-like protein
LP: 60S ribosomal protein l17-like protein
LQ: Ribosomal protein L18-like protein
LR: Ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L20
LT: 60S ribosomal protein l21-like protein
LU: 60S ribosomal protein L22-like protein
LV: 60S ribosomal protein l23-like protein
LW: eL24
LX: 60S ribosomal protein L25-like protein
LY: 60S ribosomal protein L26-like protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L28-like protein
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein l30-like protein
Ld: Putative 60S ribosomal protein
Le: 60S ribosomal protein L32-like protein
Lf: 60S ribosomal protein l33-like protein
Lg: Ribosomal protein l34-like protein
Lh: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: eL38
Ll: Ribosomal protein eL39
Lm: Putative ribosomal protein
Ln: 60S ribosomal protein L41-A
Lo: 60S ribosomal protein L44-like protein
Lp: 60S ribosomal protein L43-like protein
Lq: Putative 60S ribosomal protein
Lr: 60S ribosomal protein L41-A
Ls: 60S acidic ribosomal protein P0
NC: Nascent chain
SA: 40S ribosomal protein S0
SB: 40S ribosomal protein S1
SC: 40S ribosomal protein S2-like protein
SD: 40S ribosomal protein S3-like protein
SE: 40S ribosomal protein S4
SF: 40S ribosomal protein s5-like protein
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SJ: 40S ribosomal protein s9-like protein
SK: 40S ribosomal protein s10-like protein
SL: 40S ribosomal protein S11-like protein
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13-like protein
SO: 40S ribosomal protein S14-like protein
SP: 40S ribosomal protein s15-like protein
SQ: 40S ribosomal protein S16-like protein
SR: 40S ribosomal protein S17-like protein
SS: Putative ribosomal protein
ST: 40S ribosomal protein S19-like protein
SU: 40S ribosomal protein S20-like protein
SV: 40S ribosomal protein S21-like protein
SW: 40S ribosomal protein S22-like protein
SX: 40S ribosomal protein s23-like protein
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sb: Ribosomal protein s27-like protein
Sc: 40S ribosomal protein S28-like protein
Sd: Ribosomal protein uS14
Se: 40S ribosomal protein S30
Sf: 40S ribosomal protein S27a-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,361,806567
ポリマ－3,349,30486
非ポリマー12,502481
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "Ln"
d_2ens_1chain "Lr"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METSERVA1 - 24
d_21ens_1METSERZA1 - 24

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.658442754557, -0.531266819807, 0.533112281929), (-0.583756662667, 0.80759219771, 0.083803347128), (-0.475059257107, -0.256028139802, -0.841883776935)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.658442754557, -0.531266819807, 0.533112281929), (-0.583756662667, 0.80759219771, 0.083803347128), (-0.475059257107, -0.256028139802, -0.841883776935)
ベクター: 451.414996879, 284.384060524, 602.054732591)

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 1234

#1: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 1078730.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 578772.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38596.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#4: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719

-
タンパク質 , 9種, 9分子 ABCDLHLWLhLkLs

#5: タンパク質 Putative guanine nucleotide-binding protein


分子量: 35149.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9U0
#6: タンパク質 HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein


分子量: 32667.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S428
#7: タンパク質 Putative ribosome associated protein


分子量: 51048.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYD6
#8: タンパク質 Putative heat shock protein


分子量: 62449.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZX9
#16: タンパク質 uL6


分子量: 21582.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#31: タンパク質 eL24


分子量: 18081.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#42: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase


分子量: 14643.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#45: タンパク質 eL38


分子量: 9537.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#52: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 33853.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGP3

+
60S ribosomal protein ... , 29種, 30分子 LALBLCLDLELFLGLILKLLLMLOLPLSLTLULVLXLYLZLaLbLcLeLfLiLnLrLoLp

#9: タンパク質 60S ribosomal protein L2-like protein


分子量: 27598.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S4P8
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L3-like protein


分子量: 44456.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RXW1
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L4-like protein


分子量: 39439.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFC3
#12: タンパク質 60S ribosomal protein l5-like protein


分子量: 35034.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEG2
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22132.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0D6
#14: タンパク質 60S ribosomal protein l7-like protein


分子量: 28821.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFL0
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29744.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SAJ9
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量: 25255.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEI1
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L12-like protein


分子量: 17802.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGH8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24191.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S992
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L14-like protein


分子量: 16111.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1R0
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L16-like protein


分子量: 23035.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SH61
#24: タンパク質 60S ribosomal protein l17-like protein


分子量: 21072.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGY1
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20341.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCE2
#28: タンパク質 60S ribosomal protein l21-like protein


分子量: 18159.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0Z3
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L22-like protein


分子量: 14302.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SDS8
#30: タンパク質 60S ribosomal protein l23-like protein


分子量: 14674.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SI44
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L25-like protein


分子量: 17175.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S507
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L26-like protein


分子量: 15565.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYN9
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZE9
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L28-like protein


分子量: 16848.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7529.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#37: タンパク質 60S ribosomal protein l30-like protein


分子量: 11602.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEI0
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L32-like protein


分子量: 15095.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S6V4
#40: タンパク質 60S ribosomal protein l33-like protein


分子量: 12330.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCL3
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12784.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SBN1
#48: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L44-like protein


分子量: 12045.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SBZ6
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L43-like protein


分子量: 10158.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S6B0

-
Putative ribosomal ... , 3種, 3分子 LJLmSS

#18: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHQ2
#47: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 14609.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S8G4
#72: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S6J7

-
Ribosomal protein ... , 8種, 8分子 LNLQLRLgLjLlSbSd

#22: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZ88
#25: タンパク質 Ribosomal protein L18-like protein


分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9B5
#26: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22409.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9T3
#41: タンパク質 Ribosomal protein l34-like protein


分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFN0
#44: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S101
#46: タンパク質 Ribosomal protein eL39


分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#81: タンパク質 Ribosomal protein s27-like protein


分子量: 8923.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1S4
#83: タンパク質 Ribosomal protein uS14


分子量: 6504.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719

-
Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq

#38: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SD68
#51: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHJ6

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 NC

#53: タンパク質・ペプチド Nascent chain


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSTSUSVSWSXSYSZSaScSeSf

#54: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 31158.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYF9
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S7T8
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S2-like protein


分子量: 28556.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SAV4
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S3-like protein


分子量: 27893.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S6I7
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1A6
#59: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1Z0
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RY43
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S8C4
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RY45
#63: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0Z4
#64: タンパク質 40S ribosomal protein s10-like protein


分子量: 18121.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZD8
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like protein


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SF00
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15961.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHH9
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZM9
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFL1
#69: タンパク質 40S ribosomal protein s15-like protein


分子量: 17601.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S084
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SBR7
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S17-like protein


分子量: 16720.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S871
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S19-like protein


分子量: 17151.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFK8
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S20-like protein


分子量: 13212.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S379
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S21-like protein


分子量: 10961.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SI21
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHI0
#77: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RY17
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: P0CU28
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 10932.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1Y9
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13616.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S2X4
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9M9
#84: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6910.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#85: タンパク質 40S ribosomal protein S27a-like protein


分子量: 17731.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S2X5

-
非ポリマー , 3種, 481分子

#86: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#88: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Chaetomium thermophilum RAC on 80S ribosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 39.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION3粒子像選択
8Cootモデルフィッティング
10RELION3CTF補正
11PHENIXモデル精密化
13RELION3初期オイラー角割当
15cisTEM最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284425 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7OLC

7olc

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 167.43 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003227982
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6718333133
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041441395
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006222930
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.492877032
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.00069612097187 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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