PDB-7z3l: Autotaxin in complex with hybrid compound ziritaxestat (GLPG1690)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z3l

タイトル

Autotaxin in complex with hybrid compound ziritaxestat (GLPG1690)

要素

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE / ENPP2 / lysophosphatidic acid / lipid chaperone / / pulmonary fibrosis / GPCR / drug development / small-molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Salgado-Polo, F. / Ford, P. / Heckmann, B. / Perrakis, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Autotaxin facilitates selective LPA receptor signaling.
著者: Salgado-Polo, F. / Borza, R. / Matsoukas, M.T. / Marsais, F. / Jagerschmidt, C. / Waeckel, L. / Moolenaar, W.H. / Ford, P. / Heckmann, B. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z3l.cif.gz	611.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z3l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z3l_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z3l_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7z3l_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	7z3l_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7z3kC 2xr9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

97.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.842, 88.709, 77.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.835, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD 分子量: 92590.125 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#1: タンパク質

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 92590.125 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2-2-2-2/a3-b1_a6-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 134分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-7NB / 2-[[2-ethyl-8-methyl-6-[4-[2-(3-oxidanylazetidin-1-yl)-2-oxidanylidene-ethyl]piperazin-1-yl]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-methyl-amino]-4-(4-fluorophenyl)-1,3-thiazole-5-carbonitrile / GLPG-1690 分子量: 588.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₃FN₈O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I.

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.82 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999995 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→45.92 Å / Num. obs: 32271 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.98-45.92	0.023	641	0.998	0.022	0.032	99.2
2.4-2.49	0.752	3354	0.766	0.703	1.032	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xr9

2xr9

解像度: 2.4→45.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 31.643 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.766 / ESU R Free: 0.29 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2546	1591	4.933 %
R_work	0.2413	30661	-
all	0.242	-	-
obs	-	32252	99.731 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.463 Å²	0 Å²	1.187 Å²
2-	-	-0.921 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.764 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6348	0	224	104	6676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	1.678	9136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.997	1.599	14079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.544	5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.807	21.429	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.345	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.448	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.148	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.148	0.2	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.258	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.132	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.299	1.828	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.298	1.822	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.562	2.73	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.562	2.73	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.196	1.879	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.194	1.878	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.308	2.791	5206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.308	2.791	5207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.479	21.403	7277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.469	21.33	7270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.367	131	0.338	2199	X-RAY DIFFRACTION	99.4452
2.462-2.53	0.373	117	0.318	2202	X-RAY DIFFRACTION	99.3999
2.53-2.603	0.291	97	0.315	2170	X-RAY DIFFRACTION	99.5608
2.603-2.683	0.321	117	0.304	2044	X-RAY DIFFRACTION	99.6771
2.683-2.771	0.284	91	0.278	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.6718
2.771-2.868	0.293	117	0.283	1931	X-RAY DIFFRACTION	99.7565
2.868-2.976	0.289	94	0.281	1892	X-RAY DIFFRACTION	99.799
2.976-3.098	0.301	102	0.28	1790	X-RAY DIFFRACTION	99.6839
3.098-3.235	0.292	84	0.255	1752	X-RAY DIFFRACTION	99.8912
3.235-3.393	0.224	88	0.231	1669	X-RAY DIFFRACTION	99.9431
3.393-3.576	0.234	79	0.238	1581	X-RAY DIFFRACTION	99.8196
3.576-3.793	0.269	78	0.232	1516	X-RAY DIFFRACTION	99.8121
3.793-4.054	0.258	71	0.218	1412	X-RAY DIFFRACTION	99.8653
4.054-4.378	0.196	67	0.19	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
4.378-4.795	0.209	68	0.184	1215	X-RAY DIFFRACTION	99.8444
4.795-5.359	0.216	56	0.209	1092	X-RAY DIFFRACTION	100
5.359-6.184	0.245	49	0.254	984	X-RAY DIFFRACTION	99.8068
6.184-7.565	0.195	35	0.236	833	X-RAY DIFFRACTION	100
7.565-10.659	0.21	30	0.209	658	X-RAY DIFFRACTION	100
10.659-45.92	0.247	20	0.21	370	X-RAY DIFFRACTION	98.4848

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.4795 Å / Origin y: -0.1328 Å / Origin z: 16.2264 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0618 Å²	-0.025 Å²	-0.0264 Å²	-	0.82 Å²	0.0029 Å²	-	-	0.0257 Å²
L	2.3062 °²	0.0111 °²	0.9095 °²	-	1.3997 °²	-0.6782 °²	-	-	3.8017 °²
S	0.0727 Å °	-0.1124 Å °	-0.0539 Å °	0.0969 Å °	0.028 Å °	-0.1114 Å °	-0.1318 Å °	-0.0306 Å °	-0.1007 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	56 - 860
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	901
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	902
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	903
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	1002
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	1003
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AfA	1004
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	1006
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AhA	1007
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AiA	1005
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AjA	904
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AkA	905
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AlA	907
14	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AmA	908
15	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AnA	909
16	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AoA	910
17	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ApA	911
18	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AqA	912
19	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ArA	913
20	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AsA	914
21	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AtA	915
22	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AuA	916
23	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AvA	917
24	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AwA	918
25	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AxA	919
26	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AyA	920
27	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AzA	921
28	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ABA	922
29	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ACA	924
30	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ADA	925
31	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AEA	927
32	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AFA	929
33	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AGA	930
34	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AHA	932
35	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AIA	933
36	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AJA	934
37	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AKA	935
38	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ALA	936
39	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AMA	937

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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