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- PDB-7z36: Crystal structure of the KAP1 tripartite motif in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z36
タイトルCrystal structure of the KAP1 tripartite motif in complex with the ZNF93 KRAB domain
要素
  • Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta,Isoform 2 of Transcription intermediary factor 1-beta
  • SMARCAD1 CUE1 domain
  • Zinc finger protein 93
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / TRIM family / KRAB domain / CRISPRi
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / suppression of viral release by host / epigenetic programming of gene expression / genomic imprinting / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate ...: / : / convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / suppression of viral release by host / epigenetic programming of gene expression / genomic imprinting / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / viral release from host cell by cytolysis / positive regulation of DNA repair / embryo implantation / peptidoglycan catabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein import into nucleus / HCMV Early Events / RNA polymerase II transcription regulator complex / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / chromatin organization / lysozyme activity / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein kinase activity / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Zinc finger protein 93 / Transcription intermediary factor 1-beta / Isoform 2 of Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stoll, G.A. / Modis, Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021604/1 英国
Wellcome Trust205833/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust205833/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: Structure and functional mapping of the KRAB-KAP1 repressor complex.
著者: Stoll, G.A. / Pandiloski, N. / Douse, C.H. / Modis, Y.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta,Isoform 2 of Transcription intermediary factor 1-beta
B: Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta,Isoform 2 of Transcription intermediary factor 1-beta
C: SMARCAD1 CUE1 domain
D: Zinc finger protein 93
S: SMARCAD1 CUE1 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,60713
ポリマ－134,0845
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.283, 68.583, 149.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 19 through 42 or (resid 43...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 19 through 20 and (name N...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 2 or (resid 3 through 5...
d_2ens_2(chain "S" and resid 2 through 47)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUVALA1 - 430
d_21ens_1GLULEUB4 - 208
d_22ens_1THRMETB212 - 234
d_23ens_1TYRVALB245 - 446
d_11ens_2SERMETC1 - 46
d_21ens_2SERMETM2 - 47

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.479392694904, 0.772842768189, -0.415808489249), (0.74983083396, 0.114518122707, -0.651643552883), (-0.456000399688, -0.624179185194, -0.634400488851)50.6230074663, 15.2642387383, 88.0558916689
2given(-0.556907058089, 0.624662874851, -0.547403709737), (0.760632652759, 0.118853278584, -0.638209891593), (-0.33360530003, -0.771796729037, -0.541329209298)65.4084101532, 17.6048693625, 72.7933603801

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要素

#1: タンパク質 Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta,Isoform 2 of Transcription intermediary factor 1-beta / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated ...Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting protein 1 / KRIP-1 / Nuclear corepressor KAP-1 / RING finger protein 96 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-beta / Tripartite motif-containing protein 28


分子量: 54755.484 Da / 分子数: 2 / 変異: KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal hexahistidine tag followed by TEV protease cleavage site; KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted.,N-terminal hexahistidine tag followed by TEV protease cleavage site; KAP1 ...詳細: N-terminal hexahistidine tag followed by TEV protease cleavage site; KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted.,N-terminal hexahistidine tag followed by TEV protease cleavage site; KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted.,N-terminal hexahistidine tag followed by TEV protease cleavage site; KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM28, KAP1, RNF96, TIF1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P00720, UniProt: Q13263, UniProt: Q13263-2, lysozyme, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 SMARCAD1 CUE1 domain


分子量: 8189.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal hexahistidine tag and TEV protease cleavage site
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: タンパク質 Zinc finger protein 93 / Zinc finger protein 505 / Zinc finger protein HTF34


分子量: 8194.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF93, ZNF505 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P35789
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 % / 解説: Shards
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 11% (w/v) PEG 5000 MME 5% Tacsimate 0.1 M HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→63.79 Å / Num. obs: 42537 / % possible obs: 97.26 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 60.12 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.07466 / Rpim(I) all: 0.05181 / Net I/σ(I): 20.87
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5035 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique obs: 4206 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.3428 / % possible all: 97.29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia23.4.devデータ削減
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALS3.dev.431-gf865f6176データスケーリング
Coot0.8.9.2モデル構築
PHASER1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QAJ

6qaj


解像度: 2.8→63.79 Å / SU ML: 0.3953 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9507
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2224 5.23 %Test (R-free) flag value: 0
Rwork0.2267 40265 --
obs0.2291 42489 97.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→63.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7889 0 8 0 7897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01288011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.551210833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06081247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01971402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.46241091
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS4.53401114096
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.831852055894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.39451450.36642481X-RAY DIFFRACTION97.33
2.86-2.930.38211150.3292500X-RAY DIFFRACTION97.21
2.93-30.32431380.28722520X-RAY DIFFRACTION97.51
3-3.080.311360.27672494X-RAY DIFFRACTION97.34
3.08-3.170.29951260.26922524X-RAY DIFFRACTION97.39
3.17-3.270.30921520.27672504X-RAY DIFFRACTION97.25
3.27-3.390.35171340.27772487X-RAY DIFFRACTION97.29
3.39-3.530.33141300.2692472X-RAY DIFFRACTION96.26
3.53-3.690.281490.22542461X-RAY DIFFRACTION96.03
3.69-3.880.24811500.21092493X-RAY DIFFRACTION96.81
3.88-4.130.28291430.20832523X-RAY DIFFRACTION98.27
4.13-4.440.25251580.19012531X-RAY DIFFRACTION98.5
4.44-4.890.23571370.18092566X-RAY DIFFRACTION98.36
4.89-5.60.28351450.20362576X-RAY DIFFRACTION98.52
5.6-7.050.26221320.24572558X-RAY DIFFRACTION97.75
7.05-630.21451340.192575X-RAY DIFFRACTION94.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01537240294270.0239472563863-0.009649555759760.0200379690929-0.02650374309860.024792003959-0.009015903241860.06657003290020.041346300210.10783466572-0.01237038898020.0685411647208-0.02681733392650.0351282823627-4.09087329211E-90.1963959716390.0113907076610.01517248426310.08826909867430.0154095765160.166505175618-12.541398568-14.145513188626.3956389635
20.004216253898380.001397425041150.002636005451518.84740900576E-6-0.00345434586894-0.00278181510401-0.0356232511972-0.01843789749520.0003741759173070.00357111976218-0.01739395744380.040719250418-0.0186857625101-0.01084379113472.82682833878E-90.339030760340.00953403077017-0.01982701471890.4497123423740.08222046004350.515097365519-36.4103420179-0.1692355473822.14880628103
30.001980332363970.103969905158-0.00647989811267-0.0417607416684-0.09537168293140.0157464487874-0.04423677944530.0126866062541-0.006172587288310.02425829080440.0096375236232-0.01628581973880.01141138414510.01481464276018.15893601071E-90.1976604126980.0489307648501-0.03400169521940.217733686844-0.04151996936620.1329915686130.83561178763.3214793822550.7783189283
49.11841535082E-50.0148469135797-0.004091279641480.0270228069834-0.02638794451340.02744382468240.004510829656970.07704016885410.0110667925496-0.09069300246290.114535834954-0.008458045531170.188702315952-0.123491257767-6.87244449825E-100.145785737315-0.04909900959510.01137262132330.1729587767650.05463267656680.16395688237941.7022443141-14.939150256889.8605908762
5-0.02297465851110.1600951721460.0743137601966-0.103960261555-0.115696986223-0.02713972777240.08252423370280.01542684771710.0613354547886-0.04749680555320.0811483775534-0.148903312938-0.0449540863890.0173572203174-1.37901668854E-8-0.04972402363340.137407456676-0.3297457435640.21749546875-0.0560132294475-0.37218645951228.62584715294.1425411158854.3514058716
6-0.0001826009993470.000564751216034-0.00191837062416-0.0003825420843440.001419681693123.74848402682E-5-0.008762448800460.003519263355190.003866577465950.00277457576269-0.0120057719584-0.0022962672036-3.68231839143E-50.005608030600721.12448634953E-70.234415312394-0.01864539790250.04925813371880.26655019801-0.0631840022930.20698986417767.18635790015.2170934207782.9092070487
70.000834982648585-0.0005373075094890.0002266869684090.000265969515085-0.0002311388505660.000159744325151-0.0029086132902-5.10436502239E-50.0002417772691770.00106257745827-0.002610361563650.0004942644277290.005049319471560.00152069700466-4.20418356276E-60.3618530462822.40076876043E-50.04454687686060.341829755151-0.002989243302970.35630414651463.7799818225-8.1199015788679.292047279
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 194 )AA19 - 1941 - 176
22chain 'A' and (resid 195 through 313 )AA195 - 313177 - 265
33chain 'A' and (resid 314 through 481 )AA314 - 481266 - 433
44chain 'B' and (resid 16 through 267 )BB16 - 2671 - 235
55chain 'B' and (resid 268 through 478 )BB268 - 478236 - 446
66chain 'C' and (resid 2 through 18 )CC2 - 181 - 17
77chain 'C' and (resid 19 through 23 )CC19 - 2318 - 22
88chain 'C' and (resid 24 through 36 )CC24 - 3623 - 35
99chain 'C' and (resid 37 through 47 )CC37 - 4736 - 46
1010chain 'D' and (resid 4 through 22 )DD4 - 221 - 19
1111chain 'D' and (resid 23 through 45 )DD23 - 4520 - 42
1212chain 'S' and (resid 1 through 23 )SM1 - 231 - 23
1313chain 'S' and (resid 24 through 47 )SM24 - 4724 - 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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