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- PDB-7z2l: Crystal structure of L-Kynurenine in the active site of human Ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z2l
タイトルCrystal structure of L-Kynurenine in the active site of human Indoleamine-2,3-dioxygenase 1 (hIDO1)
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Tryptophan metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / positive regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2S)-2-amino-4-(2-aminophenyl)-4-oxobutanoic acid / OXYGEN MOLECULE / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Mirgaux, M. / Wouters, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds de la Recherche Scientifique (FNRS) ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of L-Kynurenine in the active site of human Indoleamine-2,3-dioxygenase 1 (hIDO1)
著者: Mirgaux, M. / Wouters, J.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,94829
ポリマ－181,2044
非ポリマー4,74425
水16,286904
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5868
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,2857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7588
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,4577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3187
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,0176
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2866
ポリマ－45,3011
非ポリマー9855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.000, 116.280, 217.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45300.898 Da / 分子数: 4 / 変異: K116A, K117A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pet28-a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 929分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-KYN / (2S)-2-amino-4-(2-aminophenyl)-4-oxobutanoic acid / L-KYNURENINE / L-キヌレニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 208.214 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: Red rectangular crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Well : 0.1M Phosphate buffer, pH= 6.2, PEG 3350 = 16% Protein: 5mM Hepes, 200mM NaCl, 5mM DTT
Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日 / 詳細: channel-cut
放射モノクロメーター: channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→47.23 Å / Num. obs: 66614 / % possible obs: 99.18 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 42.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.09638 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル解像度: 2.562→2.654 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 6308 / CC1/2: 0.855 / CC star: 0.96 / Rpim(I) all: 0.5299 / % possible all: 93.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.19.2_4158データ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NGE

7nge


解像度: 2.56→47.23 Å / SU ML: 0.3031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4074
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 3316 4.99 %
Rwork0.1802 63102 -
obs0.1834 66418 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11813 0 326 904 13043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008712458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.979316897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04941817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.19391679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.60.37421160.31422255X-RAY DIFFRACTION85.81
2.6-2.640.30811370.26522600X-RAY DIFFRACTION99.74
2.64-2.680.2971380.24732615X-RAY DIFFRACTION99.93
2.68-2.720.3221380.23522613X-RAY DIFFRACTION99.75
2.72-2.770.32691380.23212627X-RAY DIFFRACTION99.86
2.77-2.820.29361360.22392574X-RAY DIFFRACTION99.82
2.82-2.870.30631380.21022617X-RAY DIFFRACTION99.93
2.87-2.930.30191380.21392632X-RAY DIFFRACTION99.82
2.93-30.30471380.20742605X-RAY DIFFRACTION99.85
3-3.070.25171380.20552622X-RAY DIFFRACTION99.78
3.07-3.140.30551390.20642637X-RAY DIFFRACTION99.78
3.14-3.230.30181380.20012615X-RAY DIFFRACTION99.42
3.23-3.320.25211390.18552624X-RAY DIFFRACTION99.86
3.32-3.430.26271370.17682625X-RAY DIFFRACTION99.64
3.43-3.550.21461380.16622619X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-3.690.23641400.15442648X-RAY DIFFRACTION99.93
3.69-3.860.22761380.15242651X-RAY DIFFRACTION99.93
3.86-4.070.23741400.1492651X-RAY DIFFRACTION99.82
4.07-4.320.17671390.1492644X-RAY DIFFRACTION99.93
4.32-4.650.20291410.14662676X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.120.20251410.14982675X-RAY DIFFRACTION99.96
5.12-5.860.23631430.18222708X-RAY DIFFRACTION99.93
5.86-7.380.25781430.19182732X-RAY DIFFRACTION99.9
7.38-47.230.19741450.16852837X-RAY DIFFRACTION98.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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