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万見
- PDB-7z2j: White Bream virus N7-Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z2j
タイトルWhite Bream virus N7-Methyltransferase
要素Non-structural protein 1
キーワードTRANSFERASE / N7-methyl transferase / capping enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / methylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
SF1 helicase, zinc-binding domain, tornidovirus / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain ...SF1 helicase, zinc-binding domain, tornidovirus / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種White bream virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.657 Å
データ登録者Shannon, A. / Gauffre, P. / Canard, B. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Other privateFondation pour la Recherche Medical
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: A second type of N7-guanine RNA cap methyltransferase in an unusual locus of a large RNA virus genome.
著者: Shannon, A. / Sama, B. / Gauffre, P. / Guez, T. / Debart, F. / Vasseur, J.J. / Decroly, E. / Canard, B. / Ferron, F.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7152
ポリマ－29,3301
非ポリマー3841
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.586, 49.017, 53.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / nsp1


分子量: 29330.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) White bream virus (ウイルス) / 株: isolate Blicca bjoerkna L./Germany/DF24/00 / 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q008X6
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M Tris pH 7.7, 20.3 % PEG 3350, 0.2 M MgCl and 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.25452 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25452 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.657→39.07 Å / Num. obs: 24275 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.66-1.750.5922194235080.9280.2540.6452.799.3
5.24-39.070.04150908070.9990.0170.04536.499.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
XDS20210323データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Z05

7z05


解像度: 1.657→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 1174 4.84 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1875 24261 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 77.96 Å2 / Biso mean: 32.91 Å2 / Biso min: 21.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9914 Å20 Å2-6.5956 Å2
2--8.382 Å20 Å2
3----2.3906 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.657→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 26 111 1877
Biso mean--35.58 42.09 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d601SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes302HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1815HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion262SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1613SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1815HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2485HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.51
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3517 28 5.76 %
Rwork0.2721 458 -
all0.277 486 -
obs--96.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.5247 Å / Origin y: 0.3974 Å / Origin z: 10.062 Å
111213212223313233
T-0.0706 Å20.0176 Å20.0488 Å2--0.134 Å20.0061 Å2---0.1008 Å2
L0.3909 °20.3982 °20.0175 °2-0.7316 °20.1083 °2--0.2679 °2
S0.0291 Å °-0.023 Å °-0.0042 Å °0.0198 Å °-0.0178 Å °0.0044 Å °-0.0509 Å °-0.0118 Å °-0.0113 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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