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- PDB-7z21: BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z21
タイトルBAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain
要素
  • Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
  • Lamin-A/C
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / lamin A/C / BAF
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of protein ADP-ribosylation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / nuclear pore localization ...structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of protein ADP-ribosylation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / nuclear pore localization / Nuclear Envelope Breakdown / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / mitotic nuclear membrane reassembly / XBP1(S) activates chaperone genes / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein localization to nucleus / intermediate filament / regulation of telomere maintenance / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of viral genome replication / nuclear migration / muscle organ development / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Vpr-mediated nuclear import of PICs / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / protein localization to nucleus / chromosome organization / condensed chromosome / Meiotic synapsis / negative regulation of innate immune response / regulation of cell migration / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / DNA integration / regulation of protein stability / structural constituent of cytoskeleton / response to virus / nuclear matrix / protein import into nucleus / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular senescence / intracellular protein localization / nuclear envelope / heterochromatin formation / site of double-strand break / chromatin organization / response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / nuclear membrane / cellular response to hypoxia / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site ...Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Barrier-to-autointegration factor / Prelamin-A/C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.629 Å
データ登録者Marcelot, A. / Legrand, P. / Zinn-Justin, S.
資金援助 フランス, European Union, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR- 10-INSB-05-01 フランス
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission871037European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The BAF A12T mutation disrupts lamin A/C interaction, impairing robust repair of nuclear envelope ruptures in Nestor-Guillermo progeria syndrome cells.
著者: Janssen, A. / Marcelot, A. / Breusegem, S. / Legrand, P. / Zinn-Justin, S. / Larrieu, D.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
B: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
C: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
D: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
E: Lamin-A/C
F: Lamin-A/C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,43110
ポリマ－74,2896
非ポリマー1424
水12,538696
1
A: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
C: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
F: Lamin-A/C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2155
ポリマ－37,1453
非ポリマー712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
D: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
E: Lamin-A/C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2155
ポリマ－37,1453
非ポリマー712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.11, 75.073, 65.034
Angle α, β, γ (deg.)90, 114.19, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed


分子量: 9901.208 Da / 分子数: 4 / 変異: A12T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BANF1, BAF, BCRG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75531
#2: タンパク質 Lamin-A/C / 70 kDa lamin / Renal carcinoma antigen NY-REN-32


分子量: 17342.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMNA, LMN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02545
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→46.54 Å / Num. obs: 68861 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.993 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5048 / CC1/2: 0.491 / Rpim(I) all: 0.68 / Rrim(I) all: 1.209 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220110データ削減
autoPROC1.0.5 (20210716)data processing
STARANISO2.3.77データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GHD

6ghd


解像度: 1.629→14.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3004 2931 -RANDOM
Rwork0.2684 ---
obs0.27 60425 87.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1694 Å20 Å2-0.031 Å2
2---0.288 Å20 Å2
3---0.1187 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.629→14.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4598 0 4 696 5298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0079481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9517160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2864SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1540HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9481HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion589SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies17HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8193SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.7
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.68 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 68 -
Rwork0.3144 --
obs0.3125 1209 18.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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