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- PDB-7z1u: Biochemical implications of the substitution of a unique cysteine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1u
タイトルBiochemical implications of the substitution of a unique cysteine residue in sugar beet phytoglobin BvPgb 1.2
要素Non-symbiotic hemoglobin class 1
キーワードOXYGEN BINDING / Phytoglobin / globin fold / redox balance / cysteine substitution
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Non-symbiotic hemoglobin class 1
類似検索 - 構成要素
生物種Beta vulgaris (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Nyblom, M. / Christensen, S. / Leiva Eriksson, N. / Bulow, L.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic Research スウェーデン
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2022
タイトル: Oxidative Implications of Substituting a Conserved Cysteine Residue in Sugar Beet Phytoglobin BvPgb 1.2.
著者: Christensen, S. / Groth, L. / Leiva-Eriksson, N. / Nyblom, M. / Bulow, L.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-symbiotic hemoglobin class 1
B: Non-symbiotic hemoglobin class 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6754
ポリマ－38,4422
非ポリマー1,2332
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration (Size Exclusion Chromatography) was conducted on both wild-type and C86A mutant to investigate any structural differences. Also, NMR relaxation studies was ...根拠: gel filtration, Gel filtration (Size Exclusion Chromatography) was conducted on both wild-type and C86A mutant to investigate any structural differences. Also, NMR relaxation studies was conducted for the wild-type as a complement to the crystallization data.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.850, 73.920, 62.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 8 through 51 or resid 60 through 91 or resid 96 through 160 or resid 1163))A8 - 51
121(chain 'A' and (resid 8 through 51 or resid 60 through 91 or resid 96 through 160 or resid 1163))A60 - 91
131(chain 'A' and (resid 8 through 51 or resid 60 through 91 or resid 96 through 160 or resid 1163))A96 - 160
141(chain 'A' and (resid 8 through 51 or resid 60 through 91 or resid 96 through 160 or resid 1163))A1163
251(chain 'B' and (resid 8 through 160 or resid 1163))B8 - 51
261(chain 'B' and (resid 8 through 160 or resid 1163))B60 - 91
271(chain 'B' and (resid 8 through 160 or resid 1163))B96 - 160
281(chain 'B' and (resid 8 through 160 or resid 1163))B1163

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要素

#1: タンパク質 Non-symbiotic hemoglobin class 1


分子量: 19221.236 Da / 分子数: 2 / 変異: C86A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Beta vulgaris (植物) / 遺伝子: Bv9_224250_aayd.t2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5QR23
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M MIB (Sodium malonate dibasic monohydrate, Imidazole, Boric acid) pH 8.0, 25 % (w/v) PEG 1500.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97996 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.242→60.675 Å / Num. obs: 15684 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 54.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.242→2.281 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Num. unique obs: 779 / CC1/2: 0.953 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zhw.pdb

3zhw


解像度: 2.24→35.59 Å / SU ML: 0.3133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 44.8238 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 797 5.12 %
Rwork0.2625 14761 -
obs0.264 15558 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 105.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→35.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2293 0 86 10 2389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00262436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53443296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0358354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71651434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.380.46671160.39192449X-RAY DIFFRACTION98.28
2.38-2.570.3526990.35292442X-RAY DIFFRACTION98.6
2.57-2.820.32781320.3262446X-RAY DIFFRACTION98.47
2.82-3.230.32211610.31042441X-RAY DIFFRACTION99.58
3.23-4.070.31591310.28322485X-RAY DIFFRACTION99.77
4.07-35.590.24831580.21092498X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.03098763641-1.819896518870.2804149586234.81977653416-4.403437299796.416749783820.335299060556-0.1556737466040.6165732485861.147213152880.002722709867990.694580929936-1.081333575690.0245698335522-0.08869438766271.034571217580.05503411022620.1424425800290.312137524770.02292918699251.023911935867.53945589334-0.274359385081-23.9339402566
21.775073143240.775211914978-2.307821121851.62979750318-3.611106687268.04305500823-1.68151816490.4169243748511.149532052381.11247906007-1.56570314962-0.281806034094-2.271347315111.546675472322.476506720021.02957205829-0.0277381532669-0.3756273055450.7546409075860.1765599514621.457083591322.907814786-9.92757899152-24.0268060466
36.88128471541-1.643385434263.245556070785.28139960097-4.068347001019.54890439413-0.1174688108030.3589069180370.333322347369-0.4822444070550.3216853510490.5463606073160.302566620434-0.177718120977-0.06332253816030.949156491034-0.05425325035790.00684805971740.3196625764090.139397102650.7994471231945.83778280336-2.43319061536-34.6711279002
48.244585884030.8859862737912.166811519313.5805704466-3.875051622995.321099380960.07795749722041.36163823644-1.6348903752-1.846462724890.6367498612020.7636959397561.274738945471.464563835280.1989245618551.279570590590.03904076678150.1684778547130.2935510615760.1021702544510.7913222312318.76651593101-16.4731914873-34.8532643089
55.66297518203-0.103249252445-0.4400349547237.94268630137-6.431524764165.427500833840.325518859379-0.359132818656-0.1929804695751.862946868150.034078683130.530945996551-1.1152797306-0.48591056084-0.344899173360.7402214281140.1226542525770.1432098240670.408472370860.1314816505740.7095997863974.17496022972-7.39743561325-20.1177158669
69.7680238252-4.299615862382.811092311176.29869022382-3.76042512722.298553728670.101485421033-1.498735070412.206386689812.451663948480.176033635062-0.267077174739-1.69323607983-0.122838887253-0.7512050550212.298059314350.4574150493540.7882379544620.287665518072-0.290139701470.8639258033923.560998883698.18223455108-16.1209247912
73.18770248089-1.877713978470.35814413549.852238477573.014641585457.073837403690.5964468210340.161366818509-0.403601991309-1.760032204160.4704960187942.75509347164-0.542880635137-1.1960302052-0.3641206949860.873647300582-0.00130722198721-0.1860827050440.5418442391370.2867788908331.14278556018-1.49001292495-7.56718437784-29.8399117602
85.043573005530.7695034972-1.711676279823.77726258543-2.849280380245.185011769380.958037411115-1.078993513060.6769850580513.307691052230.2650271571530.665057333333-1.12602989009-0.51850056642-0.8702033182972.278615973650.1223658779940.379532069260.7527972815370.0603037502231.133893998463.96705271376-15.3752542113-0.105046497926
92.60849516264-2.775630630144.67619722943.05297429326-5.105431676858.501555336220.151586409465-0.56939569242.998434000661.76932078220.845649453631-0.0623775677882-1.76428641855-1.31072912348-1.934324194310.716644752599-0.2014798237530.3334273259981.069550672840.2848140564092.45557883131-12.0957471405-18.0444971265-8.02352466178
102.915695562471.012125333492.834507964678.49558220512-2.977565221026.401049081751.62422430753-2.232688387070.833754317552.218292054040.8859451812471.93693013339-2.93426779234-2.32021848385-1.510753316662.14948848080.04381125251620.3443897555270.8667779522250.1917784654310.9019532020474.32203004407-23.02137057442.8315066201
115.66004137789-1.69376570447-1.00046629552.72330290553-0.5796668570632.91167257456-0.034319038165-1.97191437411-1.377125627651.498800443961.455782047440.8462147462521.84083720109-0.528980735448-1.285733753050.859775729251-0.185811016302-0.2187802722850.64041574690.2728903846371.047936835974.66837032928-31.9721196006-6.52940308136
123.238274819161.61306948922-0.8576510669813.55123636294-2.992262494922.854713082140.685931194682-1.164251607870.2547141897022.07375764049-0.05421114417360.586333228239-1.15918125202-0.904346718413-0.809097566350.987363624180.103618544970.06539252923130.4137952163170.09705257503340.7240179055197.20120479188-15.1363627168-8.21616217899
134.683075946711.480855189450.01724250717173.382707882372.922208524074.61230643243-0.345972149587-0.125774451777-0.06480826692590.8847826670930.1182488752741.481878753330.898735776553-0.1361801701150.2591315290893.52133710782-0.3298392122260.3580726823620.785820875122-0.3301897697411.755016665638.04677728389-4.871791294732.88278898376
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153.026100328882.748910158240.3880563604193.830955968782.052847135432.8234510828-1.133993913790.2410797920080.430682254451.36292774218-0.191755524768-1.187128101360.462428157260.4767605968480.1647810262950.8777142762520.3072040662350.1731917121530.861995147538-0.1058259879321.189095535979.44055313963-37.9629990967-15.5282086702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 96 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 126 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 134 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 160 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 8 through 49 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 50 through 64 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 65 through 86 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 87 through 110 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 111 through 126 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 127 through 134 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 135 through 156 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 157 through 161 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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