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- PDB-7z1t: Connexin43 gap junction channel structure in digitonin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1t
タイトルConnexin43 gap junction channel structure in digitonin
要素Gap junction alpha-1 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / gap junction channel / connexin / cell communication
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / gap junction hemi-channel activity / microtubule-based transport / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling ...gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / gap junction hemi-channel activity / microtubule-based transport / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / monoatomic ion transmembrane transporter activity / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / glutathione transmembrane transporter activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / gap junction assembly / atrial cardiac muscle cell action potential / Regulation of gap junction activity / cardiac conduction system development / connexin complex / gap junction / Formation of annular gap junctions / cell-cell contact zone / Golgi-associated vesicle membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Gap junction degradation / bone remodeling / Gap junction assembly / gap junction channel activity / export across plasma membrane / glutamate secretion / tight junction / xenobiotic transport / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of stem cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / establishment of mitotic spindle orientation / efflux transmembrane transporter activity / intercalated disc / alpha-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tubulin binding / negative regulation of cell growth / bone development / beta-catenin binding / cellular response to amyloid-beta / cell junction / intracellular protein localization / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / spermatogenesis / monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily ...Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Qi, C. / Korkhov, M.V.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation184951 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure of the connexin-43 gap junction channel in a putative closed state.
著者: Chao Qi / Silvia Acosta Gutierrez / Pia Lavriha / Alaa Othman / Diego Lopez-Pigozzi / Erva Bayraktar / Dina Schuster / Paola Picotti / Nicola Zamboni / Mario Bortolozzi / Francesco Luigi ...著者: Chao Qi / Silvia Acosta Gutierrez / Pia Lavriha / Alaa Othman / Diego Lopez-Pigozzi / Erva Bayraktar / Dina Schuster / Paola Picotti / Nicola Zamboni / Mario Bortolozzi / Francesco Luigi Gervasio / Volodymyr M Korkhov /
要旨: Gap junction channels (GJCs) mediate intercellular communication by connecting two neighbouring cells and enabling direct exchange of ions and small molecules. Cell coupling via connexin-43 (Cx43) ...Gap junction channels (GJCs) mediate intercellular communication by connecting two neighbouring cells and enabling direct exchange of ions and small molecules. Cell coupling via connexin-43 (Cx43) GJCs is important in a wide range of cellular processes in health and disease (Churko and Laird, 2013; Liang et al., 2020; Poelzing and Rosenbaum, 2004), yet the structural basis of Cx43 function and regulation has not been determined until now. Here, we describe the structure of a human Cx43 GJC solved by cryo-EM and single particle analysis at 2.26 Å resolution. The pore region of Cx43 GJC features several lipid-like densities per Cx43 monomer, located close to a putative lateral access site at the monomer boundary. We found a previously undescribed conformation on the cytosolic side of the pore, formed by the N-terminal domain and the transmembrane helix 2 of Cx43 and stabilized by a small molecule. Structures of the Cx43 GJC and hemichannels (HCs) in nanodiscs reveal a similar gate arrangement. The features of the Cx43 GJC and HC cryo-EM maps and the channel properties revealed by molecular dynamics simulations suggest that the captured states of Cx43 are consistent with a closed state.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年3月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction alpha-1 protein
B: Gap junction alpha-1 protein
C: Gap junction alpha-1 protein
D: Gap junction alpha-1 protein
E: Gap junction alpha-1 protein
F: Gap junction alpha-1 protein
G: Gap junction alpha-1 protein
H: Gap junction alpha-1 protein
I: Gap junction alpha-1 protein
J: Gap junction alpha-1 protein
K: Gap junction alpha-1 protein
L: Gap junction alpha-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,73612
ポリマ－516,73612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Gap junction alpha-1 protein / Connexin-43 / Cx43 / Gap junction 43 kDa heart protein


分子量: 43061.336 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJA1, GJAL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17302
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Connexin43 gap junction channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 43 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50471 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319008
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51125800
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.5312436
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0342952
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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