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- PDB-7z1c: Nanobody H11-B5 and H11-F2 bound to RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1c
タイトルNanobody H11-B5 and H11-F2 bound to RBD
要素
  • Nanobody B5
  • Nanobody F2
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / spike / nanobody / high affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mikolajek, H. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust100209/Z/12/Z) 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/S025243/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Correlation between the binding affinity and the conformational entropy of nanobody SARS-CoV-2 spike protein complexes.
著者: Halina Mikolajek / Miriam Weckener / Z Faidon Brotzakis / Jiandong Huo / Evmorfia V Dalietou / Audrey Le Bas / Pietro Sormanni / Peter J Harrison / Philip N Ward / Steven Truong / Lucile ...著者: Halina Mikolajek / Miriam Weckener / Z Faidon Brotzakis / Jiandong Huo / Evmorfia V Dalietou / Audrey Le Bas / Pietro Sormanni / Peter J Harrison / Philip N Ward / Steven Truong / Lucile Moynie / Daniel K Clare / Maud Dumoux / Joshua Dormon / Chelsea Norman / Naveed Hussain / Vinod Vogirala / Raymond J Owens / Michele Vendruscolo / James H Naismith /
要旨: Camelid single-domain antibodies, also known as nanobodies, can be readily isolated from naïve libraries for specific targets but often bind too weakly to their targets to be immediately useful. ...Camelid single-domain antibodies, also known as nanobodies, can be readily isolated from naïve libraries for specific targets but often bind too weakly to their targets to be immediately useful. Laboratory-based genetic engineering methods to enhance their affinity, termed maturation, can deliver useful reagents for different areas of biology and potentially medicine. Using the receptor binding domain (RBD) of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike protein and a naïve library, we generated closely related nanobodies with micromolar to nanomolar binding affinities. By analyzing the structure-activity relationship using X-ray crystallography, cryoelectron microscopy, and biophysical methods, we observed that higher conformational entropy losses in the formation of the spike protein-nanobody complex are associated with tighter binding. To investigate this, we generated structural ensembles of the different complexes from electron microscopy maps and correlated the conformational fluctuations with binding affinity. This insight guided the engineering of a nanobody with improved affinity for the spike protein.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Nanobody F2
F: Nanobody B5
C: Spike protein S1
D: Nanobody F2
E: Nanobody B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,31316
ポリマ－107,0216
非ポリマー1,29110
水6,107339
1
A: Spike protein S1
B: Nanobody F2
F: Nanobody B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2629
ポリマ－53,5113
非ポリマー7526
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Spike protein S1
D: Nanobody F2
E: Nanobody B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0507
ポリマ－53,5113
非ポリマー5404
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.900, 56.940, 115.890
Angle α, β, γ (deg.)80.08, 87.52, 66.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13F
23E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYSAA333 - 5284 - 199
21THRTHRLYSLYSCD333 - 5284 - 199
12GLNGLNSERSERBB1 - 1251 - 125
22GLNGLNSERSERDE1 - 1251 - 125
13VALVALVALVALFC2 - 1252 - 125
23VALVALVALVALEF2 - 1252 - 125

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 BDFE

#2: 抗体 Nanobody F2


分子量: 14833.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Nanobody B5


分子量: 14960.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AC

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23716.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 347分子

#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月16日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→52 Å / Num. obs: 99469 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 6919 / CC1/2: 0.504

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZBP

6zbp


解像度: 1.9→52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 7.657 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 4916 4.9 %RANDOM
Rwork0.17491 ---
obs0.1761 94604 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.612 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å2-1.12 Å20.05 Å2
2--0.24 Å22.79 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7027 0 84 339 7450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0186605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.6559931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2381.58215143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0095895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23921.25400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1591553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5563.0073574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5543.0063573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6654.4954459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6654.4954460
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7253.4663750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7253.4663751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3465.0175469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.92734.4617793
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.92934.477794
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A62730.04
12C62730.04
21B39920.02
22D39920.02
31F37380.07
32E37380.07
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 352 -
Rwork0.371 6668 -
obs--92.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32750.30420.37922.4205-0.28093.5868-0.009-0.099-0.3339-0.1360.07750.52020.3137-0.6077-0.06850.0764-0.0064-0.07180.18290.02330.3244-10.04-14.375-64.035
28.8113-0.1230.94483.7914-4.24697.4608-0.0499-0.14960.42190.04380.028-0.2323-0.15970.16490.02180.05880.0153-0.0360.1728-0.13360.29336.767-12.268-60.052
31.598-0.27210.37992.75930.45494.0316-0.0247-0.4551-0.2050.55210.1837-0.00380.32060.1363-0.1590.13750.0557-0.05170.20160.03810.1764.366-14.84-48.45
44.62063.5582.2756.30133.02115.0882-0.08180.084-0.3595-0.20890.14150.21920.2245-0.2935-0.05970.06780.0097-0.03890.14150.04110.2225-7.019-14.119-63.625
54.79121.8109-1.36425.4256-0.87111.7174-0.42310.0755-0.6988-0.38-0.0042-0.50810.38890.40510.42720.1940.10090.04040.30670.03670.273913.653-5.316-84.675
67.16225.5341-3.8278.6799-1.54852.59780.5352-0.26250.73130.3624-0.23280.4239-0.35790.0931-0.30250.22760.0346-0.07170.2813-0.01540.2896.5769.015-80.176
72.592.6141-1.70315.9891-2.98356.0531-0.32630.7566-0.0228-0.58660.43570.45890.1607-0.4337-0.10940.1322-0.0496-0.11890.3288-0.04680.18760.161-4.195-86.463
84.1682.9934-2.08043.0327-1.63273.1884-0.34790.4549-0.1413-0.44680.1617-0.02970.137-0.03910.18620.14610.0194-0.08820.178-0.0140.12357.571-1.542-83.501
93.8580.26020.75815.7881.84314.0256-0.13920.17190.5302-0.28140.1669-0.5702-0.62350.6241-0.02770.1438-0.05380.01430.18590.02860.30141.43319.477-77.302
102.37730.1675-0.17132.12550.32863.31240.0332-0.26380.31890.15120.025-0.4225-0.20550.4408-0.05820.07350.0079-0.07530.1372-0.0320.266137.63616.518-66.836
112.7368-0.58690.77052.64710.03653.58960.17540.466-0.1731-0.5740.0049-0.14830.32060.2124-0.18030.18540.0333-0.03760.164-0.02820.158733.7813.828-84.688
128.32951.65323.9462.34740.70034.64360.0413-0.02660.07830.00410.0114-0.3288-0.13750.3041-0.05270.05430.0186-0.00750.0761-0.01020.1736.28114.926-72.449
137.2841-1.9366-3.67956.87322.55356.37620.0073-0.3373-0.40210.1656-0.1231-0.5020.46670.03790.11580.19880.009-0.05190.17690.07730.21218.852-1.261-48.289
149.6458-0.1519-2.74223.1692-0.53533.2830.0063-0.0613-0.01310.1063-0.11320.11120.0258-0.03560.10690.165-0.0021-0.06240.1088-0.02650.101722.128.015-53.498
159.7228-2.2118-3.78021.00271.23182.73730.3334-0.28830.54870.0615-0.1796-0.1119-0.34560.1106-0.15380.3003-0.0635-0.03110.2697-0.07240.224723.6715.661-46.365
164.69082.2078-2.28161.9751-1.39013.01510.0913-0.6238-0.0720.3061-0.233-0.0622-0.01120.14740.14170.13850.0231-0.07470.1567-0.03970.102720.3756.835-50.737
174.99110.52192.02114.4743-0.06866.7651-0.10420.41930.0777-0.83590.1897-0.0342-0.050.332-0.08561.0031-0.2956-0.04850.72390.10790.120127.71914.249-118.788
181.8943-1.5289-1.504310.0546-3.023.7773-0.0887-0.09640.21470.079-0.4128-0.5145-0.31050.43170.50151.0156-0.1672-0.35790.68080.01430.464829.99613.579-103.836
192.33410.51911.35523.5299-0.42477.567-0.24050.59830.0001-0.98550.38140.22340.1680.2212-0.14090.7093-0.1575-0.10750.49980.00960.154525.1316.379-111.504
203.2998-0.97922.72480.7213-1.737415.7202-0.07290.3868-0.0089-0.3510.18530.299-0.1941-0.4005-0.11250.937-0.2232-0.22220.53240.14620.253521.00715.094-115.464
213.97580.9586-0.52813.552-0.93841.06620.41710.16830.37240.993-0.19920.8189-0.3346-0.797-0.21790.9563-0.02610.24850.92790.03120.3986-2.083-7.093-19.377
222.10020.16960.93763.21520.15258.36310.1916-0.28580.12580.8199-0.16790.2358-0.3698-0.1801-0.02370.5485-0.03030.02730.44230.05380.15026.269-6.619-22.999
2311.5571-1.4008-5.06824.1189-4.206617.64590.16010.08610.07830.23980.04640.3859-1.6457-0.4599-0.20650.49820.11040.07780.37690.04280.2421-0.9121.201-30.325
248.6674-2.625612.82662.9417-2.424720.1343-0.07130.14550.18510.3857-0.1864-0.0549-0.0885-0.01320.25770.5075-0.01160.09390.4-0.02310.14111.9550.391-11.553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A333 - 406
2X-RAY DIFFRACTION2A407 - 418
3X-RAY DIFFRACTION3A419 - 498
4X-RAY DIFFRACTION4A499 - 528
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 36
6X-RAY DIFFRACTION6B37 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7B47 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8B70 - 125
9X-RAY DIFFRACTION9C333 - 357
10X-RAY DIFFRACTION10C358 - 407
11X-RAY DIFFRACTION11C408 - 495
12X-RAY DIFFRACTION12C496 - 528
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 28
14X-RAY DIFFRACTION14D29 - 56
15X-RAY DIFFRACTION15D57 - 67
16X-RAY DIFFRACTION16D68 - 125
17X-RAY DIFFRACTION17E1 - 25
18X-RAY DIFFRACTION18E26 - 37
19X-RAY DIFFRACTION19E38 - 113
20X-RAY DIFFRACTION20E114 - 126
21X-RAY DIFFRACTION21F2 - 32
22X-RAY DIFFRACTION22F33 - 112
23X-RAY DIFFRACTION23F113 - 117
24X-RAY DIFFRACTION24F118 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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