[日本語] English
万見
- PDB-7z0u: Crystal structure of AtWRKY18 DNA-binding domain in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0u
タイトルCrystal structure of AtWRKY18 DNA-binding domain in complex with W-box DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3')
  • WRKY transcription factor 18
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA-binding domain / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response / response to salicylic acid / defense response to fungus / response to molecule of bacterial origin / sequence-specific DNA binding / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
WRKY transcription factor, plant / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / WRKY transcription factor 18
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Grzechowiak, M. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: New aspects of DNA recognition by group II WRKY transcription factor revealed by structural and functional study of AtWRKY18 DNA binding domain.
著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowska, A. / Sliwiak, J. / Urbanowicz, A. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: WRKY transcription factor 18
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3804
ポリマ－18,3143
非ポリマー651
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.788, 112.788, 101.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 WRKY transcription factor 18 / WRKY DNA-binding protein 18 / AtWRKY18


分子量: 9132.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ...詳細: MDGSSFLDISLDLNTNPFSAKLPKKEVSVLASTHLKRKWLEQDESASELREELNRVNSENKKLTEMLARVCESYNELHNHLEKLQSRQSPEIEQTDIPIKKRKQDPDEFLGFPIGLSSGKTENSSSNEDHHHHHQQHEQKNQLLSCKRPVTDSFNKAKVSTVYVPTETSDTSLTVKDGFQWRKYGQKVTRDNPSPRAYFRCSFAPSCPVKKKVQRSAEDPSLLVATYEGTHNHLGPNASEGDATSQGGSSTVTLDLVNGCHRLALEKNERDNTMQEVLIQQMASSLTKDSKFTAALAAAISGRLMEQSRT
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRKY18, At4g31800, F28M20.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C5T4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4530.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4651.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.13 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer system 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) ) pH 6.5, 20% v/v PEG 500* MME and 10 % w/v PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→39.88 Å / Num. obs: 7918 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 23.9 % / Biso Wilson estimate: 91.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 21.03
反射 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / 冗長度: 25.7 % / Rmerge(I) obs: 2.242 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1246 / CC1/2: 0.691 / % possible all: 69.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19_4092精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Z0R

7z0r


解像度: 2.85→39.88 Å / SU ML: 0.5418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.8776
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2995 385 5 %
Rwork0.2508 7308 -
obs0.2533 7693 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数614 609 1 8 1232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8363856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0509211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.7586525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.270.46421280.38292434X-RAY DIFFRACTION99.3
3.27-4.110.36611210.32462286X-RAY DIFFRACTION92.15
4.12-39.880.24431360.19532588X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.266915553642.91012116623-3.440738477625.0106679484-2.339196254164.348133437080.5900575653910.7730287037960.332869812570.13470969478-0.206645986845-0.786301725234-0.2826485965250.164325396116-0.2268959000330.4578192153230.109057337751-0.2363358484650.391149787238-0.01172298598770.97057665043230.528723441148.487818516433.728296351
20.8874950000881.641070362141.622783455033.932245420272.859564482473.00124475026-0.106483828264-0.5173197339190.9718892771350.00790439610797-0.7627720050170.6160562781650.0243625726355-0.2923188369190.6783461950660.4577277284180.104050726129-0.1827266354240.454488609069-0.05771076465021.000999627818.567441413753.045321500533.9989729961
31.05125472591-0.687828639657-0.4727556977120.453151005340.4081687742012.071695194270.269251017508-0.002247186903750.35731120193-0.08550366735180.164855817415-0.534970920475-0.387065016142-0.04845412227150.3862329519660.3771913690850.225380886772-0.121384343420.198477427186-0.04652955718521.0854838220521.604532887755.699697903722.1655091252
48.0169896022-0.05450126342827.680966824188.745439369963.183674838149.274189483690.1989697496651.902568226440.129241315449-0.3455614127980.966703704517-2.14444877609-0.05260853439411.18108260623-1.149138265070.5916765783-0.1480354806870.1394662895010.6085584629390.01862132875551.1213547607421.648327682339.512956330120.6128608229
53.08511829712-2.86825118625-0.7844052980852.742479843371.504541274968.000047751110.2970363237760.4397195718920.247852713306-0.4140508622240.382257501955-0.978878608003-1.301290133630.193131250438-0.5242824393160.4057962043590.1323866687970.03817531098730.247458070431-0.02016126224881.0219464360227.269206578759.684749793824.5303878068
60.95363992865-0.459039389290.04194785417950.689941851343-0.2145687375460.5595584306820.1322094076270.1068238764540.0798220989139-0.0497304068293-0.114143725563-0.1981137917260.153314387120.09692039037080.09827696574460.202838105660.241671652174-0.3222860548670.181851849168-0.04289572425491.2205088994925.114008328646.705686225929.7945360083
75.738691444032.58047881825-3.458929226814.8694547015-3.728297054863.35752581278-0.3317681086440.3675199982451.630893709970.3094392495350.6096889450110.256857232528-1.226010295260.96908818488-0.03445608761370.783708058682-0.229940518074-0.4511621239340.710444128574-0.09784759047681.5365152867734.124589295664.746273654732.2743295829
82.8197006473-2.73660073870.9620550614043.11376879123-1.86602614772.20955894483-0.01255236079520.819823937430.662366827817-0.892239185790.442415419883-1.199308107440.180688583480.590462959315-0.4169452665030.5949305613450.1035134476670.1394405914140.645810185128-0.2057452292521.4145434088223.077099856753.766637028812.5008656342
95.4524476453-2.83751043098-1.267077127347.250923160271.666078195084.342903971380.3918513775512.003921710560.0135884422385-1.32534912305-0.537589134022-0.664206615964-0.404575290014-0.356290288128-0.1139969322950.5632402579510.2284118212430.07356693338780.677578524153-0.1751028695471.1342968496320.93672820353.646485698511.2526903424
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 158 through 165 )AA158 - 1651 - 8
22chain 'A' and (resid 166 through 180 )AA166 - 1809 - 23
33chain 'A' and (resid 181 through 188 )AA181 - 18824 - 31
44chain 'A' and (resid 189 through 194 )AA189 - 19432 - 37
55chain 'A' and (resid 195 through 209 )AA195 - 20938 - 52
66chain 'A' and (resid 210 through 228 )AA210 - 22853 - 71
77chain 'A' and (resid 229 through 235 )AA229 - 23572 - 78
88chain 'B' and (resid 1 through 15 )BB1 - 15
99chain 'C' and (resid 1 through 15 )CC1 - 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る