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- PDB-7z0r: AtWRKY18 DNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0r
タイトルAtWRKY18 DNA-binding domain
要素WRKY transcription factor 18
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA-binding domain / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response / response to salicylic acid / defense response to fungus / response to molecule of bacterial origin / sequence-specific DNA binding / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
WRKY transcription factor, plant / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / PHOSPHATE ION / WRKY transcription factor 18
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Grzechowiak, M. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: New aspects of DNA recognition by group II WRKY transcription factor revealed by structural and functional study of AtWRKY18 DNA binding domain.
著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowska, A. / Sliwiak, J. / Urbanowicz, A. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WRKY transcription factor 18
B: WRKY transcription factor 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7719
ポリマ－18,2082
非ポリマー5637
水2,270126
1
A: WRKY transcription factor 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2323
ポリマ－9,1041
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WRKY transcription factor 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5406
ポリマ－9,1041
非ポリマー4365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.576, 52.182, 81.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WRKY transcription factor 18 / WRKY DNA-binding protein 18 / AtWRKY18


分子量: 9104.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: protein fragment encoding DNA-binding domain
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRKY18, At4g31800, F28M20.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / Variant (発現宿主): -GOLD / 参照: UniProt: Q9C5T4

-
非ポリマー , 6種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer system 3 (Tris (base); BICINE ) pH 8.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000 and 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→40.52 Å / Num. obs: 18612 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 15.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 24.93
反射 シェル解像度: 1.66→1.76 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 5.68 / Num. unique obs: 2274 / CC1/2: 0.96 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2w1v

2w1v


解像度: 1.66→40.52 Å / SU ML: 0.1459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.6449
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 919 5.01 %
Rwork0.178 17430 -
obs0.1801 18349 93.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1262 0 28 126 1416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13781792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0619192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7789484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.740.237970.17941832X-RAY DIFFRACTION70.5
1.74-1.850.23051350.16872561X-RAY DIFFRACTION97.33
1.85-1.990.27261280.2092433X-RAY DIFFRACTION93.03
1.99-2.20.2241350.18362560X-RAY DIFFRACTION97.01
2.2-2.510.19271360.17982573X-RAY DIFFRACTION96.65
2.51-3.170.21421400.17552663X-RAY DIFFRACTION99.29
3.17-40.520.21381480.17062808X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.44594248299-1.028870020081.41209316491.039581527910.1772492998550.71962623218-0.0233741058959-0.063000584693-0.08064816954910.0137469644940.0200283968720.000385154884840.09111420105330.009761130594460.01216905231490.1453910621450.007371006858090.004826325814030.0902907868263-0.008445851033460.08913164555618.5478836602221.072508075338.9919839298
24.81338704253-0.560120242978-1.657509005864.277591380930.313413091342.96787106093-0.04427102218510.2822696167670.250466224045-0.1759355913350.0907699031213-0.437127404069-0.01383750400680.6100105231790.02900755393190.120416291953-0.00239916466688-0.002329681911760.233745821658-0.01293223173920.113858576829.8529555807717.830821376427.7284965916
36.32236370682-0.9282494954130.7730741481370.9728193759710.1045884717391.31855054306-0.01762676328760.1949862602680.00948153477236-0.00116027853401-0.007539393706520.032926177932-0.01635330394620.03650140283580.03463253479470.0988853022504-0.00805857025501-0.001770076170240.0479498345626-0.004854072175490.08300100277363.4887448289224.110393611334.3797951468
45.08600988604-0.4133704395931.024350267690.2198535062030.7275404566943.71519082532-0.235685610826-0.161434833557-0.8164217697510.2127942002640.136813358470.1757209479560.0512587741914-0.0799975403865-0.01357496164320.1524722919310.001566753286050.04872659915660.101972674515-0.009753710654670.18987465872610.063931004427.987703653545.7081573953
55.935393411425.322684378181.135935340575.940881819450.8985034163341.44540012425-0.1001474714440.199815368640.384629114726-0.2916028502270.04589947436210.160484367126-0.295885299994-0.1597643992660.05804006539320.1526284667330.0210145983203-0.005600124442110.0839353852110.006074185355860.1370966235332.5350368112337.329700572644.7162549829
63.105983965833.124644684532.419845134013.270922078792.716094211232.54900297838-0.252892543708-0.5488915401740.248355781361-0.33875972819-0.2296734807790.406621501093-0.421056636175-0.6505899710740.3904983539110.1126449613370.0442897849028-0.0317718641490.277748434792-0.02713096365640.126289453416-1.0256682154734.44780460855.9921064329
76.713326512252.997249775253.524119873382.934452270882.107397187734.068670382390.383178291466-0.541085237427-0.2565775064590.281095284925-0.339135357205-0.154235688388-0.0238205414683-0.0306962590506-0.04996272655810.150048779251-0.000736764268007-0.009852468233080.1578386434650.02666192192930.0893305834367.7855119998335.848827258557.3481736829
86.885945579713.58729401377-1.013541822144.61515175421-0.6836337535463.388569407210.1979660291-0.303094185178-0.1268297057830.220798264386-0.186371352143-0.0977342098303-0.05594289941-0.0198311401709-0.02026452677670.1132019903530.0227254149465-0.001519861718980.08105883115420.001478152529980.08945270491874.7697811821230.330486436450.9139412013
94.6506545632-1.523031715522.976541551250.617491065082-1.167861972312.19726709458-0.274908219596-0.640604587531-1.052057937490.07486847463090.2699332326160.228993944281-0.29855797896-0.2924658266530.02472588753810.299758884797-0.0049224013088-0.02928729300910.2057523003620.01402050849050.345058558008-13.212686477520.156054644549.9886863609
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 158 through 180 )AA158 - 1801 - 23
22chain 'A' and (resid 181 through 201 )AA181 - 20124 - 44
33chain 'A' and (resid 202 through 238 )AA202 - 23845 - 81
44chain 'B' and (resid 159 through 165 )BC159 - 1651 - 7
55chain 'B' and (resid 166 through 180 )BC166 - 1808 - 22
66chain 'B' and (resid 181 through 187 )BC181 - 18723 - 29
77chain 'B' and (resid 188 through 201 )BC188 - 20130 - 43
88chain 'B' and (resid 202 through 228 )BC202 - 22844 - 70
99chain 'B' and (resid 229 through 238 )BC229 - 23871 - 80

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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