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- PDB-7z0q: MHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure cata... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0q
タイトルMHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure catalyzed peptide exchange
要素
  • CLIP peptide
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA-DRB1 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DRB1*0701 / CLIP peptide / MHCII
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane ...myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / early endosome membrane / adaptive immune response / endosome membrane / lysosome / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA-DRB1 protein / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roske, Y. / Abualrous, E.T. / Freund, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: MHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure catalyzed peptide exchange.
著者: Abualrous, E.T. / Stolzenberg, S. / Sticht, J. / Wieczorek, M. / Roske, Y. / Gunther, M. / Dahn, S. / Boesen, B.B. / Calvo, M.M. / Biese, C. / Kuppler, F. / Medina-Garcia, A. / Alvaro-Benito, ...著者: Abualrous, E.T. / Stolzenberg, S. / Sticht, J. / Wieczorek, M. / Roske, Y. / Gunther, M. / Dahn, S. / Boesen, B.B. / Calvo, M.M. / Biese, C. / Kuppler, F. / Medina-Garcia, A. / Alvaro-Benito, M. / Hofer, T. / Noe, F. / Freund, C.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: HLA-DRB1 protein
G: CLIP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,58112
ポリマ－47,0223
非ポリマー5599
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)134.094, 134.094, 72.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 22207.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: pFastBacDual-Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA-DRB1 protein


分子量: 22967.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / プラスミド: pFastBacDual-Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: O19730
#3: タンパク質・ペプチド CLIP peptide


分子量: 1847.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBacDual-Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.15M Sodiummalonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.71 Å / Num. obs: 28123 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 61.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.0763 / Net I/σ(I): 12.06
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 2850 / CC1/2: 0.44 / Rrim(I) all: 2.559

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X5X

4x5x


解像度: 2.1→38.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.172
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1407 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 28123 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 229.64 Å2 / Biso mean: 92.89 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.9264 Å20 Å20 Å2
2---10.9264 Å20 Å2
3---21.8528 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→38.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 36 125 3175
Biso mean--83.76 75.54 -
残基数----368
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1063SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes528HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3133HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion383SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3446SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3133HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4239HARMONIC40.72
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.53
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3573 147 5 %
Rwork0.2714 2791 -
all0.2753 2938 -
obs--98.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77220.7499-0.71472.08961.03869.4482-0.11170.34850.0174-0.38440.61290.0495-1.50191.0182-0.5012-0.1831-0.18870.0274-0.0507-0.1307-0.3265-25.42653.21764.5328
22.3702-0.7452-2.3361.67831.07118.4848-0.17460.1353-0.15840.14910.18-0.05970.99341.3109-0.0054-0.30390.2262-0.0770.0359-0.0693-0.3635-21.629-13.72147.9132
32.75610.0922-3.79820.2668-3.22317.02840.0017-0.38040.03690.44170.14150.2157-0.4840.0574-0.1432-0.09570.1071-0.0296-0.0676-0.0836-0.0161-32.6563-1.513426.9043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{C|3 - 180}C3 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2{D|4 - 191}D4 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3{G|6 - 19}G6 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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