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万見
- PDB-7z05: White Bream virus N7-Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z05
タイトルWhite Bream virus N7-Methyltransferase
要素Non-structural protein 1
キーワードTRANSFERASE / N7-methyl transferase / capping enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / methylation / DNA helicase ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / methylation / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA helicase activity / RNA helicase / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
SF1 helicase, zinc-binding domain, tornidovirus / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain ...SF1 helicase, zinc-binding domain, tornidovirus / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種White bream virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Shannon, A. / Gauffre, P. / Canard, B. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Other privateFondation pour la Recherche Medical フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: A second type of N7-guanine RNA cap methyltransferase in an unusual locus of a large RNA virus genome.
著者: Shannon, A. / Sama, B. / Gauffre, P. / Guez, T. / Debart, F. / Vasseur, J.J. / Decroly, E. / Canard, B. / Ferron, F.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9505
ポリマ－29,3301
非ポリマー6204
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.216, 49.787, 53.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / nsp1


分子量: 29330.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) White bream virus (ウイルス) / 株: isolate Blicca bjoerkna L./Germany/DF24/00 / 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q008X6
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M Tris, 20.3 % PEG 3350, 0.2 M MgCl and 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.992 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→52.13 Å / Num. obs: 12026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 80985 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.33-2.456.80.9241174217390.8930.3831.0022.499.9
7.36-52.136.30.04125524060.9990.0170.04427.399.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20200131データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha fold 2

解像度: 2.33→52.13 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 586 4.88 %
Rwork0.2114 11412 -
obs0.214 11998 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.78 Å2 / Biso mean: 55.2715 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→52.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1879 0 41 74 1994
Biso mean--54.86 51.57 -
残基数----239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.560.34861450.294528132958100
2.56-2.930.32381470.242328372984100
2.93-3.690.25521530.211528422995100
3.69-52.130.23621410.18592920306199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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