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万見
- PDB-7z04: 10 mM Rb+ soak of beryllium fluoride inhibited Na+,K+-ATPase, E2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z04
タイトル10 mM Rb+ soak of beryllium fluoride inhibited Na+,K+-ATPase, E2-BeFx (rigid body model)
要素
  • FXYD domain-containing ion transport regulator
  • Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
  • Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pig kidney Na+ / K+-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / transporter activator activity / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding ...Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / transporter activator activity / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of calcium ion transmembrane transport / intracellular sodium ion homeostasis / ion channel regulator activity / intracellular potassium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sperm flagellum / intercalated disc / lateral plasma membrane / ATP metabolic process / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / melanosome / ATPase binding / regulation of gene expression / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / axon / innate immune response / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. ...: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Fruergaard, M.U. / Dach, I. / Andersen, J.L. / Ozol, M. / Shasavar, A. / Quistgaard, E.M. / Poulsen, H. / Fedosova, N.U. / Nissen, P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The Na + ,K + -ATPase in complex with beryllium fluoride mimics an ATPase phosphorylated state.
著者: Fruergaard, M.U. / Dach, I. / Andersen, J.L. / Ozol, M. / Shahsavar, A. / Quistgaard, E.M. / Poulsen, H. / Fedosova, N.U. / Nissen, P.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: FXYD domain-containing ion transport regulator
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,58610
ポリマ－309,4056
非ポリマー1814
水00
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,7935
ポリマ－154,7033
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area62060 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,7935
ポリマ－154,7033
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area62300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.000, 119.150, 498.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112666.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, Na+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Na(+)/K(+) ATPase beta-1 subunit


分子量: 35073.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027
#3: タンパク質 FXYD domain-containing ion transport regulator / Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 6962.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.48 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: The protein sample was mixed in a 1:1 ratio with reservoir solution containing 16.5 % (wt/vol) polyethylene glycol 2000 monomethyl ether (PEG 2000 MME), 10 % (vol/vol) glycerol, 175 mM MgCl2, ...詳細: The protein sample was mixed in a 1:1 ratio with reservoir solution containing 16.5 % (wt/vol) polyethylene glycol 2000 monomethyl ether (PEG 2000 MME), 10 % (vol/vol) glycerol, 175 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 20 mM HEPES/MES pH 6.2 and 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.8141 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.5→25 Å / Num. obs: 9614 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.975 % / Biso Wilson estimate: 379.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.301 / Rrim(I) all: 0.313 / Χ2: 0.751 / Net I/σ(I): 7.78 / Num. measured all: 134354 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
7.5-7.712.8032.6591.436990.5882.77299.3
7.7-7.9114.122.1532.086860.7932.233100
7.91-8.1414.3771.5592.686450.921.616100
8.14-8.3914.8951.4273.126550.8971.478100
8.39-8.6614.6991.0573.976140.9181.095100
8.66-8.9714.8420.8424.866070.9550.872100
8.97-9.3114.4390.6125.735900.980.635100
9.31-9.6914.7840.5147.25510.9780.532100
9.69-10.1214.4080.3948.235570.9870.409100
10.12-10.6114.6620.3628.925170.9920.375100
10.61-11.1814.2780.39.894970.9890.312100
11.18-11.8614.1240.27210.364830.9930.283100
11.86-12.6814.390.25311.114390.9940.263100
12.68-13.713.7760.21612.274160.9910.224100
13.7-15.0113.6170.17413.464070.990.181100
15.01-16.7813.6510.15115.13520.9870.157100
16.78-19.3712.9460.13116.153130.9960.137100
19.37-23.7312.0690.1118.982880.9830.115100
23.73-33.559.6070.0618.9621410.06499.5
33.55-48.985.8210.05317.018410.05861.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QTV

7qtv


解像度: 7.5→25 Å / SU ML: 1.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 941 10.08 %
Rwork0.3025 8395 -
obs0.3062 9336 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 752.14 Å2 / Biso mean: 480.1288 Å2 / Biso min: 43.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 7.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20698 0 10 0 20708
Biso mean--553.61 --
残基数----2634
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
7.5-7.890.38641320.36411175130799
7.89-8.360.38341320.339911731305100
8.36-8.980.38821310.310511781309100
8.98-9.830.33851300.287712021332100
9.83-11.150.2971320.276412001332100
11.15-13.650.28531380.269512031341100
13.65-250.36321460.320412641410100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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