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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yzx | ||||||||||||
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タイトル | ScpA from Streptococcus pyogenes, D783A mutant. | ||||||||||||
要素 | C5a peptidase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / C5a peptidase / virulence factor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 C5a peptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kagawa, T.F. / Cooney, J.C. / Jain, M. | ||||||||||||
資金援助 | アイルランド, 3件
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引用 | ジャーナル: Data Brief / 年: 2023 タイトル: X-ray diffraction data for the C5a-peptidase mutant with modified activity and specificity. 著者: Kagawa, T.F. / Jain, M. / Cooney, J.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yzx.cif.gz | 265 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yzx.ent.gz | 159.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yzx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yzx_validation.pdf.gz | 465.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yzx_full_validation.pdf.gz | 469.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7yzx_validation.xml.gz | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yzx_validation.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3eifS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 109986.938 Da / 分子数: 2 / 変異: D783A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by autoproteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the propeptide region. Assignments of density ...詳細: Sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by autoproteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the propeptide region. Assignments of density for L83, A84, P85, Q86, and A87 in Chain B are tentative. 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: scpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: B6ETQ5, C5a peptidase |
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-非ポリマー , 5種, 337分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.4 M ammonium sulfate and 0.2 M Tris/HCl pH 7.4-7.8 PH範囲: 7.4-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96864 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.23 Å / Num. obs: 93718 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1454 / Rpim(I) all: 0.04041 / Rrim(I) all: 0.1512 / Net I/σ(I): 12.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 4.47 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 9050 / CC1/2: 0.188 / CC star: 0.562 / Rpim(I) all: 1.206 / Rrim(I) all: 4.639 / % possible all: 97.88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EIF 解像度: 1.9→45 Å / SU ML: 0.3046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.4375 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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