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- PDB-7yzt: Crystal structure of a dye-decolorizing (Dyp) peroxidase from Aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yzt
タイトルCrystal structure of a dye-decolorizing (Dyp) peroxidase from Acinetobacter radioresistens
要素Dyp-type peroxidase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / biocatalysis / dye-decolorizing / peroxidase / heme
機能・相同性Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / peroxidase activity / heme binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dyp-type peroxidase family protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter radioresistens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zhang, C. / Catucci, G. / Gilardi, G. / Sadeghi, S.J. / Di Nardo, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a decolorizing peroxidase (Dyp) from Acinetobacter radioresistens
著者: Catucci, G. / Zhang, C. / Di Nardo, G. / Sadeghi, S.J. / Gilardi, G.
履歴
登録2022年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase family protein
B: Dyp-type peroxidase family protein
C: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8916
ポリマ－107,0413
非ポリマー1,8493
水22,0141222
1
B: Dyp-type peroxidase family protein
C: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8916
ポリマ－107,0413
非ポリマー1,8493
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
2
A: Dyp-type peroxidase family protein
B: Dyp-type peroxidase family protein
C: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein
B: Dyp-type peroxidase family protein
C: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,78112
ポリマ－214,0826
非ポリマー3,6996
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area21020 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area69260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.140, 88.140, 231.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-755-

HOH

21B-924-

HOH

31B-928-

HOH

41C-779-

HOH

51C-806-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dyp-type peroxidase family protein


分子量: 35680.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter radioresistens (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0018_02696 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U8KHV7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.13 Å / Num. obs: 89853 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.23 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.825 / Num. unique obs: 4559 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GT2

5gt2


解像度: 1.85→46.13 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 4507 5.02 %
Rwork0.166 85258 -
obs0.168 89765 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.78 Å2 / Biso mean: 25.98 Å2 / Biso min: 13.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7287 0 129 1222 8638
Biso mean--22.58 33.12 -
残基数----918
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.870.29151750.24327972972100
1.87-1.890.24551270.23328242951100
1.89-1.920.27041560.228428463002100
1.92-1.940.25921180.212127832901100
1.94-1.970.25521710.20528303001100
1.97-1.990.21921300.20172771290199
1.99-2.020.21491460.198127842930100
2.02-2.050.22651600.190828453005100
2.05-2.080.20711350.182127982933100
2.08-2.120.21611560.178928473003100
2.12-2.150.24641320.17528302962100
2.15-2.190.23191580.16927782936100
2.19-2.240.22191840.172727842968100
2.24-2.280.2151470.16428262973100
2.28-2.330.21511390.171528312970100
2.33-2.390.19961370.172228522989100
2.39-2.440.21231390.172328192958100
2.44-2.510.23061500.176928372987100
2.51-2.580.21022040.174427852989100
2.58-2.670.20951230.174628712994100
2.67-2.760.20431370.16928372974100
2.76-2.870.22191450.1728192964100
2.87-30.19641510.170628623013100
3-3.160.21650.171628613026100
3.16-3.360.19591510.162728723023100
3.36-3.620.20071330.14542872300599
3.62-3.980.14131800.131928713051100
3.99-4.560.14071400.12552912305299
4.56-5.740.161530.145429373090100
5.75-46.130.18421650.18583077324299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.7749 Å / Origin y: 15.9381 Å / Origin z: 4.5745 Å
111213212223313233
T0.109 Å20.0249 Å2-0.0271 Å2-0.1703 Å2-0.0009 Å2--0.1591 Å2
L0.009 °20.0387 °2-0.0568 °2-0.2245 °20.0161 °2--0.2385 °2
S-0.0101 Å °-0.0111 Å °-0.0133 Å °0.0186 Å °0.0328 Å °-0.0094 Å °0.0261 Å °0.014 Å °0.0003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 306
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA401 - 923
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 306
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB401 - 949
5X-RAY DIFFRACTION1ALLC1 - 306
6X-RAY DIFFRACTION1ALLC401 - 870

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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