[日本語] English
万見
- PDB-7yyg: Crystal structure of gatekeeper of type III secretion system in B... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yyg
タイトルCrystal structure of gatekeeper of type III secretion system in Bordetella BopN
要素Putative outer protein N
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / The type III secretion system / Whooping cough / Immunosuppressive modulator / Bordetella pertussis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / outer membrane / negative regulation of protein secretion / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system effector delivery regulator TyeA / TyeA / TyeA superfamily / Type III secretion system effector delivery regulator TyeA-related / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Outer protein N
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Prudnikova, T. / Kuta Smatanova, I. / Kamanova, J. / Bumba, L.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic21-05466S チェコ
Czech Academy of SciencesLQ200202001 チェコ
Czech Academy of SciencesLM2018133 チェコ
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: BopN is a Gatekeeper of the Bordetella Type III Secretion System.
著者: Navarrete, K.M. / Bumba, L. / Prudnikova, T. / Malcova, I. / Allsop, T.R. / Sebo, P. / Kamanova, J.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.country

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative outer protein N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4377
ポリマ－39,0371
非ポリマー4006
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.859, 84.859, 102.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

NA

21A-403-

CL

31A-637-

HOH

41A-652-

HOH

51A-660-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative outer protein N


分子量: 39036.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
株: Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251 / 参照: UniProt: Q79GQ0

-
非ポリマー , 7種, 166分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16M Calcium acetate, 0.08M sodium cacodylate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→43.93 Å / Num. obs: 26601 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.88 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 4088 / CC1/2: 0.73 / Rrim(I) all: 0.127

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.95→43.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 7.515 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20709 1400 5 %RANDOM
Rwork0.17968 ---
obs0.18103 26586 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2067 0 23 160 2250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0172268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8581.8783091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9972.6944991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8255305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.30722.154130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55815372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8521520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7792.9251179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.772.9191177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4514.3541497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4494.3591498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5623.6911089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.5593.6971090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.6855.231595
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.36937.6182627
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.37637.1572589
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 102 -
Rwork0.3 1933 -
obs--99.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.004 Å / Origin y: 66.345 Å / Origin z: 5.536 Å
111213212223313233
T0.0775 Å2-0.0333 Å20.0072 Å2-0.0702 Å20.0046 Å2--0.0411 Å2
L0.8919 °20.4761 °20.8115 °2-1.0067 °20.6491 °2--2.1698 °2
S-0.0181 Å °-0.0897 Å °-0.06 Å °0.0013 Å °-0.018 Å °0.1278 Å °0.2461 Å °-0.3253 Å °0.0361 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る