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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yxv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a tautomerase superfamily member form Acinetobacter baumanii | ||||||
![]() | Anthranilate synthase | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / tautomerase superfamily / 4-oxalocrotonate tautomerase / T6SS | ||||||
機能・相同性 | Tautomerase, MSAD family / Tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / NITRATE ION / Anthranilate synthase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pankov, G. / Hunter, W.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of a tautomerase superfamily member linked to the type VI secretion system of Acinetobacter baumannii. 著者: Pankov, G. / Mol Avelar, G. / Buchanan, G. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4lkbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15315.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: A7M90_11190, AB945B12_02656, Aba9201_05520, ABR2091_1504, ABUW_2349, ACX61_10775, APC21_13445, C6N18_08520, CBE85_12580, E1A86_09085, E1A87_16805, EA686_20000, EA706_14840, EGM95_12490, ...遺伝子: A7M90_11190, AB945B12_02656, Aba9201_05520, ABR2091_1504, ABUW_2349, ACX61_10775, APC21_13445, C6N18_08520, CBE85_12580, E1A86_09085, E1A87_16805, EA686_20000, EA706_14840, EGM95_12490, F2P40_09685, FGL68_10230, FJU36_18545, FR761_08425, G3N53_00085, GNY86_01620, GSE42_08590, GUK62_04465, H0529_06935, HB367_04115, NCTC13421_02212, SAMEA104305385_02323, SI89_13245 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NO3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 % / 解説: Rhomboid prisms |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1 ul protein (20 mM HEPES-NaOH pH 6.8, 150 mM NaCl) mixed with 1 ul of reservoir solution (0.2 M NH4NO3 and 20% w/v PEG3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→45.394 Å / Num. obs: 13698 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 658 / CC1/2: 0.951 / % possible all: 87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LKB 解像度: 1.7→45.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.721 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.59 Å2 / Biso mean: 13.072 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→45.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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