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万見
- PDB-7yxu: Crystal structure of agonistic antibody 1618 fab domain bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yxu
タイトルCrystal structure of agonistic antibody 1618 fab domain bound to human 4-1BB.
要素
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
  • heavy chain of Fab
  • light chain of Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / Fab / tumor necrosis factor
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / trimethylamine oxide / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Hakansson, M. / Rose, N. / Petersson, J. / Enell Smith, K. / Thorolfsson, M. / von Schantz, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2023
タイトル: The Bispecific Tumor Antigen-Conditional 4-1BB x 5T4 Agonist, ALG.APV-527, Mediates Strong T-Cell Activation and Potent Antitumor Activity in Preclinical Studies.
著者: Nelson, M.H. / Fritzell, S. / Miller, R. / Werchau, D. / Van Citters, D. / Nilsson, A. / Misher, L. / Ljung, L. / Bader, R. / Deronic, A. / Chunyk, A.G. / Schultz, L. / Varas, L.A. / Rose, N. ...著者: Nelson, M.H. / Fritzell, S. / Miller, R. / Werchau, D. / Van Citters, D. / Nilsson, A. / Misher, L. / Ljung, L. / Bader, R. / Deronic, A. / Chunyk, A.G. / Schultz, L. / Varas, L.A. / Rose, N. / Hakansson, M. / Gross, J. / Furebring, C. / Pavlik, P. / Sundstedt, A. / Veitonmaki, N. / Ramos, H.J. / Sall, A. / Dahlman, A. / Bienvenue, D. / von Schantz, L. / McMahan, C.J. / Askmyr, M. / Hernandez-Hoyos, G. / Ellmark, P.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
H: heavy chain of Fab
L: light chain of Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9015
ポリマ－62,7713
非ポリマー1302
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.064, 213.465, 54.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-577-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 15118.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA / Cell (発現宿主): 293-6E / 細胞株 (発現宿主): HEK / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07011

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 heavy chain of Fab


分子量: 24221.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): 293-6E
#3: 抗体 light chain of Fab


分子量: 23430.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): 293-6E

-
非ポリマー , 3種, 280分子

#4: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/HCl pH 8.5, 0.2 M trimethyloxide (TMAO), 20% (w/v) PEG 2000 monomethylether (MME) and 20 mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→54.01 Å / Num. obs: 34026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Num. unique obs: 2403 / CC1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NNP, 6A3W

4nnp

6a3w


解像度: 2.31→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.213
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1721 5.07 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.208 33952 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.38 Å2 / Biso mean: 58.75 Å2 / Biso min: 32.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.4579 Å20 Å20 Å2
2--7.8189 Å20 Å2
3----0.361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4267 0 6 278 4551
Biso mean--68.14 56.2 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1474SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes743HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4398HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion576SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4929SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4398HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5972HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.38
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 25 3.68 %
Rwork0.2434 655 -
all0.2435 680 -
obs--92.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05510.6916-0.46231.7666-0.678300.0056-0.007-0.0428-0.06370.0132-0.12430.06210.0531-0.01880.0115-0.0878-0.0058-0.027-0.0475-0.0826-14.5901-4.25-29.5566
21.81051.8803-1.01914.3909-2.61811.67260.3535-0.27690.37070.6514-0.27490.3119-0.4197-0.0477-0.07850.0514-0.10150.0656-0.0946-0.1117-0.0943-15.11439.964-18.7301
30.3678-2.7788-1.24244.68142.20560.0584-0.19890.0834-0.06980.54550.1602-0.21470.3616-0.03060.03870.13460.04180.0074-0.0043-0.00630.1757-4.3042-51.6884-14.6538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|223 }H1 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2{ L|1 - L|213 }L1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|26 - A|160 }A26 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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