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万見
- PDB-7ywp: Closed conformation of Oligopeptidase B from Serratia proteomacul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywp
タイトルClosed conformation of Oligopeptidase B from Serratia proteomaculans with covalently bound TCK
要素Oligopeptidase B
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TCK / Oligopeptidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia proteamaculans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Petrenko, D.E. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Vlaskina, A.V. / Mikhailova, A.G. / Timofeev, V.I. / Rakitina, T.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of Inhibitor-Bound Bacterial Oligopeptidase B in the Closed State: Similarity and Difference between Protozoan and Bacterial Enzymes.
著者: Petrenko, D.E. / Karlinsky, D.M. / Gordeeva, V.D. / Arapidi, G.P. / Britikova, E.V. / Britikov, V.V. / Nikolaeva, A.Y. / Boyko, K.M. / Timofeev, V.I. / Kuranova, I.P. / Mikhailova, A.G. / ...著者: Petrenko, D.E. / Karlinsky, D.M. / Gordeeva, V.D. / Arapidi, G.P. / Britikova, E.V. / Britikov, V.V. / Nikolaeva, A.Y. / Boyko, K.M. / Timofeev, V.I. / Kuranova, I.P. / Mikhailova, A.G. / Bocharov, E.V. / Rakitina, T.V.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligopeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5932
ポリマ－78,2611
非ポリマー3331
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area26920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.529, 89.660, 108.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Oligopeptidase B


分子量: 78260.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (バクテリア)
遺伝子: opdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3VI58, EC: 3.4.21.83
#2: 化合物 ChemComp-TCK / N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide / Tos-Lys-CH2Cl / TLCK


タイプ: peptide-like / 分子量: 332.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21ClN2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 23% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 37524 / % possible obs: 98.57 % / 冗長度: 4.14 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 6.6952
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.27 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / Num. unique obs: 5487 / Rrim(I) all: 0.27 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OB1

7ob1


解像度: 2.2→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 6.226 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 1877 5 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1879 35605 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.24 Å2 / Biso mean: 22.959 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5531 0 20 417 5968
Biso mean--24.42 26.95 -
残基数----676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.6567744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2571.58511790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8075675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70322.422351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.74715922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6111541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021404
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 148 -
Rwork0.204 2610 -
all-2758 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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