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- PDB-7ywc: Enzyme of biosynthetic pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywc
タイトルEnzyme of biosynthetic pathway
要素Chorismate dehydratase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Enzyme activity / Biosynthetic pathway
機能・相同性chorismate dehydratase / Chorismate dehydratase / Menaquinone biosynthesis enzyme / Menaquinone biosynthesis / menaquinone biosynthetic process / hydro-lyase activity / Chem-ISJ / Chorismate dehydratase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.917 Å
データ登録者Archna, A. / Breithaupt, C. / Stubbs, M.T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanism of chorismate dehydratase MqnA, the first enzyme of the futalosine pathway, proceeds via substrate-assisted catalysis.
著者: Prasad, A. / Breithaupt, C. / Nguyen, D.A. / Lilie, H. / Ziegler, J. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2022年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate dehydratase
B: Chorismate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0379
ポリマ－65,1242
非ポリマー9137
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.348, 94.819, 72.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chorismate dehydratase / Menaquinone biosynthetic enzyme MqnA


分子量: 32562.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: mqnA, HCU77_22945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6M9XSH4, chorismate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-ISJ / (3R,4R)-3-[(1-carboxyethenyl)oxy]-4-hydroxycyclohexa-1,5-diene-1-carboxylic acid / Chorismic Acid / コリスミン酸


分子量: 226.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM Sodiun citrate, 20 % PEG 4000, 200 mM Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月21日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.088 Å / Num. obs: 43882 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 28.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.01-2.131.760.5462.110134644257580.6740.75689.4
2.13-2.282.2440.2713.9513025604258040.9010.35396.1
2.28-2.462.4870.1985.5613889566555850.9480.25398.6
2.46-2.693.030.1548.0115594518251470.9770.18899.3
2.69-3.013.1360.09511.9414775472447120.990.11599.7
3.01-3.473.150.05120.3312997416541260.9970.06199.1
3.47-4.243.1590.03131.6710989352534790.9990.03898.7
4.24-5.963.1830.02437.458612275627060.9990.02998.2
5.96-40.093.1310.02241.154753158215180.9990.02796

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: None

解像度: 1.917→40.088 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 2194 5 %
Rwork0.1833 41667 -
obs0.1863 43861 95.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.83 Å2 / Biso mean: 33.2802 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.917→40.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4466 0 52 293 4811
Biso mean--43.28 38.81 -
残基数----569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1136323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9571708
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.917-1.95870.37591110.3452211178
1.9587-2.00420.36151240.3102235587
2.0042-2.05430.33491300.2799246390
2.0543-2.10990.30611330.2563253293
2.1099-2.1720.32281350.2377256595
2.172-2.24210.28931380.2257262596
2.2421-2.32220.28921400.22265497
2.3222-2.41520.27341400.2061267398
2.4152-2.52510.27961420.1994269299
2.5251-2.65820.27511430.1928272499
2.6582-2.82470.2571450.19232738100
2.8247-3.04270.26431420.18192705100
3.0427-3.34870.23041430.172271199
3.3487-3.8330.19981420.1526270999
3.833-4.82790.18211430.1299272299
4.8279-400.20641430.1635268896
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3387 Å / Origin y: 0.5407 Å / Origin z: 17.9357 Å
111213212223313233
T0.152 Å2-0.0138 Å2-0.0215 Å2-0.2079 Å20.0189 Å2--0.169 Å2
L0.4456 °2-0.6424 °2-0.3752 °2-1.6518 °20.7166 °2--0.634 °2
S-0.0051 Å °0.0092 Å °-0.0074 Å °0.0483 Å °-0.041 Å °-0.0366 Å °0.0356 Å °-0.0282 Å °0.0398 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 286
2X-RAY DIFFRACTION1allA302 - 329
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 285
4X-RAY DIFFRACTION1allB303 - 330
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 383
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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