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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ywc | ||||||
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Title | Enzyme of biosynthetic pathway | ||||||
![]() | Chorismate dehydratase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Enzyme activity / Biosynthetic pathway | ||||||
Function / homology | chorismate dehydratase / Chorismate dehydratase / Menaquinone biosynthesis enzyme / Menaquinone biosynthesis / hydro-lyase activity / menaquinone biosynthetic process / Chem-ISJ / Chorismate dehydratase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Archna, A. / Breithaupt, C. / Stubbs, M.T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Mechanism of chorismate dehydratase MqnA, the first enzyme of the futalosine pathway, proceeds via substrate-assisted catalysis. Authors: Prasad, A. / Breithaupt, C. / Nguyen, D.A. / Lilie, H. / Ziegler, J. / Stubbs, M.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 248.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32562.041 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.6 Details: 100 mM Sodiun citrate, 20 % PEG 4000, 200 mM Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→40.088 Å / Num. obs: 43882 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 28.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: None Resolution: 1.917→40.088 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.83 Å2 / Biso mean: 33.2802 Å2 / Biso min: 14.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.917→40.088 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 9.3387 Å / Origin y: 0.5407 Å / Origin z: 17.9357 Å
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Refinement TLS group |
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