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- PDB-7yw5: Crystal Structure of the ITS1 processing by human ribonuclease IS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yw5
タイトルCrystal Structure of the ITS1 processing by human ribonuclease ISG20L2 with mutation D327A
要素Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribosome biogenesis / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleolus / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ISG20, DEDDh 3'-5' exonuclease domain / : / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Yang, X.Y. / Liu, X.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of human ISG20L2 for the ITS1 cleavage in the processing of 18S precursor ribosomal RNA.
著者: Ma, Y. / Wang, J. / He, X. / Liu, Y. / Zhen, S. / An, L. / Yang, Q. / Niu, F. / Wang, H. / An, B. / Tai, X. / Yan, Z. / Wu, C. / Yang, X. / Liu, X.
履歴
登録2022年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2
B: Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5682
ポリマ－43,5682
非ポリマー00
水43224
1
A: Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7841
ポリマ－21,7841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7841
ポリマ－21,7841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.018, 59.017, 111.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interferon-stimulated 20 kDa exonuclease-like 2


分子量: 21784.094 Da / 分子数: 2 / 変異: D327A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG20L2, HSD-38, HSD38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H9L3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0 30% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.77→52.14 Å / Num. obs: 17433 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 2.349 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 9.81 / Num. measured all: 40942
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.77-2.852.3060.2583.352972140412890.8910.32691.8
2.85-2.922.370.1914.53100138813080.9260.2494.2
2.92-3.012.3380.1525.692946133412600.9490.19294.5
3.01-3.12.3330.1276.382765130911850.9650.1690.5
3.1-3.22.2260.1037.782462123811060.9710.13289.3
3.2-3.322.2310.0848.712541123811390.9760.10792
3.32-3.442.4250.07810.182604114410740.9820.09893.9
3.44-3.582.4070.07710.992544114410570.9790.09792.4
3.58-3.742.4060.06811.61240110779980.9830.08692.7
3.74-3.922.3990.06912.25227710299490.9820.08792.2
3.92-4.142.3680.06312.6121159758930.9860.07991.6
4.14-4.392.3530.06413.119519368290.9860.08188.6
4.39-4.692.2340.06513.3516918707570.9810.08487
4.69-5.072.2910.06213.217468257620.9820.07992.4
5.07-5.552.4550.06613.7116997496920.9810.08392.4
5.55-6.22.4660.06513.6314976616070.9830.08191.8
6.2-7.162.4110.0713.8613216045480.9830.08790.7
7.16-8.772.330.05814.0710234984390.9890.07488.2
8.77-12.412.3690.06314.878223913470.9790.08188.7
12.41-52.142.3970.06914.444652111940.9880.08591.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wlj

1wlj


解像度: 2.77→52.14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 40.89 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 511 5.1 %
Rwork0.2585 --
obs0.2616 17433 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→52.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2549 0 0 24 2573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8763525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.637967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007443
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-3.050.46191230.43722347X-RAY DIFFRACTION93
3.05-3.50.31641250.31092366X-RAY DIFFRACTION93
3.5-4.40.28551240.24562373X-RAY DIFFRACTION93
4.41-52.140.19691290.21712434X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3809 Å / Origin y: 1.7955 Å / Origin z: -13.9866 Å
111213212223313233
T0.3653 Å20.0474 Å20.0028 Å2-0.3448 Å20.0177 Å2--0.4796 Å2
L2.2849 °2-0.4783 °2-0.3156 °2-2.1963 °2-0.6144 °2--2.2178 °2
S0.1083 Å °-0.2626 Å °-0.0833 Å °-0.228 Å °0.0832 Å °-0.0968 Å °-0.146 Å °-0.2967 Å °-0.1945 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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