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万見
- PDB-7yw2: Crystal structure of tRNA 2'-phosphotransferase from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yw2
タイトルCrystal structure of tRNA 2'-phosphotransferase from Mus musculus
要素tRNA 2'-phosphotransferase 1
キーワードTRANSFERASE / tRNA 2'-phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phosphotransferase / tRNA 2'-phosphotransferase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase KptA/Tpt1 / RNA 2'-phosphotransferase, N-terminal domain / RNA 2'-phosphotransferase, C-terminal domain / RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Chem-HQG / PHOSPHATE ION / sorbitol / tRNA 2'-phosphotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Yang, X.Y. / Liu, X.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical insights into the molecular mechanism of TRPT1 for nucleic acid ADP-ribosylation.
著者: Yang, X. / Wang, J. / Li, S. / Li, X. / Gong, J. / Yan, Z. / Zhou, H. / Wu, C. / Liu, X.
履歴
登録2022年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA 2'-phosphotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,84820
ポリマ－27,3931
非ポリマー2,45619
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.585, 65.585, 148.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 tRNA 2'-phosphotransferase 1 / mTPT1


分子量: 27392.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpt1, Tpt1h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K3A2, 2'-phosphotransferase
#7: 糖 ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol / ソルビト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 6種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-HQG / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate / Appr-1′′p


分子量: 639.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N5O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 16% PEG 8000 40 mM Potassium phosphate dibasic 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→74.23 Å / Num. obs: 34775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 49.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.23-2.38.10.5671366216930.9380.210.6063.399.6
8.92-74.236.70.02724423620.9990.0110.02952.499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6e3a

6e3a


解像度: 2.23→56.8 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1599 4.6 %
Rwork0.2016 33176 -
obs0.2026 34775 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.71 Å2 / Biso mean: 60.1087 Å2 / Biso min: 42.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→56.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1585 0 158 76 1819
Biso mean--56.22 57.28 -
残基数----206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.23-2.30.31281450.295130183163
2.3-2.380.29591480.292230113159
2.38-2.480.33241580.270729913149
2.48-2.590.26641600.248630253185
2.59-2.730.29611540.282529953149
2.73-2.90.28731030.25930623165
2.9-3.120.28731340.248630443178
3.12-3.440.29621380.208530223160
3.44-3.940.24241600.199729823142
3.94-4.960.15611290.148430413170
4.96-56.80.15611700.164229853155
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.1607 Å / Origin y: -0.6389 Å / Origin z: 22.9931 Å
111213212223313233
T0.6741 Å20.2051 Å20.0249 Å2-0.3468 Å20.0169 Å2--0.4879 Å2
L1.2718 °2-0.7187 °2-0.6485 °2-2.1299 °21.0943 °2--3.8394 °2
S0.2985 Å °0.3445 Å °0.0799 Å °-0.3876 Å °-0.3376 Å °0.0774 Å °-0.7375 Å °-0.3523 Å °0.0373 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA19 - 224
2X-RAY DIFFRACTION1allA300 - 318
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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