PDB-7yvx: Left-handed DNA duplex containing consecutive G-G base pairs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yvx

タイトル

Left-handed DNA duplex containing consecutive G-G base pairs

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-form / DNA nanotechnology

機能・相同性

: / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Kondo, J.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Left-handed DNA duplex containing consecutive G-G base pairs
著者: Kondo, J.

履歴

登録	2022年8月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yvx.cif.gz	16.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yvx.ent.gz	8.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/7yvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/7yvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

3.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.375, 43.375, 71.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- CO

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGP(CBR)PGPGPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 3165.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MPD, sodium chloride, hexammine cobalt chloride, sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1.605 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.605 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.99→37.56 Å / Num. obs: 1553 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.003 % / B_iso Wilson estimate: 54.539 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.163 / Net I/σ(I): 18.64

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3-3.16	10.282	0.318	9.82	2334	227	227	0.988	0.335	100
3.16-3.35	10.535	0.197	12.36	2286	217	217	0.997	0.207	100
3.35-3.58	10.116	0.129	17.15	2003	198	198	0.997	0.136	100
3.58-3.87	9.366	0.107	18.06	1714	183	183	0.995	0.114	100
3.87-4.24	8.592	0.099	20.09	1495	174	174	0.995	0.105	100
4.24-4.74	10.822	0.11	22.36	1699	157	157	0.995	0.116	100
4.74-5.47	10.733	0.095	24.61	1449	136	135	0.995	0.1	99.3
5.47-6.7	10.23	0.086	27.04	1156	113	113	0.999	0.09	100
6.7-9.47	9.989	0.079	27.28	949	96	95	0.998	0.083	99
9.47-37.56	8.333	0.06	25.16	450	56	54	0.998	0.064	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.99→37.56 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	149	9.69 %
R_work	0.1953	1389	-
obs	0.2007	1538	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.24 Å² / B_iso mean: 50.3472 Å² / B_iso min: 28.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.99→37.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	206	3	0	209
B_iso mean	-	-	103.14	-	-
残基数	-	-	-	-	10

LS精密化シェル

解像度: 2.99→3.16 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	149	-
R_work	0.1953	1389	-
all	-	1538	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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