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万見
- PDB-7yvv: AcmP1, R-4-hydroxymandelate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yvv
タイトルAcmP1, R-4-hydroxymandelate synthase
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fe (II)-dependent dioxygenase / R-Enantioselectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic amino acid metabolic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, N-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ISOPROPYL ALCOHOL / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis sp. Hca4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of AcmP1 as the native R-4-hydroxymandelate synthase from biosynthetic pathway of Amycolamycins
著者: Zhang, B. / Ge, H.M.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5166
ポリマ－40,2691
非ポリマー2475
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.130, 71.130, 56.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / AcmP1 / R-4-hydroxymandelate synthase


分子量: 40268.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. Hca4 (バクテリア)
遺伝子: hppD, HUT10_16010
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A7H8HIR4, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.33
反射解像度: 2.1→61.6 Å / Num. obs: 18285 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 85544 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.164.70.938726015420.3920.4771.0551.897.8
8.91-61.64.50.06510792390.9810.0320.07316.597.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R5V

2r5v


解像度: 2.1→61.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 84.32 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 1842 10.08 %
Rwork0.1485 16446 -
obs0.1566 18281 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.28 Å2 / Biso mean: 25.5535 Å2 / Biso min: 4.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→61.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 27 197 2804
Biso mean--30.76 33.15 -
残基数----335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.160.25441450.22611301144688
2.16-2.220.21541370.20421264140189
2.22-2.290.25691420.20081247138987
2.29-2.370.27941340.20881261139588
2.37-2.470.23451490.18081254140388
2.47-2.580.19351420.17491283142589
2.58-2.720.26551520.17331259141188
2.72-2.890.21171360.16881249138588
2.89-3.110.21881340.15291251138588
3.11-3.420.20011360.14241282141890
3.42-3.920.17271420.12751273141589
3.92-4.940.15661460.10991270141689
4.95-61.60.15711400.12861252139288
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.019 Å / Origin y: 20.4105 Å / Origin z: 0.9351 Å
111213212223313233
T0.1683 Å20.0008 Å2-0.0136 Å2-0.1396 Å2-0.0049 Å2--0.109 Å2
L0.798 °2-0.1175 °20.0457 °2-0.5791 °20.1007 °2--1.0283 °2
S0.0091 Å °0.0198 Å °-0.1028 Å °-0.0302 Å °0.0157 Å °0.0523 Å °0.0658 Å °0.0482 Å °-0.0366 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 402
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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