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- PDB-7yvt: S-formylglutathione hydrolase from Variovorax sp. PAMC 28711 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yvt
タイトルS-formylglutathione hydrolase from Variovorax sp. PAMC 28711
要素S-formylglutathione hydrolase
キーワードHYDROLASE / S-formylglutathione hydrolase
機能・相同性S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / S-formylglutathione hydrolase / formaldehyde catabolic process / Esterase-like / Putative esterase / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / S-formylglutathione hydrolase
機能・相同性情報
生物種Variovorax sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)PM22030 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the substrate specificity of an S-formylglutathione hydrolase derived from Variovorax sp. PAMC 28711.
著者: Hwang, J. / Kim, B. / Lee, M.J. / Nam, Y. / Youn, U.J. / Lee, C.S. / Oh, T.J. / Park, H.H. / Do, H. / Lee, J.H.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-formylglutathione hydrolase
B: S-formylglutathione hydrolase
C: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2963
ポリマ－96,2963
非ポリマー00
水3,423190
1
A: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0991
ポリマ－32,0991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0991
ポリマ－32,0991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0991
ポリマ－32,0991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.204, 76.437, 199.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.192, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-305-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-formylglutathione hydrolase


分子量: 32098.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A : Residues, Met1 at N-terminal and Gly286 to Pro295 at C-terminal, are missing. Chain B : Residues from Gly286 to Pro295 at C-terminal are missing. Chain C : Residues, Met1 to Asp3 at ...詳細: Chain A : Residues, Met1 at N-terminal and Gly286 to Pro295 at C-terminal, are missing. Chain B : Residues from Gly286 to Pro295 at C-terminal are missing. Chain C : Residues, Met1 to Asp3 at N-terminal and Asn284 to Pro295 at C-terminal, are missing.
由来: (組換発現) Variovorax sp. (バクテリア) / 遺伝子: AX767_16275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A126ZFJ3, S-formylglutathione hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris:HCl (pH 6.5), and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 31349 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 36.28 Å2 / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 20.096
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Num. unique obs: 1671 / CC1/2: 0.932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FCX

3fcx


解像度: 2.38→43.66 Å / SU ML: 0.2716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.484 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1509 4.89 %
Rwork0.2039 29378 -
obs0.2059 30887 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→43.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6527 0 0 190 6717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01056734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3019177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0773978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.56952362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.460.31581610.24082795X-RAY DIFFRACTION99.9
2.46-2.540.2821340.22622731X-RAY DIFFRACTION99.93
2.54-2.650.28641350.21662762X-RAY DIFFRACTION99.9
2.65-2.770.27411560.22162783X-RAY DIFFRACTION99.66
2.77-2.910.27181610.22482752X-RAY DIFFRACTION99.39
2.91-3.090.31141100.2112787X-RAY DIFFRACTION98.91
3.09-3.330.24831350.21942752X-RAY DIFFRACTION98.13
3.33-3.670.23441170.19312647X-RAY DIFFRACTION95.41
3.67-4.20.21051150.19192619X-RAY DIFFRACTION92.27
4.2-5.290.2371200.18782163X-RAY DIFFRACTION77.29
5.29-43.660.21071650.19222587X-RAY DIFFRACTION91.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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