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- PDB-7yvr: Crystal Structure of L-Threonine Aldolase from Neptunomonas marina -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yvr
タイトルCrystal Structure of L-Threonine Aldolase from Neptunomonas marina
要素L-threonine aldolase
キーワードLYASE / Alpha and beta proteins PLP-dependent transferases Aldehyde-lyases
機能・相同性
機能・相同性情報


low-specificity L-threonine aldolase / L-allo-threonine aldolase activity / L-threonine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Low specificity L-threonine aldolase, bacteria / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
L-threonine aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neptunomonas marina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者He, Y.Z. / Wang, J. / Yan, W.P. / Zhang, Y. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Discovery and Engineering of the L-Threonine Aldolase from Neptunomonas marine for the Efficient Synthesis of beta-Hydroxy-alpha-amino Acids via C-C Formation
著者: He, Y. / Li, S. / Wang, J. / Yang, X. / Zhu, J. / Zhang, Q. / Cui, L. / Tan, Z. / Yan, W. / Zhang, Y. / Tang, L. / Da, L.T. / Feng, Y.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine aldolase
B: L-threonine aldolase
C: L-threonine aldolase
D: L-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,7987
ポリマ－157,5214
非ポリマー2763
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14950 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area44130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)264.430, 59.859, 95.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.087, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
L-threonine aldolase


分子量: 39380.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neptunomonas marina (バクテリア)
遺伝子: EOE65_08265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A437Q8X1, low-specificity L-threonine aldolase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21%(v/v) MPD, 0.02M Calcium chloride dihydrate, and 0.1M Sodium acetate at pH4.65

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→19.82 Å / Num. obs: 35454 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.44 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 7.65
反射 シェル解像度: 2.798→2.898 Å / Num. unique obs: 15522 / CC1/2: 0.819 / Rsym value: 0.412

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VYE

5vye


解像度: 2.8→19.82 Å / SU ML: 0.3628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2010 5.67 %
Rwork0.2012 33419 -
obs0.2034 35429 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10332 0 18 169 10519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001310539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.401514317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03711638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.63933728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.35941490.28562357X-RAY DIFFRACTION98.82
2.87-2.950.34211300.26282372X-RAY DIFFRACTION99.64
2.95-3.030.29851500.2492376X-RAY DIFFRACTION99.68
3.03-3.130.30371450.25332351X-RAY DIFFRACTION99.13
3.13-3.240.28821270.24652339X-RAY DIFFRACTION98.21
3.24-3.370.29671560.22432365X-RAY DIFFRACTION99.41
3.37-3.520.25231320.20852428X-RAY DIFFRACTION99.84
3.52-3.710.21741500.18912367X-RAY DIFFRACTION99.92
3.71-3.940.21351410.17912390X-RAY DIFFRACTION99.8
3.94-4.240.21921400.172411X-RAY DIFFRACTION99.77
4.24-4.660.18291530.17122383X-RAY DIFFRACTION99.3
4.66-5.320.22751420.1852384X-RAY DIFFRACTION98.56
5.32-6.660.22611500.20992430X-RAY DIFFRACTION99.58
6.66-19.820.18341450.15882466X-RAY DIFFRACTION98.6
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -41.3251780009 Å / Origin y: -15.4886638247 Å / Origin z: 21.3114672772 Å
111213212223313233
T0.245747425607 Å20.00492913111002 Å2-0.022214129386 Å2-0.17023125691 Å20.00311298036665 Å2--0.24107736763 Å2
L0.406071573937 °2-0.0106181120746 °20.123229635615 °2-0.163651183758 °2-0.0370168361524 °2--0.402269839616 °2
S0.0131235450143 Å °-0.0333545633379 Å °-0.00580500998068 Å °0.0206335530284 Å °-0.0328041626025 Å °-0.0207882856183 Å °0.00617671854009 Å °0.0461775987853 Å °0.0196604929025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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