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万見
- PDB-7yva: Crystal structure of Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yva
タイトルCrystal structure of Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate aldolase complexed with lipoic acid
要素Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN/INHIBITOR / non-covalent inhibitor / CYTOSOLIC PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host immune response / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / biological process involved in interaction with host / gluconeogenesis / glycolytic process / cellular response to xenobiotic stimulus / cell surface ...symbiont-mediated perturbation of host immune response / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / biological process involved in interaction with host / gluconeogenesis / glycolytic process / cellular response to xenobiotic stimulus / cell surface / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase, class II, yeast/E. coli subtype / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
LIPOIC ACID / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Cao, H. / Huang, Y. / Ren, Y. / Wan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177036 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate aldolase complexed with lipoic acid
著者: Cao, H. / Huang, Y. / Ren, Y. / Wan, J.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
B: Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9887
ポリマ－78,5272
非ポリマー4615
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.181, 56.622, 81.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Candida albicans Fructose-1,6-bisphosphate aldolase


分子量: 39263.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9URB4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-LPA / LIPOIC ACID / 5-[(3R)-1,2-dithiolan-3-yl]pentanoic acid / α-リポ酸


分子量: 206.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22.5% (w/v) PEG 3350 100 mM Hepes pH =7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→45.37 Å / Num. obs: 15544 / % possible obs: 98.47 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 79.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.38
反射 シェル解像度: 2.93→3.04 Å / Num. unique obs: 1493 / CC1/2: 0.752

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LNK

6lnk


解像度: 2.93→45.37 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 1553 10 %
Rwork0.2036 13983 -
obs0.209 15536 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.36 Å2 / Biso mean: 77.9798 Å2 / Biso min: 47.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→45.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5170 0 22 103 5295
Biso mean--75.28 78.96 -
残基数----672
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.93-3.030.40281370.3431227136497
3.03-3.140.40961370.31071244138197
3.14-3.260.32441430.27271277142099
3.26-3.410.25961390.250712631402100
3.41-3.590.31981420.25581272141499
3.59-3.820.30741400.19911270141099
3.82-4.110.24111390.18051255139498
4.11-4.520.20141430.17191281142499
4.52-5.170.20591410.16921280142199
5.18-6.520.28291440.20791288143298
6.52-45.370.22041480.17791326147498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.2191 Å / Origin y: 1.4468 Å / Origin z: 17.3697 Å
111213212223313233
T0.4184 Å20.1108 Å2-0.0315 Å2-0.426 Å2-0.1 Å2--0.5472 Å2
L1.0937 °20.3241 °2-0.8085 °2-0.6809 °2-1.048 °2--5.5623 °2
S0.0409 Å °0.0966 Å °0.1903 Å °0.1989 Å °0.0062 Å °0.1431 Å °-0.4946 Å °-0.6588 Å °-0.0513 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 401
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 503
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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