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- PDB-7yv1: Human K-Ras G12D (GDP-bound) in complex with cyclic peptide inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yv1
タイトルHuman K-Ras G12D (GDP-bound) in complex with cyclic peptide inhibitor LUNA18 and KA30L Fab
要素
  • Isoform 2B of GTPase KRas
  • KA30L Fab H-chain
  • KA30L Fab L-chain
  • LUNA18
キーワードSIGNALING PROTEIN / K-RAS / CYCLIC PEPTIDE / ONCOLOGY / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / homeostasis of number of cells within a tissue / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / G protein activity / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / Ras protein signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.454 Å
データ登録者Irie, M. / Fukami, T.A. / Matsuo, A. / Saka, K. / Nishimura, M. / Saito, H. / Torizawa, T. / Tanada, M. / Ohta, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Validation of a New Methodology to Create Oral Drugs beyond the Rule of 5 for Intracellular Tough Targets.
著者: Ohta, A. / Tanada, M. / Shinohara, S. / Morita, Y. / Nakano, K. / Yamagishi, Y. / Takano, R. / Kariyuki, S. / Iida, T. / Matsuo, A. / Ozeki, K. / Emura, T. / Sakurai, Y. / Takano, K. / ...著者: Ohta, A. / Tanada, M. / Shinohara, S. / Morita, Y. / Nakano, K. / Yamagishi, Y. / Takano, R. / Kariyuki, S. / Iida, T. / Matsuo, A. / Ozeki, K. / Emura, T. / Sakurai, Y. / Takano, K. / Higashida, A. / Kojima, M. / Muraoka, T. / Takeyama, R. / Kato, T. / Kimura, K. / Ogawa, K. / Ohara, K. / Tanaka, S. / Kikuchi, Y. / Hisada, N. / Hayashi, R. / Nishimura, Y. / Nomura, K. / Tachibana, T. / Irie, M. / Kawada, H. / Torizawa, T. / Murao, N. / Kotake, T. / Tanaka, M. / Ishikawa, S. / Miyake, T. / Tamiya, M. / Arai, M. / Chiyoda, A. / Akai, S. / Sase, H. / Kuramoto, S. / Ito, T. / Shiraishi, T. / Kojima, T. / Iikura, H.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Development of Orally Bioavailable Peptides Targeting an Intracellular Protein: From a Hit to a Clinical KRAS Inhibitor
著者: Tanada, M. / Tamiya, M. / Matsuo, A. / Chiyoda, A. / Takano, K. / Ito, T. / Irie, M. / Kotake, T. / Takeyama, R. / Kawada, H. / Hayashi, R. / Ishikawa, S. / Nomura, K. / Furuichi, N. / ...著者: Tanada, M. / Tamiya, M. / Matsuo, A. / Chiyoda, A. / Takano, K. / Ito, T. / Irie, M. / Kotake, T. / Takeyama, R. / Kawada, H. / Hayashi, R. / Ishikawa, S. / Nomura, K. / Furuichi, N. / Morita, Y. / Kage, M. / Hashimoto, S. / Nii, K. / Sase, H. / Ohara, K. / Ohta, A. / Kuramoto, S. / Nishimura, Y. / Iikura, H. / Shiraishi, T.
履歴
登録2022年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
H: KA30L Fab H-chain
L: KA30L Fab L-chain
I: LUNA18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4336
ポリマ－68,9654
非ポリマー4682
水19,3121072
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.617, 90.373, 116.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 KA30L Fab H-chain


分子量: 24116.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 KA30L Fab L-chain


分子量: 23242.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas


分子量: 20150.582 Da / 分子数: 1 / 変異: G12D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3)pLacI / 参照: UniProt: P01116
#4: タンパク質・ペプチド LUNA18


分子量: 1455.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 1074分子

#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1072 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 %v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M tri-Sodium citrate (pH 5.6), 16.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25 %v/v Ethylene glycerol as a cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.454→58.41 Å / Num. obs: 97915 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 9.35 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1335 / Rpim(I) all: 0.0442 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 16.42
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
4.347-58.40510.490.051643.735136351363489548950.9980.01660.054299.9
3.428-4.34710.940.058942.025357453574489648960.9980.01860.0618100
2.983-3.42810.770.088336.55274252742489548950.9960.02810.0929100
2.705-2.98311.010.130231.065392553925489748970.9920.04120.136799.9
2.508-2.70511.250.160426.95506355063489548950.990.05040.168499.9
2.357-2.50810.30.177423.335043650436489648960.990.05830.187199.9
2.236-2.35710.280.192421.355034550345489648960.9930.06270.202799.9
2.137-2.23610.530.203819.325154451544489548950.9930.0660.2145100
2.054-2.13710.560.210517.135173351733489748970.9940.06790.2214100
1.982-2.0539.740.215314.224767647676489548950.9940.07250.2275100
1.919-1.9829.490.254411.564647246472489648960.9910.08770.2696100
1.863-1.9199.890.3199.244840248402489648960.9860.10830.3374100
1.813-1.86310.140.36617.664965049650489648960.980.12270.3867100
1.768-1.81310.380.45886.25078650786489548950.9660.15160.483898.9
1.726-1.7689.310.54094.724555845558489348930.9510.18880.574197.5
1.685-1.7268.130.61983.863984739847489948990.9250.22940.663588.7
1.64-1.6857.230.73643.23539435394489548950.8460.28890.795877.2
1.591-1.646.470.84342.683167631676489748970.7320.35110.920468.8
1.535-1.5915.470.97222.182678726787489448940.5150.44581.078761.6
1.454-1.5354.581.28441.552241422414489748970.2270.65441.455151.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (20-APR-2021)精密化
autoPROC1.1.7data processing
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISO2.3.46データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VO2

7vo2
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.454→58.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 4912 5.02 %RANDOM
Rwork0.2377 ---
obs0.2397 97915 80 %-
原子変位パラメータBiso max: 76.89 Å2 / Biso mean: 15.17 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5215 Å20 Å20 Å2
2---0.2787 Å20 Å2
3----0.2428 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.454→58.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 32 1072 5819
Biso mean--7.51 29.51 -
残基数----615
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1688SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes849HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4904HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion649SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5169SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4904HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6702HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.98
LS精密化 シェル解像度: 1.454→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2916 95 4.85 %
Rwork0.3045 1864 -
obs--21.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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